Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Aqurr
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Aqurr » Чт окт 01, 2020 12:43 pm

Добрый день дорогие форумчане. Подскажите, пожалуйста, как я могу применить диметилсульфон в качестве растворителя в Gaussian 09?
Достаточна ли такая процедура: #p opt freq=noraman rb3lyp/6-311g(d,p) scrf=(pcm,read) geom=connectivity (после молекулярной спецификации добавляю eps=37.61)?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Гесс » Чт окт 01, 2020 9:55 pm

Нет, недостаточна, надо намного больше цифр https://gaussian.com/smdtip/
Учитывая что у него температура плавления 109 градусов цельсия - найти для него "жидкостные" характеристики может быть проблематично.
А мы точно говорим о (CH3)2SO2? А то мне гугл дает совсем другую диэлектрическую константу http://www.stenutz.eu/chem/solv6.php?na ... yl+sulfone А ваша гуглом совершенно не ловится. Если вам принципиально сульфон, то больше жидксотных цифр есть по этил-метилсульфону, а в базе гауссина есть TetraHydroThiophene-s,s-dioxide
Sulfone.pdf
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение amge » Пт окт 02, 2020 6:27 am

Не знаю, как в гауссиане, но в гамессе для PCM нужны
RSOLV = the solvent radius, in units Angstrom
EPS = the dielectric constant

А много цифр - это для SMD

Aqurr
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Aqurr » Пт окт 02, 2020 3:40 pm

Гесс писал(а):
Чт окт 01, 2020 9:55 pm
Нет, недостаточна, надо намного больше цифр https://gaussian.com/smdtip/
Учитывая что у него температура плавления 109 градусов цельсия - найти для него "жидкостные" характеристики может быть проблематично.
А мы точно говорим о (CH3)2SO2? А то мне гугл дает совсем другую диэлектрическую константу http://www.stenutz.eu/chem/solv6.php?na ... yl+sulfone А ваша гуглом совершенно не ловится. Если вам принципиально сульфон, то больше жидксотных цифр есть по этил-метилсульфону, а в базе гауссина есть TetraHydroThiophene-s,s-dioxide
Sulfone.pdf
Точнее #p opt freq=noraman rb3lyp/6-311g(d,p) scrf=(pcm,read) geom=connectivity temperature=453.15
eps=37.61 это диэлектрическая константа для жидкого (CH3)2SO2 при T=453.15 K.

Aqurr
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Aqurr » Пт окт 02, 2020 3:45 pm

amge писал(а):
Пт окт 02, 2020 6:27 am
Не знаю, как в гауссиане, но в гамессе для PCM нужны
RSOLV = the solvent radius, in units Angstrom
EPS = the dielectric constant

А много цифр - это для SMD
Если это и в гауссиане так, то это было бы очень хорошо, подогнал бы величину RSOLV под экспериментальный ИК-спектр.

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение YuraM » Пт окт 02, 2020 6:45 pm

PCM и SMD только для 298.15 K.
Кто смел тот и съел

Aqurr
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Aqurr » Сб окт 03, 2020 1:19 pm

YuraM писал(а):
Пт окт 02, 2020 6:45 pm
PCM и SMD только для 298.15 K.
Почему только для 298.15K ? Например, вот здесь
Gaussian_PCM_water.pdf
(см. Example 3) предлагают провести расчет PCM при 523.15K.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Сб дек 05, 2020 5:20 pm

А если не указывать RSolv, чем это чревато?
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение amge » Вс дек 06, 2020 11:44 am

Возможно, тем, что будет взят умолчаемый, т.е. для воды?

А зачем не указывать? Его же легко оценить из Ван-дер-Ваальсова объема, который могут считать многие программы. Например, забитые в гамесс PCM-радиусы и расчетные из MarvinSketch хорошо коррелируют (за исключением, почему-то, ТГФ)
RSOLV.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Гесс » Вт дек 08, 2020 5:13 am

Помоему на ccl было утверждение что ненадо для больших молекул брать бОльший rsolv и что 1.3 это очень удачный дефолт. Зуб за это не дам, я сольватацию недолюбливаю.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение amge » Вт дек 08, 2020 6:56 am

1.3 - это меньше, чем даже для самой маленькой молекулы (воды). Может, 2.3? А вообще да, утверждение разумное. Например, возьмем в качестве растворителей гексан и сквалан. Сольватационные эффекты в этих средах не должны сильно отличаться. А радиусы сильно разные...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Гесс » Вт дек 08, 2020 8:55 pm

https://forum.turbomole.org/index.php?topic=992.0

http://openmopac.net/manual/rsolv.html - там цитата Кламта. А кому верить как не Кламту?

У вас в каких единицах? У меня в ангстремах

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение amge » Чт дек 10, 2020 8:29 am

У меня тоже в ангстремах.

Действительно, 1.3. Но раз гуру рекомендуют, то так и надо делать. Единственное, там, по ссылкам, речь шла про COSMO. Но, скорее всего, для PCM то же самое.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Гесс » Чт дек 10, 2020 1:36 pm

Ну да, Кламт плотно связан с Космо, в аутпутах гауссиана при заказе COSMORS даже пишут:
Atomic radii : Klamt.
Оттуда кстати пошли "радиусы по Кламту", чем Кламт был сильно недоволен.
Klamt.png
На дефолтном PCM
Atomic radii : UFF (Universal Force Field).
Впрочем ИМХО это не имеет отношения к RSolv.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Как добавить новый растворитель в Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Чт дек 10, 2020 4:35 pm

Гауссиан не подставляет по дефолту 1.3Å. Если указать Solvent=Generic, то в качестве RSolv он подставляет ноль.
2^74207281-1 is prime!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей