аминокислоты + кластеры золота

[ruderal]

стоит задача оптимизировать комплекс аминокислоты с минимальным кластером золота Au2 в орке.
для этого использую функционал PBE c D3 добавкой и базис def2-TZVP.
в ходе оптимизации золото "приливает" к органике: планомерно убывает расстояние Au-C и растет полная энергия. аутпут - в аттаче.
что это за глюк? связан ли он с использованием базиса def2-TZVP?
и какой продвинутый базис можете порекомендовать для этой задачи?

[endlesslake]

Group 1 Type N : 11s6p2d1f contracted to 5s3p2d1f pattern {62111/411/11/1}
Group 2 Type C : 11s6p2d1f contracted to 5s3p2d1f pattern {62111/411/11/1}
Group 3 Type O : 11s6p2d1f contracted to 5s3p2d1f pattern {62111/411/11/1}
Group 4 Type H : 5s1p contracted to 3s1p pattern {311/1}
Group 5 Type Au : 1g contracted to 1g pattern {1}

явно какая то ерунда с базисом для золота. А нет возможности на более новую орку перейти? Там хоть какой то подходящий ECP автоматом добавляется. В той что вы используете, как я понял, нет.

[ruderal]

запустился в Орке 4. выдало такую ошибку:
-------------------------
ECP PARAMETER INFORMATION
-------------------------
Group 1, Type Au ECP Def2-ECP (replacing 60 core electrons, lmax=3)
Atom 13Au ECP group => 1
Atom 14Au ECP group => 1
[file orca_main/gtoint.cpp, line 137]: ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

как исправить?

[Гесс]

I would strongly recommend to use relativism. https://sites.google.com/site/orcainput ... oximations

[ruderal]

I would strongly recommend to use relativism. https://sites.google.com/site/orcainput ... oximations

тогда я буду использовать PBE D3 def2-TZVP SARC/J ZORA для оптимизации.
а для MP2 оптимизации тогда наверно лучше взять def2-TZVP SARC/J SARC/C ZORA?

[ruderal]

однако в этом случае выдает такую ошибку:
WARNING: Relativistic option & ECP basis found!
===> : Please remove one of these options
[file orca_main/mainchk.cpp, line 129]: Error (ORCA_MAIN): ... aborting the run

Попробовал еще вариант:
! opt PBE D3 ZORA ZORA-def2-TZVP SARC/J TightSCF slowconv
%basis
NewGTO Au "SARC-ZORA-TZVP" end
end
на что орка выдает:
[file orca_main/gtoint.cpp, line 137]: ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

Что не так?

[Гесс]

даваите начнем с другого, у вас инпут с вебсайта, который с платиной и фтором - он работает?

[endlesslake]

Код: Выделить всё

! opt PBE D3 def2-TZVP TightSCF slowconv
%scf maxiter=250 end
%geom maxiter=200 end
%pal nprocs=8 end
* xyz 0 1
 N       -0.693542      1.212651      1.027556
 C        0.115306     -0.024663      1.126729
 C        1.239749     -0.041051      0.082534
 O        1.843497     -1.019472     -0.326798
 H       -0.035409      1.996238      0.981063
 H       -1.161107      1.224648      0.120560
 H        0.589362     -0.046328      2.113788
 C       -0.792562     -1.234550      0.956174
 H       -1.595471     -1.234666      1.701360
 H       -0.226321     -2.164692      1.076749
 H       -1.249097     -1.257607     -0.039973
 O        1.574573      1.192509     -0.362857
 H        2.306745      1.019864     -0.991900
 Au      -0.396719     -1.051271     -4.015083
 Au      -1.519004      1.428390     -3.449902
*

у меня в орке 4.2 работает

[ruderal]

у меня в орке 4.2 работает

работать-то он работает, но получается ерунда:
расстояние между золотом и углеродом стремительно сокращается, чего быть не должно.

[ruderal]

даваите начнем с другого, у вас инпут с вебсайта, который с платиной и фтором - он работает?

запустил тот что с фтором и водородом. дает такую ошибку:
BASIS SET INFORMATION
---------------------
There are 2 groups of distinct atoms

Group 1 Type H : 4s1p contracted to 2s1p pattern {31/1}
Group 2 Type F : 7s4p1d contracted to 3s2p1d pattern {511/31/1}

Atom 0H basis set group => 1
Atom 1F basis set group => 2
-------------------------------
AUXILIARY BASIS SET INFORMATION
-------------------------------
There are 2 groups of distinct atoms

Group 1 Type H : 5s2p1d contracted to 5s2p1d pattern {11111/11/1}
Group 2 Type F : 12s5p4d2f1g contracted to 12s5p4d2f1g pattern {111111111111/11111/1111/11/1}

Atom 0H basis set group => 1
Atom 1F basis set group => 2
[file orca_main/gtoint.cpp, line 137]: ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

[endlesslake]

да вроде ок все,

t2.txt

t1.txt

вы отдельное задание пробовали запускать ?

[ruderal]

вы отдельное задание пробовали запускать ?

да, я запускаюсь отдельным заданием.
у меня это все не работает.
я так понимаю, надо Орку4 переустанавливать, либо пытаться считать в третьей.

[Гесс]

у endlesslake расчет в 4.2 - какой смысл считать в "третьей"?

[ruderal]

у endlesslake расчет в 4.2 - какой смысл считать в "третьей"?

в ней у меня хотя бы раньше получалось стабильно считать.

[Гесс]

Какую из "четвертых" вы поставили? В ней вообще чтолибо считается, скажем молекула воды?

[ruderal]

Какую из "четвертых" вы поставили? В ней вообще чтолибо считается, скажем молекула воды?

у меня стоит 4.0. 4.2 ставить не стал:
удалось запуститься на 3.0.2 с псевдопотенциалом def2-ECP для золота.
всем спасибо за помощь!