Сконвертировать гессиан

[glenda]

Коллеги, есть ПС, посчитанное когда-то Firefly'ем, а теперь хочется кое-что пересчитать в Orca, взяв за стартовый гессиан, посчитанный Firefly (*.out & *.dat с группой HESS). Не знает ли кто (не пробовал ли) как проще всего сконвертировать GAMESS/Firefly гессиан в *.hess, понятный Orca? Вроде задача посильная, даже и вручную, но хотелось бы, по возможности, какой-то минимальной автоматизации...

На форуме Orca мой вопрос остался без ответа, поиском по их форуму видел несколько вопросов, уточняющих формат орковского *.hess, но помогло пока мало.

Не сказать, что сильно сложно будет его пересчитать с нуля и в Орке, но задача не разовая, а несколько дней расчётов на имеющемся пока в распоряжении железе - довольно критично.

[Shorku]

Это не очень сложно. Если Вы приведете здесь куски из файлов файерфлая с матрицей гессиана, модами, координатами и ик-спектром (и минимальными пояснениями, как оно там записано), я мог бы набросать Вам скрипт для конвертации

[amge]

У меня есть скрипт на перле для конвертации гессианов из Природы и гамесс/фаерфлай (out/dat) в форматы гамесс или орка.

Для орки по минимуму нужны $hessian и $atoms. $atoms из dat выцепить в общем случае сложно, поэтому только $hessian. Из out'ов гамесса, фаерфлая и природы должен получиться работоспособный hess-файл.
hess -orca gms-file.out > file.hess

На фаерфлае я почти не проверял, да и для орки тоже. Попробуйте, если будут проблемы - устраним.

[glenda]

amge, огромное спасибо!

Скрипт сработал на *.dat файле. По крайней мере $hessian получился на вид разумный, а $atoms я уже руками соберу!

Я для таких целей использую традиционный питон: часть подобных задач удобно делать в библиотеке cclib, но, конечно, не импорт/экспорт гессиана. Вид фортрановских групп $VEC/$HESS/... меня всегда в ступор вводил: как эту мешанину вообще парсить? Разберусь теперь на живом примере.

[amge]

Скрипт сработал на *.dat файле.

А на out-файле не пробовали или не сработал? Если последнее, то пошлите мне, пожалуйста, этот out - надо разобраться и исправить.

[glenda]

На out-файле он не смог импортировать гессиан, но смог импортировать и экспортировать позиции атомов, правда, похоже из стартовой геометрии. Кстати, гессиан из dat-файла тоже взят стартовый. Это все, наверное, потому, что файл был от RUNTYP=SADPOINT c HSSEND=.T., а не от чистого RUNTYP=HESSIAN...

[amge]

Ага, спасибо, буду глядеть.
Я уже сделал, чтобы из dat бралась последняя группа $HESS, но скрипт пока не выкладываю. Если нужно срочно, то, наверное, сработает в качестве временной меры, если из dat-файла удалить все $HESS, кроме последней.

Upd. Поглядел. В этом out-файле ни одного гессиана и нету. В общем, я сделал проверку на RUNTYP=HESSIAN в out-файле, и выход, если проверка не проходит. Из dat - последняя группа $HESS.

Скрипт выложил у себя на сайте.

[glenda]

amge, огромное спасибо, сконвертировал.

Мне кажется Вам стоит написать Бьернссону https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=715 и попросить включить скрипт в полезные ссылки на его https://sites.google.com/site/orcainput ... put-output Думаю, Ваш скрипт многим бы сэкономил уйму времени!

[amge]

Фиг знает. Всё же основное предназначение скрипта (как я представляю и чем реально пользуюсь) - это трансформировать гессианы из Природы (в ней расчет гессиана в pure DFT очень быстр, а для TS или для IRC других программ почти всегда годится). Природа же для не-наших - сугубая экзотика.