Помощь в начале работы с программными комплексами

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
AlexWase
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 10:52 am

Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение AlexWase » Чт июл 11, 2019 11:12 am

Здравствуйте!
Не так давно приступил к освоению квантовомеханических расчетов с использованием Gamess и Avogadro. Очень заинтересовался темой расчетов ab initio. К сожалению, в своем окружении совсем некому задать вопросы. Хотелось бы узнать, где можно об этом почитать поподробнее (с чего начать, как пользоваться и т.д., rus/eng). Конкретно сейчас завис на следующей ошибке (прикрепляю файл).
Буду благодарен за любой совет!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение amge » Чт июл 11, 2019 1:47 pm

Надо бы инпут посмотреть...
Навскидку: в инпуте группы ключевых слов не должны начинаться с первой позиции строки (перед долларом д.б. пробел);
после строки с группой симметрии, если это не С1, д.б. пустая строка

AlexWase
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 10:52 am

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение AlexWase » Чт июл 11, 2019 3:02 pm

amge писал(а):
Чт июл 11, 2019 1:47 pm
Надо бы инпут посмотреть...
Навскидку: в инпуте группы ключевых слов не должны начинаться с первой позиции строки (перед долларом д.б. пробел);
после строки с группой симметрии, если это не С1, д.б. пустая строка
Прикрепил файлы инпут для другой молекулы,но по-прежнему не понимаю, почему прекращается работа программы. Файлы составлял Avogadro, я ничего не менял.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение Гесс » Чт июл 11, 2019 3:08 pm

На мой личный взгляд у Гамесса очень недружелюбный формат инпута.
Да, я думаю причина в том что после строки с симметрией (отличной от C1) отсутствует пустая строка.

Если вы пытаетесь скормить гамессу незамещенный порфирин то выбор осей и плоскостей симметрии кажется мне правильным.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение Гесс » Чт июл 11, 2019 3:18 pm

AlexWase писал(а):
Чт июл 11, 2019 3:02 pm
Прикрепил файлы инпут для другой молекулы,но по-прежнему не понимаю, почему прекращается работа программы. Файлы составлял Avogadro, я ничего не менял.
Здесь принципиально другая ошибка. Здесь вы в строке control запрашиваете использование псевдопотенциала (зачем?) а базис на это неспособен.

*** ERROR ***
THIS RUN REQUESTED THE USE OF AN ECP IN $CONTRL,
BUT IT REQUESTS A NON-ECP BASIS SET=STO IN $BASIS

В первом случае была проблема с группой $DATA

AlexWase
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 10:52 am

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение AlexWase » Чт июл 11, 2019 10:27 pm

Гесс писал(а):
Чт июл 11, 2019 3:18 pm
AlexWase писал(а):
Чт июл 11, 2019 3:02 pm
Прикрепил файлы инпут для другой молекулы,но по-прежнему не понимаю, почему прекращается работа программы. Файлы составлял Avogadro, я ничего не менял.
Здесь принципиально другая ошибка. Здесь вы в строке control запрашиваете использование псевдопотенциала (зачем?) а базис на это неспособен.

*** ERROR ***
THIS RUN REQUESTED THE USE OF AN ECP IN $CONTRL,
BUT IT REQUESTS A NON-ECP BASIS SET=STO IN $BASIS

В первом случае была проблема с группой $DATA
Спасибо Вам огромное!
А не подскажете, что можно почитать по этому поводу?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение Гесс » Чт июл 11, 2019 10:50 pm

По поводу ошибок гамесса? Разве что сам мануал гамесса. Благо ошибки выдаваемые гамессом которые я видел обычно более менее обьяснены, надо лишь найти место где они записаны посреди моря бесполезного текста.
Инпут гамесса (ИМХО) перегружен вещами которые другие программы берут по дефолту. Это требует от расчетчика намного более четкого понимания что зачем и как он делает по сравнению с гауссианом или оркой. А при том что Гамесс еще и далеко не самый быстрый софт - мне расчеты в нем напоминают пожирание кактуса.

AlexWase
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 10:52 am

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение AlexWase » Чт июл 11, 2019 11:47 pm

Гесс писал(а):
Чт июл 11, 2019 10:50 pm
По поводу ошибок гамесса? Разве что сам мануал гамесса. Благо ошибки выдаваемые гамессом которые я видел обычно более менее обьяснены, надо лишь найти место где они записаны посреди моря бесполезного текста.
Инпут гамесса (ИМХО) перегружен вещами которые другие программы берут по дефолту. Это требует от расчетчика намного более четкого понимания что зачем и как он делает по сравнению с гауссианом или оркой. А при том что Гамесс еще и далеко не самый быстрый софт - мне расчеты в нем напоминают пожирание кактуса.
А у Вас нет ссылок на конкретную литературу?
Не посоветуете софт поюзабельнее?
Был бы очень благодарен!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение Гесс » Пт июл 12, 2019 12:15 am

Универсальные, с прицелом на ДФТ, не solid-state:
Бесплатный, простой и с хорошим мануалом - ORCA.
Самый быстрый и бесплатный - Priroda.
Самый распространенный (простой, платный, но сильно распираченный) - Gaussian.

Кроме того есть еще несколько десятков, либо платные либо малоизвестные.

Под более узкие задачи, только бесплатные:
Coupled-cluster - CFOUR
CAS - Firefly
DCFT - PSI4

Под solid-state я умею только VASP, но он платный, из бесплатных CP2K, Quantum Espresso.

Под полуэмпирику Mopac и Empire (бесплатно на одну ноду).

Литература - из русского Цирельсон "Квантовая химия" по теории, старинная книга Кларка "Компьютерная химия" с практикой по гауссиану (впринципе применима и под другие пакеты). Из английского на ум приходит "ABC of DFT", где то в этом подфоруме было обсуждение литературы. Практика - надо смотреть Hands-on слайды со всяких Summer-schools. Для природы такого нет точно, для остальных может быть.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение amge » Пт июл 12, 2019 6:41 am

Согласен с Гесс'ом, что гамесс - не оптимальный выбор для начинающего. Гамесс навороченный, много умеет всякого, что не умеют другие, но как раз с рутинными расчетами у него не очень. Но если имеете уже опыт в гамессом, то можно попробовать Firefly. У них почти совместимые инпуты. Думаю, распараллелить Firefly под винду будет проще.

И это... У вас в последнем инпуте числа с десятичной запятой вместо точки. Наверняка такие числа никакая квантовая химия не поймет.

AlexWase
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 10:52 am

Re: Помощь в начале работы с программными комплексами

Сообщение AlexWase » Пт июл 12, 2019 9:25 pm

Спасибо Вам огромное за помощь!
Премного благодарен!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 17 гостей