Учебное пособие VASP
Учебное пособие VASP
Всем привет
Решил изучить VASP, т.к. появилась необходимость в расчете зоны Бриллюэна и оптических свойств кристаллов. Нашел у нас в пыльном шкафу занимательное чтиво: Почитал - прикольно
Начал искать какими же методами сейчас считают кристаллы: L(S)DA+U, DFT+U, GGA+U, PBE+U, GWA и GW0, мдаааа далеко не ушли.
В принципе всё просто, почти все они так или иначе для меня знакомы, осталось только разобраться с запуском VASP.
Чтобы не заморачиваться со сборкой на Linux, взял у китайцев скомпилированную версию под Windows (для изучения и тестовых расчетов думаю её хватит, а серьезные расчеты буду делать на кластере). Вот собственно по расчетам, а именно по входным файлам (чет их как-то много) у меня возник ряд вопросов.
Посоветуйте какое-нибудь учебное пособие для студентов, т.с. чтобы стартануть, а дальше думаю уже разберусь.
Спасибо
З.Ы. Мне понравилось пособие БНТУ по VESTA https://rep.bntu.by/bitstream/handle/da ... /VESTA.pdf
Хоть понял как из того же CIF или вручную задавать ячейку и создать POSCAR файл. Остались теперь POTCAR, KPOINTS, INCAR, подключение базисов плоских волн, псевдопотенциалов.
Решил изучить VASP, т.к. появилась необходимость в расчете зоны Бриллюэна и оптических свойств кристаллов. Нашел у нас в пыльном шкафу занимательное чтиво: Почитал - прикольно
Начал искать какими же методами сейчас считают кристаллы: L(S)DA+U, DFT+U, GGA+U, PBE+U, GWA и GW0, мдаааа далеко не ушли.
В принципе всё просто, почти все они так или иначе для меня знакомы, осталось только разобраться с запуском VASP.
Чтобы не заморачиваться со сборкой на Linux, взял у китайцев скомпилированную версию под Windows (для изучения и тестовых расчетов думаю её хватит, а серьезные расчеты буду делать на кластере). Вот собственно по расчетам, а именно по входным файлам (чет их как-то много) у меня возник ряд вопросов.
Посоветуйте какое-нибудь учебное пособие для студентов, т.с. чтобы стартануть, а дальше думаю уже разберусь.
Спасибо
З.Ы. Мне понравилось пособие БНТУ по VESTA https://rep.bntu.by/bitstream/handle/da ... /VESTA.pdf
Хоть понял как из того же CIF или вручную задавать ячейку и создать POSCAR файл. Остались теперь POTCAR, KPOINTS, INCAR, подключение базисов плоских волн, псевдопотенциалов.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Re: Учебное пособие VASP
Входных файлов должно быть 4 (редко больше). Координаты в поскар, функции в поткар, к-точки в кпоинтс и описание что собственно делать в инкар.
Re: Учебное пособие VASP
Это какой то бессмысленный список. ПБЕ это частный случай ГГА. ГГА и ЛСА это частные случаи ДФТ. Функции грина вообще отдельно. Чем считать... ну если система небольшая то можно и гибридными функционалами. Есть довольно свежие ГГА под конкретные задачи, типа beef-vdw. А так традиционных немного: пбе, рпбе, ам5.
Ряд примеров по разным типам расчетов в васповой википедии https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index ... relaxation это один из примеров, ищите вокруг.
Re: Учебное пособие VASP
По методам понятно, я просто привел список, которыми считают.Гесс писал(а): ↑Пт мар 29, 2019 6:59 pmЭто какой то бессмысленный список. ПБЕ это частный случай ГГА. ГГА и ЛСА это частные случаи ДФТ. Функции грина вообще отдельно. Чем считать... ну если система небольшая то можно и гибридными функционалами. Есть довольно свежие ГГА под конкретные задачи, типа beef-vdw. А так традиционных немного: пбе, рпбе, ам5.
Ряд примеров по разным типам расчетов в васповой википедии https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index ... relaxation это один из примеров, ищите вокруг.
Спасибо за ссылку на вики, запустил их тестовый пример Теперь можно разбираться дальше
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Re: Учебное пособие VASP
Пытаюсь провести расчет энергии простого комплекса.
Сконвертировал cif файл в POSCAR:
cif:
POSCAR:
Задаю для теста сетку k-точек 2x2x2 по схеме Монхорста-Пака:
Формирую INCAR:
Задаю псевдоптенциал PAW_PBE в POTCAR (во вложении).
Запускаю и получаю ошибку:
Подскажите, где лажанул?
Сконвертировал cif файл в POSCAR:
cif:
Код: Выделить всё
# generated using pymatgen
data_SiO2
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 1'
_cell_length_a 5.01978486
_cell_length_b 5.01978486
_cell_length_c 5.50866340
_cell_angle_alpha 90.00000000
_cell_angle_beta 90.00000000
_cell_angle_gamma 120.00000000
_symmetry_Int_Tables_number 1
_chemical_formula_structural SiO2
_chemical_formula_sum 'Si3 O6'
_cell_volume 120.21179348
_cell_formula_units_Z 3
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 'x, y, z'
loop_
_atom_site_type_symbol
_atom_site_label
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_occupancy
Si Si1 1 0.524011 0.524011 0.000000 1
Si Si2 1 0.000000 0.475989 0.333333 1
Si Si3 1 0.475989 0.000000 0.666667 1
O O4 1 0.256647 0.414807 0.205882 1
O O5 1 0.585193 0.841840 0.872548 1
O O6 1 0.158160 0.743353 0.539215 1
O O7 1 0.414807 0.256647 0.794118 1
O O8 1 0.743353 0.158160 0.460785 1
O O9 1 0.841840 0.585193 0.127452 1
Код: Выделить всё
si3 o6
1.0
5.0197849274 0.0000000000 0.0000000000
-2.5098924637 4.3472612686 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 5.5086631775
Si O
3 6
Cartesian
1.315211296 2.278012991 0.000000000
-1.194681287 2.069248676 1.836219192
2.389362574 0.000000000 3.672443867
0.247191787 1.803274393 1.134134531
0.824615002 3.659698725 4.806572914
-1.071806908 3.231549978 2.970354080
1.438085437 1.115711570 4.374528408
3.334507704 0.687562883 2.538309336
2.757084370 2.543986797 0.702090144
Код: Выделить всё
2x2x2
0
Monkhorst Pack
2 2 2
0 0 0
Код: Выделить всё
ISTART = 0
ICHARG = 2
ENCUT = 240
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.1
Запускаю и получаю ошибку:
Код: Выделить всё
** On entry to ZGEMM parameter number 8 had an illegal value
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Re: Учебное пособие VASP
Это не похоже на ошибку связанную с инпутом. ИМХО это то ли васп криво поставился, то ли еще какие то внутренние проблемы.
Можете контроля ради заменить все кардинально
Если выдаст ту же ошибку (а я думаю выдаст) то ищите проблему в самом васпе / его установке. Возможно BLAS
Можете контроля ради заменить все кардинально
, Gamma вместо Mohkhorst, чтото непритязательное в INCAR типаH
1.0000000000000000
3.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0000000000000000 3.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 3.0000000000000000
2
Selective dynamics
Cartesian
1.000000 1.000000 1.000000 T T T
1.000000 1.000000 2.000000 T T T
новый POTCAR,INCAR created by Atomic Simulation Environment
ENCUT = 450.000000
SIGMA = 0.100000
EDIFF = 1.00e-07
EDIFFG = -1.00e-02
PREC = normal
GGA = PS
ALGO = fast
ISYM = 0
ISIF = 3
NELM = 250
NSW = 100
IBRION = 1
LREAL = Auto
Если выдаст ту же ошибку (а я думаю выдаст) то ищите проблему в самом васпе / его установке. Возможно BLAS
Re: Учебное пособие VASP
Коллеги , прошу прощения за мою неграмотность , а где у китайцев можно взять скомпилированную версию под Windows ? Или это не всем дают?
Re: Учебное пособие VASP
Ее во первых покупать надо бы, и не у китайцев, а во вторых ну зачем же над васпом так измываться?
Линуксовая на торренте...
Линуксовая на торренте...
Re: Учебное пособие VASP
Да я понимаю...Думал потренироваться под виндой. А так да, в процессе закупки счас нахожусь. Размышляю вот какой вариант выбрать из предлагаемых
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей