Проблема SCF в Gamess

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Проблема SCF в Gamess

Сообщение iAlex » Пт фев 15, 2019 7:07 pm

Всем привет! :up:
Считаю простую молекулу - хелат.
Метод RHF/cc-pVTZ.
До этого оптимизировал геометрию в FireFly тем же методом, всё отлично сошлось.
Теперь необходимо провести аналогичный расчет только энергии, но уже используя утраченные технологии древних в Gamess-UK (не путать с Gamess-US).
Перевожу координаты в Z-матрицу и задаю входной файл:

Код: Выделить всё

TITLE
Hacac - cc-pVTZ SCF PRIOR TO OVGF CALCULATION
CHARGE 0
MULT 1
SUPER OFF NOSYM
HARMONIC
ZMATRIX ANGSTROM
C
C   1   R12
C   1   R13           2   A213
H   1   R14           2   A214          3   D3214
O   2   R25           1   A125          3   D3125
C   2   R26           1   A126          3   D3126
O   3   R37           1   A137          2   D2137
C   3   R38           1   A138          2   D2138
H   5   R59           2   A259          1   D1259
H   6   R6_10         2   A26_10        1   D126_10
H   6   R6_11         2   A26_11        1   D126_11
H   6   R6_12         2   A26_12        1   D126_12
H   8   R8_13         3   A38_13        1   D138_13
H   8   R8_14         3   A38_14        1   D138_14
H   8   R8_15         3   A38_15        1   D138_15
VARIABLES
R12      1.39670000
R13      1.39670000
A213     116.68620000
R14      1.06770000
A214     121.65690000
D3214    180.00000000
R25      1.25680000
A125     120.35600000
D3125    0.00000000
R26      1.49670000
A126     122.45270000
D3126    180.00000000
R37      1.25680000
A137     120.35600000
D2137    0.00000000
R38      1.49670000
A138     122.45270000
D2138    180.00000000
R59      1.18494017
A259     102.99469870
D1259    0.00000000
R6_10    1.08290000
A26_10   108.82580000
D126_10  -121.49790000
R6_11    1.08290000
A26_11   108.82580000
D126_11  121.49790000
R6_12    1.07970000
A26_12   112.13720000
D126_12  0.00000000
R8_13    1.08290000
A38_13   108.82580000
D138_13  121.49790000
R8_14    1.08290000
A38_14   108.82580000
D138_14  -121.49790000
R8_15    1.07970000
A38_15   112.13720000
D138_15  0.00000000
END
BASIS
# HYDROGEN
S   H
      0.0060680             33.8700000
      0.0453080              5.0950000
      0.2028220              1.1590000
S   H
      1.0000000              0.3258000
S   H
      1.0000000              0.1027000
P   H
      1.0000000              1.4070000
P   H
      1.0000000              0.3880000
D   H
      1.0000000              1.0570000

# CARBON
S   C
      0.0005310           8236.0000000
      0.0041080           1235.0000000
      0.0210870            280.8000000
      0.0818530             79.2700000
      0.2348170             25.5900000
      0.4344010              8.9970000
      0.3461290              3.3190000
     -0.0089830              0.3643000
S   C
     -0.0001130           8236.0000000
     -0.0008780           1235.0000000
     -0.0045400            280.8000000
     -0.0181330             79.2700000
     -0.0557600             25.5900000
     -0.1268950              8.9970000
     -0.1703520              3.3190000
      0.5986840              0.3643000
S   C
      1.0000000              0.9059000
S   C
      1.0000000              0.1285000
P   C
      0.0140310             18.7100000
      0.0868660              4.1330000
      0.2902160              1.2000000
P   C
      1.0000000              0.3827000
P   C
      1.0000000              0.1209000
D   C
      1.0000000              1.0970000
D   C
      1.0000000              0.3180000
F   C
      1.0000000              0.7610000

# OXYGEN
S   O
      0.0005080          15330.0000000
      0.0039290           2299.0000000
      0.0202430            522.4000000
      0.0791810            147.3000000
      0.2306870             47.5500000
      0.4331180             16.7600000
      0.3502600              6.2070000
     -0.0081540              0.6882000
S   O
     -0.0001150          15330.0000000
     -0.0008950           2299.0000000
     -0.0046360            522.4000000
     -0.0187240            147.3000000
     -0.0584630             47.5500000
     -0.1364630             16.7600000
     -0.1757400              6.2070000
      0.6034180              0.6882000
S   O
      1.0000000              1.7520000
S   O
      1.0000000              0.2384000
P   O
      0.0159280             34.4600000
      0.0997400              7.7490000
      0.3104920              2.2800000
P   O
      1.0000000              0.7156000
P   O
      1.0000000              0.2140000
D   O
      1.0000000              2.3140000
D   O
      1.0000000              0.6450000
F   O
      1.0000000              1.4280000
END
RUNTYPE SCF
SCFTYPE RHF
CONV 6
VECTORS MINGUESS
ENTER
На выходе получаю лажу :? (см. вложение).
Добавление различных директив для сходимости, изменение геометрии и представления начальных орбиталей не дали результата.
Не могут быть такие энергии :D

Код: Выделить всё

 ======================================================================================
                               SYMMETRY ASSIGNMENT
 ======================================================================================
 E level    m.o.     symmetry           orbital         orbital  degeneracy  occupancy
                                  energy (a.u.)    energy (e.v)
 ======================================================================================
    1      1 -  1      1 b2     -16057.19857837    -436942.8677       1        2.000000
    2      2 -  2      1 a1      -4574.48048603    -124479.1619       1        2.000000
    3      3 -  3      1 b1       -211.32347401      -5750.4604       1        2.000000
    4      4 -  4      2 a1       -156.11823269      -4248.2347       1        2.000000
    5      5 -  5      2 b2        -18.85186114       -512.9902       1        2.000000
    6      6 -  6      3 a1        -18.25061523       -496.6294       1        2.000000
    7      7 -  7      3 b2        -16.77646727       -456.5154       1        2.000000
    8      8 -  8      4 a1        -16.67076054       -453.6389       1        2.000000
    9      9 -  9      5 a1        -16.20267384       -440.9015       1        2.000000
   10     10 - 10      4 b2        -15.84362393       -431.1311       1        2.000000
   11     11 - 11      6 a1        -15.73770023       -428.2488       1        2.000000
   12     12 - 12      5 b2        -15.50749269       -421.9845       1        2.000000
   13     13 - 13      2 b1        -15.45325776       -420.5086       1        2.000000
   14     14 - 14      1 a2        -15.43497208       -420.0111       1        2.000000
   15     15 - 15      7 a1        -15.26511899       -415.3891       1        2.000000
   16     16 - 16      3 b1        -15.23251444       -414.5019       1        2.000000
   17     17 - 17      8 a1        -15.11509508       -411.3067       1        2.000000
   18     18 - 18      6 b2        -15.03638853       -409.1649       1        2.000000
   19     19 - 19      2 a2        -15.02011630       -408.7221       1        2.000000
   20     20 - 20      7 b2        -14.75641510       -401.5464       1        2.000000
   21     21 - 21      9 a1        -14.74887308       -401.3412       1        2.000000
   22     22 - 22      8 b2        -14.50694700       -394.7580       1        2.000000
   23     23 - 23     10 a1        -14.48570119       -394.1798       1        2.000000
   24     24 - 24      4 b1        -14.29504083       -388.9916       1        2.000000
   25     25 - 25      9 b2        -14.26464000       -388.1644       1        2.000000
   26     26 - 26      3 a2        -14.26008137       -388.0403       1        2.000000
   27     27 - 27     11 a1        -14.12022102       -384.2345       1        2.000000
Для сравнения файл из FireFly во вложении.
Ну да ладно расчет энергии провел заменив SCFTYPE RHF на SCFTYPE DIRECT RHF и получил нормальный результат:

Код: Выделить всё

 ========================================================
  m.o. irrep        orbital         orbital       orbital
              energy (a.u.)   energy (e.v.)     occupancy
 ========================================================
    1     3    -20.55390832       -559.3058        2.0000
    2     1    -20.55388504       -559.3051        2.0000
    3     1    -11.33543744       -308.4560        2.0000
    4     3    -11.33543517       -308.4559        2.0000
    5     3    -11.23322991       -305.6747        2.0000
    6     1    -11.23322938       -305.6747        2.0000
    7     1    -11.20171739       -304.8172        2.0000
    8     1     -1.43897103        -39.1568        2.0000
    9     3     -1.38209568        -37.6091        2.0000
   10     1     -1.07591540        -29.2774        2.0000
   11     3     -1.02353384        -27.8520        2.0000
   12     1     -0.97711076        -26.5888        2.0000
   13     3     -0.80397956        -21.8776        2.0000
   14     1     -0.80081602        -21.7915        2.0000
   15     1     -0.69825081        -19.0006        2.0000
   16     3     -0.66800873        -18.1776        2.0000
   17     2     -0.63138980        -17.1812        2.0000
   18     3     -0.60769604        -16.5364        2.0000
   19     4     -0.60433910        -16.4451        2.0000
   20     1     -0.59482497        -16.1862        2.0000
   21     1     -0.57393835        -15.6178        2.0000
   22     3     -0.54892319        -14.9371        2.0000
   23     2     -0.54422186        -14.8092        2.0000
   24     1     -0.53356576        -14.5192        2.0000
   25     4     -0.51024457        -13.8846        2.0000
   26     3     -0.41514668        -11.2968        2.0000
   27     2     -0.34392869         -9.3589        2.0000
НО! Толку от него не много, т.к.:

Код: Выделить всё

Note that the SCFTYPE directive is now required in requesting the DIRECT option. 
The third parameter on the data line, RHF, points to the particular category of wavefunction required i.e. closed-shell SCF. 
The options supported in direct-mode include RHF, UHF, GVB and MP2 (see below). 
Omitting this parameter and presenting just the line SCFTYPE DIRECT will lead to the default option of a direct-RHF calculation for closed-shell systems. 
Note that the default file output in such calculations is confined to ED3 and ED7, the Dump- and Scratch-file respectively.
Т.е. Mainfile (или ED2) не создается в DIRECT RHF, а он для меня является необходимым, чтобы провести последующие расчеты OVGF, 2ph-TDA и MCSCF. По схеме:
RESTART NEW
..
BYPASS SCF
..
RUNTYPE GF
..
Которая требует:

Код: Выделить всё

Several files will be generated under RUNTYPE GF processing. These include the following:
• the Mainfile (ED2) and Dumpfile (ED3).
• the semi-transformed (ED4) and transformed (ED6) integral files.
• the Scratch file (ED7).
• temporary files for sorting both transformed integrals (the Sortfile).
Any restart jobs will require ED6 being saved, in addition to the Dumpfile (ED3) and
Mainfile (ED2).
Вот такая проблема. Как сделать нормальный (не DIRECT) расчет SCF, чтобы получить ED2? Возможно есть какие-то хитрые директивы :235: ?
Расчеты по схеме:
1) RUNTYPE INTEGRAL
2) RESTART NEW
..
BYPASS
..
RUNTYPE SCF
..
Также не дали результата.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось iAlex Пт фев 15, 2019 7:55 pm, всего редактировалось 5 раз.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: Проблема SCF в Gamess

Сообщение iAlex » Пт фев 15, 2019 7:27 pm

А вот с DZP базисом не директ RHF и OVGF считается (файлы во вложении):

Код: Выделить всё

   ==============================================================
   orbital   hf-eigenvalue     corrected value    polestrength
   ============================================================
      1          -39.22496           -38.82776       0.00588

      2          -37.67168           -36.86460       0.01166

      3          -29.32929           -25.08569       0.79085

      4          -27.88058           -24.25320       0.82588

      5          -26.64232           -22.85967       0.73185

      6          -21.92022           -18.70382       0.86601

      7          -21.86854           -18.45742       0.83998

      8          -19.02713           -15.83896       0.86115

      9          -18.21063           -15.21965       0.87631

     10          -17.19336           -14.88836       0.88202

     11          -16.57700           -13.60085       0.87847

     12          -16.44847           -14.56756       0.90419

     13          -16.21849           -13.78978       0.88993

     14          -15.61295           -13.87222       0.91697

     15          -14.94532           -12.94148       0.91029

     16          -14.80700           -12.66339       0.89966

     17          -14.54546           -11.59382       0.88463

     18          -13.90341           -11.42898       0.89171

     19          -11.32880            -8.52561       0.89346

     20           -9.37784            -8.05494       0.91154
Только вот авторитетные ученые считали теми же методами тоже самое в cc-pVTZ:
111.png
Правда делали они это в дорогом Gaussian'е, а вот для людей созданный Gamess-UK упорно не хочет. В чем причина? Попробую поиграть с базисами.



:235:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: Проблема SCF в Gamess

Сообщение iAlex » Ср фев 20, 2019 1:18 pm

Проблема решена.
Оказывается это Windows версия кривая, когда создается большой файл ed2 Gamess-UK не может его прочитать.
В Linux версии такой проблемы нет, расчет идет нормально, я проверял на ed2 файлах размером в 12Гб и 46Гб, всё отлично проходило.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей