Взаимодействие молекул
Re: Взаимодействие молекул
Полную ППЭ подобных многостадийных реакций никто не считает. Нужно на основании эксп. и лит. данных выделить ключевую (лимитирующую) стадию и считать только ее. Возможно, самую первую. А концовку реакции, где заряд меняется (протонирование-дегидратация-депротонирование) я бы вообще считать не стал, т.к. корректно это сделать практически невозможно (ну или очень сложно). Да и, скорее всего, незачем - вряд ли лимитирующая стадия там.
И кстати, у вас получается, сумма реагентов (гидразид+альдегид) на 3.6 ккал/моль выгоднее продуктов (бензилиден производное + вода). Это нехорошо. Думаю, что если сравнивать предреакционный комплекс гидразид+альдегид с комплексом бензилиден производное + вода, будет лучше.
И кстати, у вас получается, сумма реагентов (гидразид+альдегид) на 3.6 ккал/моль выгоднее продуктов (бензилиден производное + вода). Это нехорошо. Думаю, что если сравнивать предреакционный комплекс гидразид+альдегид с комплексом бензилиден производное + вода, будет лучше.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
(-1189.455741+ (-345,3248398))-(-1458.4165387+(-76.3583153))=-0,0057268 a.u. - это и есть 3.6 ккал/моль?
А если попробовать пересчитать в другом базисе исходные реагенты и продуты?
Какие процедуры ( ) надо провести для сравнения? или как это сделано выше: - 1534.795135 -(-1458.4165387+(-76.3583153))=-0,020281 a.u.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
И еще вопросик. А на основании полученных дачных можно построить энергетический профиль реакции? И если да, то как это я могу сделать?
Re: Взаимодействие молекул
a.u. умножайте на 627.51, получите ккал/моль.
Пересчитывать в другом базисе я бы не стал. Не факт, что будет лучше.
(-1189.455741+ (-345,3248398)) это энергия системы, гидразид+альдегид, разнесенных на бесконечность. Если реагенты сблизить, энергия системы понизится (по кр. мере с D3-поправкой - точно понизится). Но не сильно. А вот в случае бензилиден производное + вода понижение энергии будет существенным, т.к. вода образует выгодные водородные связи с гетероатомами. Т.е. нужно расположить воду в "хорошем" месте и пустить этот комплекс на оптимизацию. Самое хорошее место для воды нужно будет поискать, например, один протон воды рядом с кислородом, другой - с азотом или серой. Там много вариантов. Предреакционный комплекс гидразид+альдегид искать труднее, но и не надо пока, он получится автоматически, когда найдете ПС первой стадии и спуститесь с него к реагентам.
Пересчитывать в другом базисе я бы не стал. Не факт, что будет лучше.
(-1189.455741+ (-345,3248398)) это энергия системы, гидразид+альдегид, разнесенных на бесконечность. Если реагенты сблизить, энергия системы понизится (по кр. мере с D3-поправкой - точно понизится). Но не сильно. А вот в случае бензилиден производное + вода понижение энергии будет существенным, т.к. вода образует выгодные водородные связи с гетероатомами. Т.е. нужно расположить воду в "хорошем" месте и пустить этот комплекс на оптимизацию. Самое хорошее место для воды нужно будет поискать, например, один протон воды рядом с кислородом, другой - с азотом или серой. Там много вариантов. Предреакционный комплекс гидразид+альдегид искать труднее, но и не надо пока, он получится автоматически, когда найдете ПС первой стадии и спуститесь с него к реагентам.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Не подскажите тогда, с чего начать для поиска переходного состояния? Брать как реагент промежуточную молекулу int 2 и комплекс продуктов product1 & product2(h2o) и искать переходное состояние через QST2? Можно ль так?
Re: Взаимодействие молекул
А литературу смотреть не пробовали? Не может быть, чтобы реакцию альдегидов с аминами не считали. Может, такую реакцию в газовой фазе и пытаться не стоит. В свежих статьях в SI найдете и структуру ПС, тогда останется только подставить свои заместители - и на оптимизацию
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Supporting Information
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
В вложении скан по C-N, посмотрите, я так понял что нет там самой большой точки, что-бы пойти дальше...Shorku писал(а): ↑Пн июн 25, 2018 10:47 pmКак я уже написал - возмите из своей оптимизации, скажем, геометрию из шага 54, и запустите скан по связи C-N, потом найдите на зависимости энергии от этого расстояния самую большую по энергии точку (если там зависимость с максимумом, конечно), и запустите с этой геометрией оптимизацию переходного состояния - будет Вам энергия аткивации =)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Взаимодействие молекул
Нет там ничего интересного, просто по тому что у вас скан начинается на 3.0 что уже ЗА возможным переходным состоянием и идет дальше на увелеичение расстояния.
Вам нужен скан на сближение ну и разумеется не 50 шагов, а 15 максимум.
Вам нужен скан на сближение ну и разумеется не 50 шагов, а 15 максимум.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Ну давайте рассуждать логически. Если чтобы уйти от девушки надо 50 шагов вперед то что надо сделать чтобы к ней подойти?
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Минус пятьдесят шагов?
Ну я незнаю кто как, а у меня число шагов обычно величина положительная. Но идти я могу как вперед (в положительном направлении) так и назад (в отрицательном).
"Ты делал шаги соразмерно желаньям [...]" © Последнее Испытание.
Ну я незнаю кто как, а у меня число шагов обычно величина положительная. Но идти я могу как вперед (в положительном направлении) так и назад (в отрицательном).
"Ты делал шаги соразмерно желаньям [...]" © Последнее Испытание.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Экспериментальным путем не пошло s -15 0.1, точнее пошло , но так же как и s 50 0.1;
перезапустил с s 15 -0.1 , жду...
Re: Взаимодействие молекул
Здравствуйте. Я пытался осилить о чём писали в теме и не смог всё понять.
Минутка рекламы - Chemcraft может делать рисунки, похожие на 2d, по декартовым координатам атомов. Этот рисунок программа нарисовала автоматически:
Посмотрел последний скан - там вообще непонятно что за параметр сканируется и зачем это нужно. По-моему, вам надо сканировать, например, расстояние между атомами 12 и 13 на уменьшение - тогда будет видно как молекулы соединяются. Но мне тут не очень ясно, как быть с неспаренными электронами - ведь при разрыве связи они возникают, значит меняется мультиплетность? Меня всегда озадачивал этот момент.
Минутка рекламы - Chemcraft может делать рисунки, похожие на 2d, по декартовым координатам атомов. Этот рисунок программа нарисовала автоматически:
Посмотрел последний скан - там вообще непонятно что за параметр сканируется и зачем это нужно. По-моему, вам надо сканировать, например, расстояние между атомами 12 и 13 на уменьшение - тогда будет видно как молекулы соединяются. Но мне тут не очень ясно, как быть с неспаренными электронами - ведь при разрыве связи они возникают, значит меняется мультиплетность? Меня всегда озадачивал этот момент.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Таки да, Гесс уже направил в нужном направлении:Vit Nhoc писал(а): ↑Вт июл 03, 2018 12:37 pmПосмотрел последний скан - там вообще непонятно что за параметр сканируется и зачем это нужно. По-моему, вам надо сканировать, например, расстояние между атомами 12 и 13 на уменьшение - тогда будет видно как молекулы соединяются. Но мне тут не очень ясно, как быть с неспаренными электронами - ведь при разрыве связи они возникают, значит меняется мультиплетность? Меня всегда озадачивал этот момент.
Только скан увеличил с 15 шагов на 25, так как только на 15-м идет присоединение
Re: Взаимодействие молекул
Зря.
Вы ищете точку перегиба. Если она есть она наверняка между 1.7 и 2.2
Скан из 15 точек доходил до 1.5 ангстрема и этого было достаточно. Поиск минимума (если он там есть) не является вашей задачей.
Скан из 25 точек будет доходить до 0.5 ангстремов и результирующая энергия системы в этой точке будет огромной. Там еще пара шагов до ядерного синтеза.
Так что если еще не удалили (не затерли) скан из 15 точек - то покажите.
Вы ищете точку перегиба. Если она есть она наверняка между 1.7 и 2.2
Скан из 15 точек доходил до 1.5 ангстрема и этого было достаточно. Поиск минимума (если он там есть) не является вашей задачей.
Скан из 25 точек будет доходить до 0.5 ангстремов и результирующая энергия системы в этой точке будет огромной. Там еще пара шагов до ядерного синтеза.
Так что если еще не удалили (не затерли) скан из 15 точек - то покажите.
Re: Взаимодействие молекул
Неспаренные электроны возникают при гомолитическом разрыве связи.
При гетеролитическом разрыве это совершенно необязательно (хотя может происходить если образуются катион и триплетный анион).
Насколько я помню что топикстартер сканирует - там продукты (то есть то откуда он начинает скан) нейтральные closed-shell молекулы и никаких проблем в restricted приближении не предвидится.
При гомолитическом разрыве связи обычно достаточно использовать Unrestricted (то есть в записи гауссиана UB3LYP или UPBE), и синглетный бирадикал будет в первом приближении не самым плохим приближением (сорри за тавтологию). Разумеется никаких гарантий что гауссиан поймает правильное электронное состояние никто не даст. Но можно проверить результат посмотрев S^^2 в аутпуте или визуализировав спиновую плотность из чекпоинтфайла. Кроме того есть кейворд Stable, который в данном случае будет жаловаться на UHF-UHF instability (если поймано невыгодное распределение электронов) и Stable=opt который попробует это вылечить. Для контроля spin-flip (всмысле превращения синглета в триплет) можно применять broken-symmetry approach который в гауссиане вызывается guess=mix. Впрочем в конкретном случае я в этом пока не вижу смысла.
В самых печальных случаях изменение мультиплетности неполучается обмануть на уровне ДФТ даже с применением всех дополнительных и матерых плющек (думаю Shorku знает эти плюшки лучше), и тогда прямая вам дорога в мультиреференсные методы. Примерами таких систем является диссоциация молекулы азота (не описывается корректно даже на CCSD(T)), многие процессы металлокатализа и фотохимии (тут сьела собаку sanya1024, но она здесь больше практически не появляется). Если вас гложут сомнения нужен ли вам мультиреференс - существует масса критериев (правда преимущественно заточенных на предыдущие пост-ХФ расчеты) среди которых особо хотелось бы отметить недавнюю разработку Низе и кажется Гримме - FOD-диагностику, имплементировано в ORCA, искать по мануалу рядом со словами "FOD", "smearing". Это абсолютно "черный ящик" со стоимостью singlepoint DFT расчета.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Досканируется, выложу...Гесс писал(а): ↑Вт июл 03, 2018 2:41 pmЗря.
Вы ищете точку перегиба. Если она есть она наверняка между 1.7 и 2.2
Скан из 15 точек доходил до 1.5 ангстрема и этого было достаточно. Поиск минимума (если он там есть) не является вашей задачей.
Скан из 25 точек будет доходить до 0.5 ангстремов и результирующая энергия системы в этой точке будет огромной. Там еще пара шагов до ядерного синтеза.
Так что если еще не удалили (не затерли) скан из 15 точек - то покажите.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей