Оптимизация в Gaussian

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
requanto
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Пн фев 12, 2018 6:14 pm

Оптимизация в Gaussian

Сообщение requanto » Пн фев 12, 2018 6:20 pm

Доброго времени суток, господа!
Построена углеродная нанотрубка, и необходимо приблизить к ее поверхности аминную функциональную группу. При расчете энергии во время приближения аминогруппы лицезрю ошибку 2070, а именно ошибку при конвергенции. Отсюда вопрос: возможно ли как-то программно дать директиву, чтобы аминогруппа оптимизировалась при расчете минимальной энергии адсорбции, однако сама нанотрубка при этом не затрагивалась?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Оптимизация в Gaussian

Сообщение Shorku » Пн фев 12, 2018 7:22 pm

Чтобы участники форума могли понять, про что Вы пишете и в чем Ваша проблема, неплохо было бы приложить лог расчета или хотя бы скопипастить его конец с тектом ошибки и последними операциями.
Make quantum chemistry, not war

requanto
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Пн фев 12, 2018 6:14 pm

Re: Оптимизация в Gaussian

Сообщение requanto » Пн фев 12, 2018 8:02 pm

Код: Выделить всё

 Entering Link 1 = C:\G09W\l1.exe PID=      5900.
  
 Copyright © 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2013,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
 This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
 the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
 the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
 University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
 Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
 trademark of Gaussian, Inc.
  
 This software contains proprietary and confidential information,
 including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
 This software is provided under written license and may be
 used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
 written license.
  
 The following legend is applicable only to US Government
 contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
 Use, reproduction and disclosure by the US Government is
 subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
 and © of the Commercial Computer Software - Restricted
 Rights clause in FAR 52.227-19.
  
 Gaussian, Inc.
 340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
 ---------------------------------------------------------------
 Warning -- This program may not be used in any manner that
 competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
 assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
 of this program is prohibited from giving any competitor of
 Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
 the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
 business of creating and licensing software in the field of
 computational chemistry and represents and warrants to the
 licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
 it will not use this program in any manner prohibited above.
 ---------------------------------------------------------------
  

 Cite this work as:
 Gaussian 09, Revision D.01,
 M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, 
 M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, 
 G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, 
 A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, 
 M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, 
 Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., 
 J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, 
 K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, 
 K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, 
 M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, 
 V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, 
 O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, 
 R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, 
 P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, 
 O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, 
 and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.
 
 ******************************************
 Gaussian 09:  IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
                11-Feb-2018 
 ******************************************
 %mem=1000MB
 %nprocshared=4
 Will use up to    4 processors via shared memory.
 %chk=C:\G09W\Scratch\dryuchkov\AMINOGROUP\TUBE_AMIN_ENERGY_16.chk
 -------------------------------
 # b3lyp/3-21g geom=connectivity
 -------------------------------
 1/38=1,57=2/1;
 2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
 3/5=5,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
 4//1;
 5/5=2,38=5/2;
 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
 99/5=1,9=1/99;
 -------------------
 Title Card Required
 -------------------
 Symbolic Z-matrix:
 Charge =  0 Multiplicity = 2
 C
 C                    1    B1
 C                    2    B2       1    A1
 C                    1    B3       2    A2       3    D1       0
 C                    3    B4       2    A3       1    D2       0
 C                    4    B5       1    A4       2    D3       0
 C                    5    B6       3    A5       2    D4       0
 C                    7    B7       5    A6       3    D5       0
 C                    6    B8       4    A7       1    D6       0
 C                    9    B9       6    A8       4    D7       0
 C                    8    B10      7    A9       5    D8       0
 C                    10   B11      9    A10      6    D9       0
 C                    11   B12      8    A11      7    D10      0
 C                    13   B13      11   A12      8    D11      0
 C                    12   B14      10   A13      9    D12      0
 C                    15   B15      12   A14      10   D13      0
 C                    2    B16      1    A15      4    D14      0
 C                    16   B17      15   A16      12   D15      0
 C                    3    B18      2    A17      1    D16      0
 C                    5    B19      3    A18      2    D17      0
 C                    8    B20      7    A19      5    D18      0
 C                    11   B21      8    A20      7    D19      0
 C                    14   B22      13   A21      11   D20      0
 C                    17   B23      2    A22      1    D21      0
 C                    19   B24      3    A23      2    D22      0
 C                    22   B25      11   A24      8    D23      0
 C                    23   B26      14   A25      13   D24      0
 C                    19   B27      3    A26      2    D25      0
 C                    20   B28      5    A27      3    D26      0
 C                    22   B29      11   A28      8    D27      0
 C                    28   B30      19   A29      3    D28      0
 C                    29   B31      20   A30      5    D29      0
 C                    29   B32      20   A31      5    D30      0
 C                    30   B33      22   A32      11   D31      0
 C                    30   B34      22   A33      11   D32      0
 C                    28   B35      19   A34      3    D33      0
 C                    31   B36      28   A35      19   D34      0
 C                    32   B37      29   A36      20   D35      0
 C                    33   B38      29   A37      20   D36      0
 C                    34   B39      30   A38      22   D37      0
 C                    35   B40      30   A39      22   D38      0
 C                    36   B41      28   A40      19   D39      0
 C                    37   B42      31   A41      28   D40      0
 C                    40   B43      34   A42      30   D41      0
 C                    41   B44      35   A43      30   D42      0
 C                    37   B45      31   A44      28   D43      0
 C                    38   B46      32   A45      29   D44      0
 C                    40   B47      34   A46      30   D45      0
 C                    46   B48      37   A47      31   D46      0
 C                    47   B49      38   A48      32   D47      0
 C                    47   B50      38   A49      32   D48      0
 C                    48   B51      40   A50      34   D49      0
 C                    48   B52      40   A51      34   D50      0
 C                    46   B53      37   A52      31   D51      0
 C                    49   B54      46   A53      37   D52      0
 C                    50   B55      47   A54      38   D53      0
 C                    51   B56      47   A55      38   D54      0
 C                    52   B57      48   A56      40   D55      0
 C                    53   B58      48   A57      40   D56      0
 C                    54   B59      46   A58      37   D57      0
 C                    55   B60      49   A59      46   D58      0
 C                    58   B61      52   A60      48   D59      0
 C                    59   B62      53   A61      48   D60      0
 C                    55   B63      49   A62      46   D61      0
 C                    56   B64      50   A63      47   D62      0
 C                    58   B65      52   A64      48   D63      0
 C                    64   B66      55   A65      49   D64      0
 C                    65   B67      56   A66      50   D65      0
 C                    65   B68      56   A67      50   D66      0
 C                    66   B69      58   A68      52   D67      0
 C                    66   B70      58   A69      52   D68      0
 C                    64   B71      55   A70      49   D69      0
 H                    9    B72      6    A71      4    D70      0
 H                    12   B73      10   A72      9    D71      0
 H                    6    B74      4    A73      1    D72      0
 H                    1    B75      4    A74      6    D73      0
 H                    18   B76      16   A75      15   D74      0
 H                    15   B77      12   A76      10   D75      0
 H                    68   B78      65   A77      56   D76      0
 H                    67   B79      64   A78      55   D77      0
 H                    72   B80      64   A79      55   D78      0
 H                    71   B81      66   A80      58   D79      0
 H                    70   B82      66   A81      58   D80      0
 H                    69   B83      65   A82      56   D81      0
 C                    12   B84      10   A83      9    D82      0
 C                    30   B85      22   A84      11   D83      0
 C                    16   B86      15   A85      12   D84      0
 C                    27   B87      23   A86      14   D85      0
 C                    48   B88      40   A87      34   D86      0
 C                    58   B89      52   A88      48   D87      0
 C                    67   B90      64   A89      55   D88      0
 C                    63   B91      59   A90      53   D89      0
 C                    55   B92      49   A91      46   D90      0
 C                    70   B93      66   A92      58   D91      0
 C                    65   B94      56   A93      50   D92      0
 C                    43   B95      37   A94      31   D93      0
 C                    44   B96      40   A95      34   D94      0
 C                    47   B97      38   A96      32   D95      0
 C                    25   B98      19   A97      3    D96      0
 C                    46   B99      37   A98      31   D97      0
 C                    45   B100     41   A99      35   D98      0
 C                    28   B101     19   A100     3    D99      0
 C                    3    B102     2    A101     1    D100     0
 C                    26   B103     22   A102     11   D101     0
 C                    29   B104     20   A103     5    D102     0
 C                    11   B105     8    A104     7    D103     0
 C                    7    B106     5    A105     3    D104     0
 C                    1    B107     4    A106     6    D105     0
 N                    34   B108     30   A107     22   D106     0
 H                    109  B109     34   A108     30   D107     0
 H                    109  B110     34   A109     30   D108     0
       Variables:
  B1                    2.4681                   
  B2                    1.43347                  
  B3                    1.41737                  
  B4                    2.42357                  
  B5                    1.4228                   
  B6                    1.45697                  
  B7                    1.45707                  
  B8                    2.3353                   
  B9                    1.42292                  
  B10                   2.42362                  
  B11                   1.41734                  
  B12                   1.43356                  
  B13                   1.43528                  
  B14                   2.3938                   
  B15                   1.43314                  
  B16                   1.43558                  
  B17                   1.43335                  
  B18                   1.42934                  
  B19                   1.41413                  
  B20                   1.41397                  
  B21                   1.42917                  
  B22                   1.41423                  
  B23                   1.4137                   
  B24                   1.43371                  
  B25                   1.43372                  
  B26                   1.45964                  
  B27                   2.4705                   
  B28                   2.47325                  
  B29                   2.47072                  
  B30                   1.43536                  
  B31                   1.4616                   
  B32                   1.46171                  
  B33                   1.43546                  
  B34                   1.43916                  
  B35                   1.43944                  
  B36                   1.42354                  
  B37                   1.40869                  
  B38                   1.40856                  
  B39                   1.42342                  
  B40                   1.40873                  
  B41                   1.40834                  
  B42                   1.43542                  
  B43                   1.43551                  
  B44                   1.4616                   
  B45                   2.47167                  
  B46                   2.47344                  
  B47                   2.47178                  
  B48                   1.43373                  
  B49                   1.45973                  
  B50                   1.45979                  
  B51                   1.43369                  
  B52                   1.43921                  
  B53                   1.43934                  
  B54                   1.42929                  
  B55                   1.41407                  
  B56                   1.41395                  
  B57                   1.42928                  
  B58                   1.4141                   
  B59                   1.41392                  
  B60                   1.43347                  
  B61                   1.43352                  
  B62                   1.45706                  
  B63                   2.48212                  
  B64                   2.4776                   
  B65                   2.48217                  
  B66                   1.41733                  
  B67                   1.4332                   
  B68                   1.43324                  
  B69                   1.41733                  
  B70                   1.42284                  
  B71                   1.42293                  
  B72                   1.08488                  
  B73                   1.08561                  
  B74                   1.08489                  
  B75                   1.08562                  
  B76                   1.08486                  
  B77                   1.08489                  
  B78                   1.08488                  
  B79                   1.08561                  
  B80                   1.08488                  
  B81                   1.08488                  
  B82                   1.08562                  
  B83                   1.08487                  
  B84                   1.4173                   
  B85                   1.42453                  
  B86                   1.41385                  
  B87                   1.39605                  
  B88                   1.42454                  
  B89                   1.43348                  
  B90                   1.41732                  
  B91                   1.41395                  
  B92                   1.43353                  
  B93                   1.41732                  
  B94                   1.41393                  
  B95                   1.42454                  
  B96                   1.42442                  
  B97                   1.39619                  
  B98                   1.42452                  
  B99                   1.42438                  
  B100                  1.39618                  
  B101                  1.42441                  
  B102                  1.43347                  
  B103                  1.42444                  
  B104                  1.39621                  
  B105                  1.43354                  
  B106                  1.41404                  
  B107                  1.41729                  
  B108                  1.6                      
  B109                  1.05573                  
  B110                  1.05573                  
  A1                   89.27346                  
  A2                   88.97623                  
  A3                  131.80044                  
  A4                  114.88092                  
  A5                  128.50292                  
  A6                  111.12142                  
  A7                  125.97166                  
  A8                  125.96186                  
  A9                  128.48101                  
  A10                 114.8583                   
  A11                 131.77231                  
  A12                 115.3038                   
  A13                 133.15742                  
  A14                 129.29235                  
  A15                 143.8857                   
  A16                 109.0854                   
  A17                 119.4473                   
  A18                  90.22531                  
  A19                 119.63939                  
  A20                  89.91014                  
  A21                 119.72317                  
  A22                 119.73179                  
  A23                 119.52918                  
  A24                 119.5351                   
  A25                 119.6997                   
  A26                 149.61015                  
  A27                 148.97379                  
  A28                 149.60967                  
  A29                  89.3086                   
  A30                  89.11733                  
  A31                 142.35246                  
  A32                  89.30547                  
  A33                 144.76669                  
  A34                 144.76714                  
  A35                 119.60284                  
  A36                 119.90579                  
  A37                 119.90628                  
  A38                 119.60143                  
  A39                 119.85297                  
  A40                 119.86068                  
  A41                 119.59985                  
  A42                 119.60447                  
  A43                 119.9072                   
  A44                 149.67474                  
  A45                 149.21507                  
  A46                 149.67564                  
  A47                  89.30238                  
  A48                  89.15314                  
  A49                 142.51103                  
  A50                  89.302                    
  A51                 144.96272                  
  A52                 144.95866                  
  A53                 119.53454                  
  A54                 119.70023                  
  A55                 119.70121                  
  A56                 119.53271                  
  A57                 119.78277                  
  A58                 119.78611                  
  A59                 119.44457                  
  A60                 119.44648                  
  A61                 119.63426                  
  A62                 149.89307                  
  A63                 149.48257                  
  A64                 149.89429                  
  A65                  89.08052                  
  A66                  89.18394                  
  A67                 140.89678                  
  A68                  89.0789                   
  A69                 143.66701                  
  A70                 143.66185                  
  A71                  90.39843                  
  A72                 119.02249                  
  A73                 119.74273                  
  A74                 119.02133                  
  A75                 119.77621                  
  A76                  91.05109                  
  A77                 119.76724                  
  A78                 119.02227                  
  A79                 119.74907                  
  A80                 119.7456                   
  A81                 119.02256                  
  A82                 119.76951                  
  A83                 117.55303                  
  A84                  30.29495                  
  A85                 120.03992                  
  A86                 119.98116                  
  A87                  30.32668                  
  A88                 119.44497                  
  A89                 117.55606                  
  A90                 119.29542                  
  A91                 119.44592                  
  A92                 117.55671                  
  A93                  30.85656                  
  A94                 119.59693                  
  A95                 119.59921                  
  A96                  30.8299                   
  A97                 119.62651                  
  A98                  30.32646                  
  A99                 119.86316                  
  A100                 30.29228                  
  A101                116.01159                  
  A102                119.63144                  
  A103                 30.74586                  
  A104                 32.38065                  
  A105                119.29389                  
  A106                117.55703                  
  A107                101.71512                  
  A108                131.12028                  
  A109                126.40233                  
  D1                  -21.47848                  
  D2                   59.05875                  
  D3                 -139.50826                  
  D4                    1.66532                  
  D5                   82.35303                  
  D6                   84.20694                  
  D7                    0.00161                  
  D8                  -82.33479                  
  D9                  -84.18098                  
  D10                  -1.64999                  
  D11                  93.47935                  
  D12                  92.37737                  
  D13                  -2.21766                  
  D14                 113.55685                  
  D15                 -81.83074                  
  D16                 179.21883                  
  D17                 131.08558                  
  D18                  34.92986                  
  D19                 129.47803                  
  D20                  26.64338                  
  D21                -155.24695                  
  D22                -153.20827                  
  D23                  13.34416                  
  D24                -148.03878                  
  D25                  -0.78722                  
  D26                -134.09834                  
  D27                -139.05814                  
  D28                -179.51383                  
  D29                 179.40608                  
  D30                  54.1594                   
  D31                 179.52181                  
  D32                  43.76653                  
  D33                 -43.77833                  
  D34                 179.83406                  
  D35                 179.8443                   
  D36                 151.26727                  
  D37                -179.8297                   
  D38                 155.9227                   
  D39                -155.9137                   
  D40                -152.87104                  
  D41                 152.85391                  
  D42                -148.73288                  
  D43                  -0.21743                  
  D44                   0.15515                  
  D45                   0.20777                  
  D46                -179.71281                  
  D47                -179.72984                  
  D48                  54.11466                  
  D49                 179.71536                  
  D50                  43.07905                  
  D51                 -43.10877                  
  D52                 179.72482                  
  D53                -179.64833                  
  D54                 151.2171                   
  D55                -179.72273                  
  D56                 156.31431                  
  D57                -156.2909                   
  D58                -153.19552                  
  D59                 153.19192                  
  D60                -149.37606                  
  D61                   0.44864                  
  D62                  -1.64962                  
  D63                  -0.46321                  
  D64                -178.61688                  
  D65                 179.02917                  
  D66                  58.94049                  
  D67                 178.62279                  
  D68                  45.12637                  
  D69                 -45.15361                  
  D70                -128.16837                  
  D71                 -28.25312                  
  D72                 -30.89851                  
  D73                  28.22972                  
  D74                 -37.89509                  
  D75                -133.26341                  
  D76                 177.42366                  
  D77                 179.95256                  
  D78                -157.82339                  
  D79                 157.8316                   
  D80                -179.9528                   
  D81                 151.57209                  
  D82                 127.99318                  
  D83                  -0.37809                  
  D84                  62.47255                  
  D85                 179.96315                  
  D86                  -0.37939                  
  D87                  -0.5498                   
  D88                  23.70158                  
  D89                 179.83747                  
  D90                   0.54333                  
  D91                 -23.70093                  
  D92                  -0.27388                  
  D93                 179.77569                  
  D94                -179.77408                  
  D95                  -0.27655                  
  D96                 179.77695                  
  D97                   0.38776                  
  D98                 179.84181                  
  D99                   0.38467                  
  D100                 24.5758                   
  D101               -179.77755                  
  D102                 -0.05219                  
  D103                -73.52347                  
  D104                -62.55653                  
  D105               -128.02017                  
  D106                 83.22493                  
  D107                -56.49339                  
  D108                117.74501                  
 
 Stoichiometry    C96H14N(2)
 Framework group  C1[X(C96H14N)]
 Deg. of freedom   327
 Full point group                 C1      NOp   1
 Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
 Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                         
 ---------------------------------------------------------------------
 Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
 Number     Number       Type             X           Y           Z
 ---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -7.805926   -0.000109   -2.324720
      2          6           0       -5.671202   -1.215823   -2.086958
      3          6           0       -4.967924   -0.000070   -2.373627
      4          6           0       -7.113798    1.211999   -2.078341
      5          6           0       -4.958647    2.158889   -1.272500
      6          6           0       -7.802902    2.135919   -1.244151
      7          6           0       -5.676299    2.568091   -0.072377
      8          6           0       -4.963239    2.159431    1.130779
      9          6           0       -7.807528    2.136372    1.091141
     10          6           0       -7.121563    1.212602    1.928288
     11          6           0       -4.976882    0.000444    2.231927
     12          6           0       -7.814760    0.000503    2.171507
     13          6           0       -5.679065   -1.215208    1.941688
     14          6           0       -4.963396   -2.158289    1.130238
     15          6           0       -7.807427   -2.135250    1.090406
     16          6           0       -7.090120   -2.559914   -0.075368
     17          6           0       -4.958386   -2.159420   -1.273069
     18          6           0       -7.802983   -2.136259   -1.244488
     19          6           0       -3.538602   -0.000062   -2.380856
     20          6           0       -3.544521    2.161130   -1.276570
     21          6           0       -3.549304    2.161680    1.140396
     22          6           0       -3.547766    0.000423    2.244661
     23          6           0       -3.549197   -2.160561    1.139891
     24          6           0       -3.544698   -2.161669   -1.277149
     25          6           0       -2.830499    1.212013   -2.089344
     26          6           0       -2.838384    1.212441    1.955948
     27          6           0       -2.818359   -2.535073   -0.066827
     28          6           0       -1.406041   -1.213253   -2.091493
     29          6           0       -1.422213    2.538795   -0.064075
     30          6           0       -1.413953   -1.212821    1.963034
     31          6           0       -0.696410   -0.000039   -2.382688
     32          6           0       -0.691143    2.154375   -1.269905
     33          6           0       -0.695798    2.154776    1.144829
     34          6           0       -0.705436    0.000342    2.257635
     35          6           0       -0.695968   -2.153939    1.144519
     36          6           0       -0.690977   -2.154715   -1.270320
     37          6           0        0.727125   -0.000058   -2.379912
     38          6           0        0.717545    2.154352   -1.267149
     39          6           0        0.712761    2.154691    1.147564
     40          6           0        0.717978    0.000328    2.260355
     41          6           0        0.712758   -2.153915    1.147255
     42          6           0        0.717362   -2.154698   -1.267514
     43          6           0        1.435577    1.213177   -2.085676
     44          6           0        1.427705    1.213659    1.969131
     45          6           0        1.443856   -2.538484   -0.058513
     46          6           0        2.860007   -1.212155   -2.078580
     47          6           0        2.840108    2.535144   -0.055683
     48          6           0        2.852123   -1.211675    1.966818
     49          6           0        3.569358   -0.000039   -2.366984
     50          6           0        3.570955    2.161172   -1.262672
     51          6           0        3.566286    2.161591    1.154323
     52          6           0        3.560304    0.000306    2.258454
     53          6           0        3.566126   -2.160812    1.154002
     54          6           0        3.570977   -2.161373   -1.262975
     55          6           0        4.998589   -0.000057   -2.354333
     56          6           0        4.984993    2.158946   -1.253093
     57          6           0        4.980227    2.159332    1.150259
     58          6           0        4.989568    0.000285    2.251306
     59          6           0        4.980215   -2.158698    1.150010
     60          6           0        4.984866   -2.159167   -1.253369
     61          6           0        5.700731    1.215554   -2.064311
     62          6           0        5.692894    1.216022    1.964415
     63          6           0        5.697902   -2.567905   -0.050197
     64          6           0        7.143229   -1.212185   -2.050707
     65          6           0        7.111900    2.559990   -0.047296
     66          6           0        7.135428   -1.211778    1.955745
     67          6           0        7.836405   -0.000122   -2.294070
     68          6           0        7.829164    2.135784   -1.213331
     69          6           0        7.824642    2.136262    1.121735
     70          6           0        7.827608    0.000249    2.202125
     71          6           0        7.824513   -2.135714    1.121489
     72          6           0        7.829156   -2.136029   -1.213604
     73          1           0       -8.892019    2.165001    1.096532
     74          1           0       -8.900107    0.000544    2.147600
     75          1           0       -8.887374    2.164448   -1.253613
     76          1           0       -8.891366   -0.000156   -2.305113
     77          1           0       -8.887405   -2.165475   -1.254376
     78          1           0       -8.891923   -2.163996    1.095772
     79          1           0        8.913653    2.164570   -1.218731
     80          1           0        8.921753   -0.000162   -2.270214
     81          1           0        8.913632   -2.164920   -1.219068
     82          1           0        8.908970   -2.164510    1.131108
     83          1           0        8.913048    0.000255    2.182519
     84          1           0        8.909089    2.165123    1.131416
     85          6           0       -7.121644   -1.211451    1.927570
     86          6           0       -2.838464   -1.211626    1.955518
     87          6           0       -5.676295   -2.568193   -0.072525
     88          6           0       -1.422313   -2.538592   -0.064081
     89          6           0        1.427588   -1.212839    1.968710
     90          6           0        5.692803   -1.215367    1.964050
     91          6           0        7.143316    1.211906   -2.050329
     92          6           0        7.111828   -2.559774   -0.047413
     93          6           0        5.700761   -1.215822   -2.064735
     94          6           0        7.135442    1.212330    1.955998
     95          6           0        5.697993    2.568186   -0.050070
     96          6           0        2.860096    1.211955   -2.078200
     97          6           0        2.852126    1.212377    1.967135
     98          6           0        1.443923    2.538789   -0.058415
     99          6           0       -1.405981    1.213236   -2.091291
    100          6           0        1.435644   -1.213311   -2.086081
    101          6           0        2.840033   -2.534949   -0.055796
    102          6           0       -2.830452   -1.212051   -2.089557
    103          6           0       -5.671179    1.215630   -2.086696
    104          6           0       -1.413966    1.213615    1.963401
    105          6           0       -2.818417    2.535198   -0.066779
    106          6           0       -5.679098    1.216201    1.942310
    107          6           0       -7.090309    2.559813   -0.075160
    108          6           0       -7.113728   -1.212117   -2.078551
    109          7           0       -0.712739    0.000475    3.857618
    110          1           0       -1.509994   -0.043491    4.548282
    111          1           0        0.133250   -0.037849    4.488013
 ---------------------------------------------------------------------
 Rotational constants (GHZ):      0.0717816      0.0157709      0.0156622
 Standard basis: 3-21G (6D, 7F)
 There are   901 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
 There are   901 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   901 basis functions,  1497 primitive gaussians,   901 cartesian basis functions
   299 alpha electrons      298 beta electrons
       nuclear repulsion energy     17694.8832514402 Hartrees.
 NAtoms=  111 NActive=  111 NUniq=  111 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
 Integral buffers will be    262144 words long.
 Raffenetti 2 integral format.
 Two-electron integral symmetry is turned on.
 One-electron integrals computed using PRISM.
 NBasis=   901 RedAO= T EigKep=  6.01D-04  NBF=   901
 NBsUse=   901 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   901
 ExpMin= 1.83D-01 ExpMax= 2.43D+02 ExpMxC= 2.43D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 0.00D+00
 Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       1 diagonalized for initial guess.
 HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         1 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
 ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
 FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
 Petite list used in FoFCou.
 Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7500 S= 0.5000
 Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
 Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
 Requested convergence on             energy=1.00D-06.
 No special actions if energy rises.
 Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
 EnCoef did     6 forward-backward iterations
 EnCoef did     1 forward-backward iterations
 EnCoef did     2 forward-backward iterations
 EnCoef did     5 forward-backward iterations
 Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.
 Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
 Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
 Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
 Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
 Restarting incremental Fock formation.
 Restarting incremental Fock formation.
 Restarting incremental Fock formation.
 Restarting incremental Fock formation.
 Restarting incremental Fock formation.
 >>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
 SCF Done:  E(UB3LYP) =  -3700.12080058     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.54D-06     -V/T= 2.0078
 <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.8919 S= 0.5686
 <L.S>= 0.000000000000E+00
 Annihilation of the first spin contaminant:
 S**2 before annihilation     0.8919,   after     0.7687
 Convergence failure -- run terminated.
 Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Sun Feb 11 04:55:43 2018.
 Job cpu time:       0 days  4 hours 47 minutes 50.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=    766 Int=      0 D2E=      0 Chk=     19 Scr=      1

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оптимизация в Gaussian

Сообщение Гесс » Ср фев 14, 2018 2:38 am

Задайте систему в декартовых координатах и добавьте столбец сразу после символа элемента -1 для всех углеродных атомов и 0 для азота и водородов. Только замораживание атомов не поможет поскольку ошибка не в сходимости оптимизации, а в сходимости SCF. Можно попробовать предоптимизировать в полуэмпирике (геометрия явно неоптимальна), поиграть с SCF=XQC :up: SCF=Fermi :down:
Впрочем мне видится мало смысла в подобном расчете
1) ввиду крайней малости базиса и отсутствия дисперсионной поправки которая принципиальная как минимум для физисорбции). Если принципиально удешевить расчет - экономьте на функционале, скажем PBEPBE
2) если речь о физисорбции (я не уверен что она реализуется для столь малых трубок) то возникает вопрос точно ли хотят считать радикал а не какой то амин.
3) если речь о хемисорбции (стартовая геометрия на это намекает) то нельзя замораживать оптимизацию как минимум атома к которому идет присоединение (а по уму - и еще штук 3-9 ближайших).

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя