Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Ср фев 07, 2018 4:29 pm

Здравствуйте, форумчане :)

Грубо говоря, хочу купить комплектующие для стационарного ПК, чтобы выжить максимум из gaussian :clap: Следовательно...

Хотел бы узнать ваше мнение по поводу выбора процессора, а именно AMD или Intel, какого поколения, кол-во ядер и тд (или других комплектующих) для расчетов в программе GAUSSIAN 09). :dontknow:

Как я знаю, процессорам на базе AMD нет равным в многоядерном режиме, а процессорам Intel - в одноядерном) Но не совсем знаю, как Gaussian использует мощности CPU. Поэтому интересно бы узнать ваше мнение, может быть кто-нибудь работал на обоих процах, сранивал их, или даже вдруг :wrench: найдутся люди, которые подбирали комплектующие специально для расчетов... Интересно было бы мнение оверклокеров (нужно ли это для повседневных расчетов)..

P.S. веду расчеты геометрий хромофоров (30-40 атомов) и далее изучаю их электрические свойства методами MP2 и TD-DFT (мало ли кому интересно) :very_shuffle:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12029
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Ср фев 07, 2018 4:41 pm

Оффтоп - а почему именно гауссиан и если гауссиан то почему именно 09?
Если лицензии нет и это не волнует то в сети есть 16ый, там какие то фишки с параллелизацией и линдой.
Если нет и это волнует - то возможно альтернативный пакет. Впрочем железо может оказаться весьма похожим.

mizuchi
Сообщения: 78
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение mizuchi » Ср фев 07, 2018 6:07 pm

Если собирать рабочую машину для MP2-расчетов 30-40 атомов, включая тяжелые, на CPU, то, безотносительно используемого пакета, одни процессоры будут стоить минимум $1100, если брать два инженерника Xeon с ebay ядер на 18 каждый. Плюс куча памяти, ее Гауссиан глотает десятками гигабайт, плюс еще $600. Матплата, обвес, диски, если грубо, $600. Если бюджет меньше $2300, браться вообще не стоит.
А так рекомендации простые:
1. Идете на ebay, ищете там по запросу "Intel Xeon"
2. Из полученного списка выбираете образцы с количеством ядер от 18 и частотами от 2 ГГц, чем больше тем лучше. Поколение - Haswell (v3) или Broadwell (v4), идеальными в соотношении "цена-производительность" считаются E5-2686v3 (QS), но их хрен достанешь. Если бюджет позволяет, то E5-2699v4.
3. Заказываете пару камней, ждете. Попутно собираете по всяким Регардам остальной комп.
4. Некоторые старшие Haswell-EP умеют гнаться до 3.5 ГГц по всем ядрам. Не страшно спалить все к чертям? Охлад самый дорогой водяной? Матплата от ASUS? - вперед, мануалы в сети.

Есть еще способ получить вожделенные MP2 и TD-DFT с существенно меньшими (или большими?) затратами, просто отказавшись от CPU и продав душу (и не только) дьяволу NVIDIA.

А если монет сильно больше миллиона в деревянной валюте, а опыта нет, то пишите в л/с, соберем кластер :)

Tonnie Fox
Сообщения: 163
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Tonnie Fox » Чт фев 08, 2018 12:48 am

Можно и за меньший бюджет собрать сносный комп за пол дня. Для 40 атомов вполне хватает i7 6ти или 8ми ядерные без графического ядра, кажется 5820 и 5960 модели по 3400 ггц без разгона. Не то что бы очень комфортно расчеты проводить, но за неимением лучшего и с бюджетом около 100к великодержавных вполне сносно получается. g09 под виндой не видит больше 4х ядер и 1700мб оперативки, поэтому лучше сразу g16 через ubuntu под виндой10 - минимум возни, если, конечно, нет фанатичного стремления сократить длительность расчетов аж на целых 15 минут.
Когда я подобный комп собирал пару лет назад особых требований к остальным комплектующим не было. Ну SSD m2 конечно же, скорость у них выше раз 6-7 чем у обычных, мать покрепче - я брал ASUS из TUF линейки с пассивным охлаждением (обшитую так называемой броней и с гарантией 5 лет). Никакого супер охлаждения, i7 не склонны к суициду и максимум что нужно это башенный кулер с 2мя вентиляторами. В целом, даже если на корпусе не скупиться и взять нормальный с шумоизоляцией, то обойдется системник максимум в 120к.

Хотя, стационарным ПК можно назвать и рабочую станцию под 4 или 6 процессоров, там уже один только корпус стоит около 70-90к + 6 Xeon E5-2699v4, хотя бы 128ггб оперативки, пара блоков питания и т.д. Уже кругленькая сумма получится.

Tonnie Fox
Сообщения: 163
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Tonnie Fox » Чт фев 08, 2018 1:12 am

А по поводу "нужности" простенького стационарного компа... Он нужен. Далеко не все университеты нормально укомплектованы (как мой, например), а ходить и выпрашивать у 70ти летнего синтетика покупку рабочей станции для проведения расчетов, это все равно что бабке на рынке рассказывать про криптовалюту. И чаще всего наааамного проще и весьма продуктивно спокойненько и ни от кого не завися заниматься своим делом. Я, например, за прошлый год случайно наработал материала на 4 статьи на домашнем однопроцессорном компе.

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение YuraM » Пт фев 09, 2018 5:12 pm

just recently I have been reading an interesting article on how to build a cheap computer cluster, see https://polyfractal.com/post/4-node-ope ... e-cluster/

I do not have any serious background in computer hardware, but my limiting experience suggests that Intel would be much better for HPC. Then, I believe it is better to have fewer cores with higher frequency than the other way around: more cores with lower frequency. Many codes have some problems with parallelization. Then, you should probably think about RAM which would be the bottleneck in many applications, e.g. in case of MP2 or CCSD. Finally, SSD instead of HDD can speed up many disk-intensive calculations.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт фев 09, 2018 9:42 pm

Гесс писал(а):
Ср фев 07, 2018 4:41 pm
Оффтоп - а почему именно гауссиан и если гауссиан то почему именно 09?
Если лицензии нет и это не волнует то в сети есть 16ый, там какие то фишки с параллелизацией и линдой.
Если нет и это волнует - то возможно альтернативный пакет. Впрочем железо может оказаться весьма похожим.
ну вообще, еще хотел на firefly (нравится его подробные лог-файлы), но эта прога не считает электрические характеристики в растворителе, поэтому остановился на gaussian. Также лицензия есть на пакет schrodinger, в ягуаре тоже частенько считаю, но эта прога не считает MP2 :facepalm: , поэтому опять же gaussian оказывается универсальной прогой.
Лицензия есть, конечно, и на 9 и на 16, просто 16 стоит на серваке универском, а на комп его нельзя поставить. (долгая история короче, но интересный факт, что gaussian 16 категорически отказываются продавать в РФ?? wtf :dontknow: ))
Что за альтернативный пакет?

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт фев 09, 2018 9:54 pm

mizuchi писал(а):
Ср фев 07, 2018 6:07 pm
Если собирать рабочую машину для MP2-расчетов 30-40 атомов, включая тяжелые, на CPU, то, безотносительно используемого пакета, одни процессоры будут стоить минимум $1100, если брать два инженерника Xeon с ebay ядер на 18 каждый. Плюс куча памяти, ее Гауссиан глотает десятками гигабайт, плюс еще $600. Матплата, обвес, диски, если грубо, $600. Если бюджет меньше $2300, браться вообще не стоит.
А так рекомендации простые:
1. Идете на ebay, ищете там по запросу "Intel Xeon"
2. Из полученного списка выбираете образцы с количеством ядер от 18 и частотами от 2 ГГц, чем больше тем лучше. Поколение - Haswell (v3) или Broadwell (v4), идеальными в соотношении "цена-производительность" считаются E5-2686v3 (QS), но их хрен достанешь. Если бюджет позволяет, то E5-2699v4.
3. Заказываете пару камней, ждете. Попутно собираете по всяким Регардам остальной комп.
4. Некоторые старшие Haswell-EP умеют гнаться до 3.5 ГГц по всем ядрам. Не страшно спалить все к чертям? Охлад самый дорогой водяной? Матплата от ASUS? - вперед, мануалы в сети.

Есть еще способ получить вожделенные MP2 и TD-DFT с существенно меньшими (или большими?) затратами, просто отказавшись от CPU и продав душу (и не только) дьяволу NVIDIA.

А если монет сильно больше миллиона в деревянной валюте, а опыта нет, то пишите в л/с, соберем кластер :)
Спасибо большое за подробный и ясный ответ)) :very_shuffle:
я обязательно передам Ваши "слова" научному руководителю, чтобы решили, какой бюджет можно выделить. Я, конечно, на 99,99% вряд ли они когда-нибудь будут собирать кластер за 1кк (деньги, конечно, есть, но..), но мы чуть не выиграли в этом году недавно мегагрант на 90кк :clap: С ним бы можно было спокойно выделить бюджет на собственный кластер).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12029
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Пт фев 09, 2018 9:57 pm

Ну если лицензия есть то собственно альтернативы непринципиальны. Из бесплатного с растворителем и мп2 - орка и вероятно гамесс. Ягуар не считает мп2? Я не работал с этим пакетом но был о нем лучшего мнения.
Ssd нужны для скретча, для хранения результатов hdd достаточно. Памяти для таких расчетов много никогда не будет. Расчетные ноды серверов где я работаю от 16 (чаще) до 40 (реже обычно это гипертпдинг) ядер.

Upd. Позырил. Шредингеровцы впаяли локализнутый мп2 вероято без канонического. Оригинально.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт фев 09, 2018 10:01 pm

Tonnie Fox писал(а):
Чт фев 08, 2018 12:48 am
Можно и за меньший бюджет собрать сносный комп за пол дня. Для 40 атомов вполне хватает i7 6ти или 8ми ядерные без графического ядра, кажется 5820 и 5960 модели по 3400 ггц без разгона. Не то что бы очень комфортно расчеты проводить, но за неимением лучшего и с бюджетом около 100к великодержавных вполне сносно получается. g09 под виндой не видит больше 4х ядер и 1700мб оперативки, поэтому лучше сразу g16 через ubuntu под виндой10 - минимум возни, если, конечно, нет фанатичного стремления сократить длительность расчетов аж на целых 15 минут.
Когда я подобный комп собирал пару лет назад особых требований к остальным комплектующим не было. Ну SSD m2 конечно же, скорость у них выше раз 6-7 чем у обычных, мать покрепче - я брал ASUS из TUF линейки с пассивным охлаждением (обшитую так называемой броней и с гарантией 5 лет). Никакого супер охлаждения, i7 не склонны к суициду и максимум что нужно это башенный кулер с 2мя вентиляторами. В целом, даже если на корпусе не скупиться и взять нормальный с шумоизоляцией, то обойдется системник максимум в 120к.

Хотя, стационарным ПК можно назвать и рабочую станцию под 4 или 6 процессоров, там уже один только корпус стоит около 70-90к + 6 Xeon E5-2699v4, хотя бы 128ггб оперативки, пара блоков питания и т.д. Уже кругленькая сумма получится.
Спасибо за ответ)) :wink: то есть g16 уже видит больше ядер, чем g09? 18 значит есть смысл ставить?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12029
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Пт фев 09, 2018 10:05 pm

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Пт фев 09, 2018 10:01 pm
Спасибо за ответ)) :wink: то есть g16 уже видит больше ядер, чем g09? 18 значит есть смысл ставить?
20 реальных видит точно и польжзупт иж.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт фев 09, 2018 10:13 pm

Tonnie Fox писал(а):
Чт фев 08, 2018 1:12 am
А по поводу "нужности" простенького стационарного компа... Он нужен. Далеко не все университеты нормально укомплектованы (как мой, например), а ходить и выпрашивать у 70ти летнего синтетика покупку рабочей станции для проведения расчетов, это все равно что бабке на рынке рассказывать про криптовалюту. И чаще всего наааамного проще и весьма продуктивно спокойненько и ни от кого не завися заниматься своим делом. Я, например, за прошлый год случайно наработал материала на 4 статьи на домашнем однопроцессорном компе.
ахахаха :lol:
ну у нас лаба состоит из синтетиков и квантовиков (благо руководитель лабы квантовик), да и статьи идут лучше по квантам, когда в наше время это главный показатель продуктивности (нам надо за этот год написать чуть более 40 статей :shock: , но если статьи будут, то денег будет вообще норм)
У нас, кстати, ввели интересную, но пугающую вещь: деньги выделяются каждый месяц в зависимости от продуктивности, то есть каждый месяц надо работать, покладая рук

Tonnie Fox
Сообщения: 163
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Tonnie Fox » Пт фев 09, 2018 11:04 pm

да, эта гонка за количеством убивает, когда коллектив на протяжении года 20 раз публикуется в успехах науки сызрани или какой-нибудь мурзилке только лишь ради статистики для очередного супер-управленца - бывшего охранника короля. Перестаешь понимать на кой х.... вообще всё это нужно. Но что уж поделать.
Мне кажется, Вам стоит задуматься о рабочей станции под 4-6 процев. Никто не обидится в смежном коллективе "синтетиков-квантовиков", если потратить тыщ 400-600.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт фев 09, 2018 11:05 pm

YuraM писал(а):
Пт фев 09, 2018 5:12 pm
just recently I have been reading an interesting article on how to build a cheap computer cluster, see https://polyfractal.com/post/4-node-ope ... e-cluster/

I do not have any serious background in computer hardware, but my limiting experience suggests that Intel would be much better for HPC. Then, I believe it is better to have fewer cores with higher frequency than the other way around: more cores with lower frequency. Many codes have some problems with parallelization. Then, you should probably think about RAM which would be the bottleneck in many applications, e.g. in case of MP2 or CCSD. Finally, SSD instead of HDD can speed up many disk-intensive calculations.
Thx for interesting article) :wink:

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пт фев 09, 2018 11:38 pm

Гесс писал(а):
Пт фев 09, 2018 9:57 pm
Ну если лицензия есть то собственно альтернативы непринципиальны. Из бесплатного с растворителем и мп2 - орка и вероятно гамесс. Ягуар не считает мп2? Я не работал с этим пакетом но был о нем лучшего мнения.
Ssd нужны для скретча, для хранения результатов hdd достаточно. Памяти для таких расчетов много никогда не будет. Расчетные ноды серверов где я работаю от 16 (чаще) до 40 (реже обычно это гипертпдинг) ядер.

Upd. Позырил. Шредингеровцы впаяли локализнутый мп2 вероято без канонического. Оригинально.
А можно объяснить предпоследнее предложение, что значит?
локализнутый мп2 вероято без канонического
Я еще пока "зеленый" в квантовых расчетах((

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12029
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Сб фев 10, 2018 12:29 am

Шредингеровцы - команда разработки и развития ягуара.
Впаяли - заимплементировали, добавили такую функциональность.
Локализнутый - local то есть использующий локализованные както орбитали. Это счас весьма популярно, подобные методы есть в молпро, орке, кажется в psi4. Достоинство - резко возрастает скорость. Ктото на lmp2 помнится считал тысячи атомов на одной ноде (могу найти если надо). Недостатки - не используйте локализованные методы для делокализованных структур. И не только. Локализзованные методы воспроизводят какой то процент от корреляционной энергии высчитываемой каноническим методом. Сколько - зависит от критериев отсечки, системы и возможно фазы луны. В статьях авторов методов - обычно от 98 и выше. У остальных - как карта ляжет.
Обычно в код сначала вводится стандартный функционал (и я считаю что если мы говорим о постхф методах и не упираемся в каплдкластер (привет CFOUR) - то классический MP2 это первая вещь). По видимому разработчики ягуара считают иначе. Но я думаю у них есть на то причины которых я не вижу (наивно считать себя умнее корпорации чей софт коммерчески успешен долгие годы).

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Сб фев 10, 2018 1:23 am

Гесс писал(а):
Сб фев 10, 2018 12:29 am
Шредингеровцы - команда разработки и развития ягуара.
Впаяли - заимплементировали, добавили такую функциональность.
Локализнутый - local то есть использующий локализованные както орбитали. Это счас весьма популярно, подобные методы есть в молпро, орке, кажется в psi4. Достоинство - резко возрастает скорость. Ктото на lmp2 помнится считал тысячи атомов на одной ноде (могу найти если надо). Недостатки - не используйте локализованные методы для делокализованных структур. И не только. Локализзованные методы воспроизводят какой то процент от корреляционной энергии высчитываемой каноническим методом. Сколько - зависит от критериев отсечки, системы и возможно фазы луны. В статьях авторов методов - обычно от 98 и выше. У остальных - как карта ляжет.
Обычно в код сначала вводится стандартный функционал (и я считаю что если мы говорим о постхф методах и не упираемся в каплдкластер (привет CFOUR) - то классический MP2 это первая вещь). По видимому разработчики ягуара считают иначе. Но я думаю у них есть на то причины которых я не вижу (наивно считать себя умнее корпорации чей софт коммерчески успешен долгие годы).
спасибо за объяснения)
это да, считать их глупыми - это неправильно) и пакет у них крутой, их лог файл и лог файл gaussian - это небо и земля. Насколько в нем легко берется нужная мне информация, хотя, конечно в 16g подпилили это слегка)
А Вы в орке в основном работаете? почему не в gaussian?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12029
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Сб фев 10, 2018 2:58 am

На данный момент я использую G16 преимущественно для ДФТ, а орку для DLPNO. И вообще мне счас деньги за работу в VASP платят, а не вот это вот всё
MP2 мне требуется редко, если я буду заранее планировать SCS-MP2 или SOS-MP2 то пойду в орку, в противном случае - гауссиан.
TDDFT - в гауссиане, CAS - в орке. В принципе можно и наоборот, но так сложилось исторически.
Гауссиан пока превосходит орку в группах симметрии (но отстает скажем от молпро) и кажется несколько больший выбор континиумных моделей растворителей хотя они там изначально разные. Орка давно перебивала Гауссиан по использованию RI (в гауссиане называется DF-апроксимация) и кажется с последними релизами (16 vs 4.0.1) ситуация не изменилась. Орка лучше приспособлена к мультиреференсу хотя функционал у гауссиана типа есть. Разумеется до уровня специализированных на этом Молкаса и Файерфлая они не дотягивают. Оба кода непригодны для периодики хотя гауссиан и утверждает обратное. Относительно сходимости - есть ощущение что в среднем по больнице орка сходится медленнее, но надежнее чем гауссиан, впрочем контрпример найти думаю несложно. Специальных бенчмарков я не проводил хотя бы потому что у них весьма разные конвержеры. Канонический каплдкластер я бы делал в гауссиане, но в первую очередь потому что он начнет выигрывать при наличии симметрии, а шанс что малая система будет симметрична неплох. Ни тот ни другой код не умеют CC2, CC3, CCSDT. Ошибки гауссиана обычно легко гуглятся (есть исключения, но они весьма специфичные), ошибки орки преимущественно неинтуитивны и решаются преимущественно через их форум, благо он весьма активен.
Юзерфренлиность инпута и аутпута у них имхо весьма близка (лучи ненависти в сторону Турбомоля).

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 665
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Yurii » Сб фев 10, 2018 7:42 pm

Чего тут думать: покупайте 18-ядерный Core i9, оттранслируйте g09 под AVX512 (только не так, как предлагается китайцами через "одно место") и будет Вам счастье. Все лопнут от зависти. А для MP2 советую собрать RAID из 4-х хороших дисков + 128 гб оперативной памяти.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

ximi
Сообщения: 3106
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Сб фев 10, 2018 8:07 pm

Если более менее недорого то Core i7 8700K и разогнать немного.
Или AMD Ryzen 7 1800X
+ 32-64Гб DDR4 2300 -3000 Мгц

Ежели есть нормально денег то смотрим AMD Threadripper 1920X или INTEL Core i9-7940X.

Так же можно смотреть Xeon Processor E5-2690 V4

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя