Есть спецы по NAMD?

[Diusha]

Безуспешно пытаюсь разобраться с NAMD. Делаю все по инструкции в tutorial. C VMD все прошло как по нотам.
При попытке скормить NAMD .conf она НЕ ДЕЛАЕТ НИЧЕГО (по крайней мере, внешне).
В какую сторону мышей ловить?
Буду рад, если хотя бы скажете, как в норме должна проявляться работа NAMD (она что-то должна писать, какое-то окно открывать и т.п.).

Win XP
NAMD 2.8, 2.9

[Гесс]

Перенесено из биохимии.

[ihammers]

Попробуйте добавить следующий ключ к запуску программы: ++verbose, как советуют в NAMD Wiki: NamdTroubleshooting.

Won't launch (network versions)
Try adding ++verbose to the charmrun command line to get more status updates.
Using full paths to the charmrun and namd2 binaries.
Run the namd2 binary directly to check for missing shared libraries (or use ldd). If it is not finding a library that exists, try putting it in your LD_LIBRARY_PATH.
Try adding ++local to the charmrun command line to run only on the current host.
Can you rsh or ssh to the other nodes without a password? Make it so!
If you need to use ssh, make sure to setenv CONV_RSH ssh.

[uchebnik fiziki]

При попытке скормить NAMD .conf она НЕ ДЕЛАЕТ НИЧЕГО (по крайней мере, внешне).

Что значит ничего? Она хотя бы запускается? Компилировали сами?

[Diusha]

Спасибо, с путями были бяки. Сейчас что-то зафурычило.
Вероятно еще будут вопросы позже