Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
12
27%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
30%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
6
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
7%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
14%
Всё равно
3
7%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 44

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср ноя 20, 2019 12:22 am

У многого софта, начиная с гауссиана и орки есть возможность пересчитывать гессиан каждые несколько шагов. Кемкрафт при отображении подобных инпутов показывает исключительно последний набор частот и шаги оптимизации после него. Это несколько некорректно, на мой взгляд.

alexp51
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн дек 02, 2019 12:23 am

При подгонке рассчитанных методами ab initio, DFT и полуэмпирикой значений спектра колебаний (ИК, Рамановские) к экспериментальным значениям обычно используются scaling factors , разработанные для каждого из уровней теории.
Вопрос: можно ли в Вашей программе предусмотреть опцию введения таких множителей, на этапе построения спектров?
Поскольку они разные для разных методов, то лучше предусмотреть их введение вручную.
Спасибо!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт дек 03, 2019 7:04 pm

alexp51 писал(а):
Пн дек 02, 2019 12:23 am
При подгонке рассчитанных методами ab initio, DFT и полуэмпирикой значений спектра колебаний (ИК, Рамановские) к экспериментальным значениям обычно используются scaling factors , разработанные для каждого из уровней теории.
Вопрос: можно ли в Вашей программе предусмотреть опцию введения таких множителей, на этапе построения спектров?
Поскольку они разные для разных методов, то лучше предусмотреть их введение вручную.
Спасибо!
В окне отображения спектра справа есть опция Scale X и Scale Y.

alexp51
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт дек 03, 2019 10:34 pm

спасибо!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт дек 19, 2019 2:57 pm

Гесс писал(а):
Вт окт 29, 2019 5:25 pm
Chemcraft некорректно отоброжает расположение атомов в POSCAR файлах VASP в которых используются fractional coordinates на неортогональных решетках. build 562b
Файл прилагаю (.txt добавлено искуственно). Настоящие расстояния между атомами меди равны между собой и близки к 2.585
Правильно ли я понимаю, что с неортогональными решётками понятия параметров a,b,c,alpha,beta,gamma теряют смысл?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 817
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Чт дек 19, 2019 7:46 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт дек 19, 2019 2:57 pm
Правильно ли я понимаю, что с неортогональными решётками понятия параметров a,b,c,alpha,beta,gamma теряют смысл?
С чего? У Вас 3 длины + 3 угла, которые определяют произвольную ячейку. В ортогональном случае у Вас просто α=β=γ=90.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пт дек 20, 2019 12:39 am

+1 к madschumacher
смотреть например https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0 ... 0%B2%D0%B5 на русском или https://en.wikipedia.org/wiki/Bravais_l ... dimensions с картинками

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт дек 20, 2019 1:12 pm

Да, прошу прощения, память у меня дырявая.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб дек 21, 2019 4:44 pm

Гесс писал(а):
Ср ноя 20, 2019 12:22 am
У многого софта, начиная с гауссиана и орки есть возможность пересчитывать гессиан каждые несколько шагов. Кемкрафт при отображении подобных инпутов показывает исключительно последний набор частот и шаги оптимизации после него. Это несколько некорректно, на мой взгляд.
Поясните, в этих выходных файлах для каждого шага оптимизации приводится набор частот, или только силовое поле? Если печатаются частоты, вы предлагаете их визуализировать?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс дек 22, 2019 1:13 am

пересчитываются и приводятся частоты.
У кемкрафта там счас вообще печалька: приводится последний набор частот но визуализируется он (колебания атомов) на первой геометрии!!!, (хотя положения векторов отображаются там где атомы в новой геометрии)
Что получается в результате?:
1) Мы даем расчету поиска переходного состояния приличную начальную геометрию.
2) мы отсматриваем результат в какой то момент времени (потому как расчет не заканчивается так быстро как нам бы хотелось) и видим только последние частоты, причем среди них наверняка присутствует та которую мы хотим видеть. И геометрия выглядит прилично. Количества прошедших циклов оптимизации мы не видим. Изменения энергии только для последних пары шагов
3) А на самом деле оптимизация уже давно увела геометрию к чертям и "подходящие колебания" это остатки былых времен которые почему то прилагаются к очень старой геометрии.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс дек 22, 2019 6:48 pm

Гесс, то что вы пишете наверно происходит достаточно редко, обычно частоты визуализируются для оптимизированной геометрии. Пришлите мне проблемные файлы (и Gaussian и Orca), в которых есть такие проблемы, и в которых есть много таблиц частот для каждого шага оптимизации.

alexp51
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн фев 24, 2020 2:18 am

Коллеги, похоже я нашел баг в последней версии 572b, а именно функция render molecular orbitals для ORCA не работает, хотя тот же out файл для более старой версии , например 562b , работает. Или я ошибаюсь?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн фев 24, 2020 9:44 pm

alexp51 писал(а):
Пн фев 24, 2020 2:18 am
Коллеги, похоже я нашел баг в последней версии 572b, а именно функция render molecular orbitals для ORCA не работает, хотя тот же out файл для более старой версии , например 562b , работает. Или я ошибаюсь?
Да, действительно, это мой косяк. Спасибо за отзыв, скоро выложу поправленную версию.

alexp51
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн фев 24, 2020 10:09 pm

Спасибо! Тогда, если можно, еще одно пожелание. Нельзя ли ввести в программу функцию построения density of states , DOS проще говоря, по результатам расчета электронной структуры? Типа, как например в Gabedit?
Или это сложно реализуется?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт фев 25, 2020 10:43 am

alexp51 писал(а):
Пн фев 24, 2020 10:09 pm
Спасибо! Тогда, если можно, еще одно пожелание. Нельзя ли ввести в программу функцию построения density of states , DOS проще говоря, по результатам расчета электронной структуры? Типа, как например в Gabedit?
Или это сложно реализуется?
Мне чтобы это сделать, надо вначале в этом разобраться, а это главная трудность.
Для каких задач используется DOS?
Я до сих пор не понимаю, зачем вообще строить картинки молекулярных орбиталей, мне кажется есть некое массовое заблуждение что они якобы полезны. Может и с DOS также будет?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт фев 25, 2020 12:14 pm

Химический визуализатор без визуализации орбиталей (и прочих сопутствующих изоповерхностных характеристик) это полвизуализатора.
Я попробую побыстрому очертить пару мест где нужны орбитали.
1) расположение HOMO и LUMO на молекуле - основополагающий момент в индексах Фукуи
2) форма и расположение нескольких десятков орбиталей вверх и вниз от HOMO/LUMO - критический момент в выборе активного пространства для мультиреференсных расчетов.
3) взаимоперекрывание HOMO и LUMO - принципиально в системах с переносом заряда.
4) делокализация орбиталей связана с ароматичностью, форма орбиталей коррелирует с типом связывания, особенно интересно у металлокомплексов.
В "орбитальном" формате хранятся данные по SpinDensity, FractionalOccupationDensity, OddElectronDensity, NonBondingInteraction, LocalIonisationPotential, LocalElectronAffinity, LocalHardness и прочим Local.

DOS и BandStructures это в периодике единственные визуализации, они хоть и не столь интуитивны как орбитали но дают хоть какое то представление о происходящем. И строит их мало кто. Для VASP - BandStructures я знаю два софта: их собственный p4vasp который хоть и бесплатен но исключительно под линукс, и платный QuantumATK - VirtualNanolab.
DOS твердотельшиками и компьютернымиматериаловедами используется... ну ок не в каждой второй, но в каждой десятой статье.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 725
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт фев 25, 2020 6:46 pm

Гесс, а можете рассказать что такое NBO-орбитали?

alexp51
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт фев 25, 2020 10:33 pm

В кластерном моделировании наноструктур и твердых тел особенно содержащих дефекты и примеси эти характеристики HOMO, LUMO , DOS и вообще локализация орбиталей также широко используются примерно в том же разрезе , что изложил Гесс но иногда в других терминах. И кстати именно через DOS можно сопоставить результаты кластерных расчетов и периодики.

alexp51
Сообщения: 30
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт фев 25, 2020 10:42 pm

и да , кстати, DOS можно напрямую сопоставлять с результатами различных видов фотоэлектронной спектроскопии, во всяком случае для валентной зоны. Не зря, как я где то читал, данные метод называют экспериментальной квантовой химией.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср фев 26, 2020 12:33 am

Vit Nhoc писал(а):
Вт фев 25, 2020 6:46 pm
Гесс, а можете рассказать что такое NBO-орбитали?
Не то чтобы совсем не могу, но рискую сильно провраться, поэтому предпочел бы посылать к чужим описаловам.
Вики достаточно непонятно и ниочем https://en.wikipedia.org/wiki/Natural_bond_orbital
Зато у Sanya было! https://photon190573.livejournal.com/3156.html

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя