Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

Сохранение в формате v3000 тоже нужно?

[Любитель_Манниха]

Желательно, конечно, чтобы все поддерживаемые форматы поддерживались в обе стороны
Кстати, выдачу ЯМР Природы, я так понял, Chemcraft не понимает?

О, ещё мелкое по интерфейсу - хотелось бы, чтобы клик на пустое пространство снимал выделение, и можно было удалять связь, кликая по ней, без предварительного выделения связанных атомов.

[Vit Nhoc]

Желательно, конечно, чтобы все поддерживаемые форматы поддерживались в обе стороны

Хорошо

Кстати, выдачу ЯМР Природы, я так понял, Chemcraft не понимает?

Пока нет. Пришлите мне эти файлы, я сделаю.

О, ещё мелкое по интерфейсу - хотелось бы, чтобы клик на пустое пространство снимал выделение, и можно было удалять связь, кликая по ней, без предварительного выделения связанных атомов.

Клик правой кнопкой мыши снимает выделение.
Если удалять связь как Вы предлагаете, наверно слишком легко будет удалить связь случайно.

[Гесс]

наверное я привел не очень очевидный пример. Давайте так: и меня есть две молеку бензола, для которых я хочу построить и потом посчитать стаки, съехавшие стаки, Т-образные стаки. И такой вот радости с обстрактным колличеством молекул. Главная идея возможность оперировать единичным (несвязянным) фрагментом, при статичности остальных.
Такое вроде было реализованно в ADF GUI, но сейчас под рукой его нет, а то тоже я бы вам анимацию прикрепил. Сегодня вечером заапложу.

Да, это роскошно реализовано в АДФ ГУИ, он у меня все еще есть но времени разбираться как делать анимацию нет. Будя подробная инструкция для идиотов - сделаю.

Я пока не понял, что вы имеете в виду под словом несвязаный фоагмент. Посмотрите анимацию которую я закачал себе на сайт:

Это весьма неплохо но все же несовсем то.
Ну вот смотрите. У меня есть два отдельных несвязанных бензола в окне. Я решил что хоту расположить их буквой Т. Чтобы сделать это мне придется вставлять думми атом в центр одного бензола, привязывать его к молекуле, ориентировать второй бензол через этот думмик, задавая угол в 90 градусов - атом первого бензола - думмик - атом Х второго бензола и угол 180 для "думмик - атом Х второго бензола - атом второго бензола на другой стороне". Короче долго и мучительно щелкать. Вопрос состоит в том чтобы после выделения второго бензола можно было бы зажать скажем шифт или альт и прокручивать выделенный бензол и перетаскивать его с места на место.

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/c ... etries.png

[Vit Nhoc]

Это весьма неплохо но все же несовсем то.
Ну вот смотрите. У меня есть два отдельных несвязанных бензола в окне. Я решил что хоту расположить их буквой Т. Чтобы сделать это мне придется вставлять думми атом в центр одного бензола, привязывать его к молекуле, ориентировать второй бензол через этот думмик, задавая угол в 90 градусов - атом первого бензола - думмик - атом Х второго бензола и угол 180 для "думмик - атом Х второго бензола - атом второго бензола на другой стороне". Короче долго и мучительно щелкать. Вопрос состоит в том чтобы после выделения второго бензола можно было бы зажать скажем шифт или альт и прокручивать выделенный бензол и перетаскивать его с места на место.

В Chemcraft есть возможность перемещать/вращать любой отдельный фрагмент в режиме Dragging mode/Drag fragments:

http://youtu.be/jB_rAcZP7gs

[Vit Nhoc]

Вопрос по формату MDL v.3000: имеет ли смысл как-то графически отображать Sgroup block, Collection block, 3D objects block? И есть ли в этих файлах какие-нибудь свойства атомов, например заряды?

[surius]

В Chemcraft есть возможность перемещать/вращать любой отдельный фрагмент в режиме Dragging mode/Drag fragments:

http://youtu.be/jB_rAcZP7gs

Вы просто великолепны
Видимо просто не знал как его... Спасибо.

[АлександрI]

силовое поле CHARMM свободно доступно: http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

Попробовал найти по Вашей рекомендации и ссылке надёжные, по Вашему мнению, геометрические параметры для воды - безуспешно
Помогите справиться с этой проблемой

[Гесс]

силовое поле CHARMM свободно доступно: http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

Попробовал найти по Вашей рекомендации и ссылке надёжные, по Вашему мнению, геометрические параметры для воды - безуспешно
Помогите справиться с этой проблемой

http://en.wikipedia.org/wiki/Water_model#3-site
Charmm использует TIP3P

[АлександрI]

На самом деле зашитые в Gamess потенциальные параметры, при использовании модели сольватации EFP, получены для структуры молекулы воды, отличающейся как от стандарта TIP3P. так и используемой в Кемкрафте. Поэтому непосредственно использовать, в частности, для построения EFP-нанокластеров фрагмент воды из библиотеки Кемкрафта нельзя. Этот момент должен быть отражен в руководстве Кемкрафта и, возможно, со ссылкой на раздел мануала Gamess, где описана методика и приведен конкретный пример реализации модели EFP.
Поэтому рассматривать надёжность геометрических параметров молекул при использовании последних в моделях сольватации EFP некорректно.

[Гесс]

На самом деле зашитые в Gamess потенциальные параметры, при использовании модели сольватации EFP, получены для структуры молекулы воды, отличающейся как от стандарта TIP3P. так и используемой в Кемкрафте. Поэтому непосредственно использовать, в частности, для построения EFP-нанокластеров фрагмент воды из библиотеки Кемкрафта нельзя.

Чтото я запутался. EFP насколько я знаю есть только в Гамессе и Q-Cheme. Ни тем ни другим я не пользуюсь, однако, тогда возникает вопрос - какие параметры использованы в EFP моделях в Гамессе, а какие в Кемкрафте. И что говорит Гамесс когда ему скармливают фрагменты с другими (не гамессовскими) геометриями?

Поэтому рассматривать надёжность геометрических параметров молекул при использовании последних в моделях сольватации EFP некорректно.

Не, ну вообще различие в геометрии фрагментов вещь весьма неприятная, однако другой вопрос - а оказывает ли это какое то влияние на результат?

P.S.
Посмотрел страницу по EFP в гамессе. http://myweb.liu.edu/~nmatsuna/gamess/r ... o.efp.html Как то довольно невнятно:

At the present time, we have only two internally stored EFP potentials suitable for general use. These model water, using the fragment name H2ORHF or H2ODFT. The H2ORHF numerical parameters are improved values over the values which were presented and used in reference 2, and they also include the improved EFP-EFP repulsive term defined in reference 3. The H2ORHF water EFP was derived from RHF/DH(d,p) computations on the water dimer system.
When you use it, therefore, the ab initio part of your system should be treated at the SCF level, using a basis set of the same quality (ideally DH(d,p), but probably other DZP sets such as 6-31G(d,p) will give good results as well). Use of better basis sets than DZP with this water EFP has not been tested. Similarly, H2ODFT was developed using B3LYP/DZP water wavefunctions, so this should be used (rather than H2ORHF) if you are using DFT to treat the solute. Since H2ODFT water parameters are obtained from a correlated calculation, they can also be used when the solute is treated by MP2.

Во первых не сказано однозначно что геометрия была оптмизировна на этих уровнях (RHF/DH(d,p) и B3LYP/DZP), это скорее всего так поэтому неважно.
Во вторых и главных - я немного знаком с димером воды. Во первых стоило бы четко указать какой геометрией он обладает в этих расчетах, и если он таки наиболее традиционный - линейный (см https://en.wikipedia.org/wiki/Water_dimer) то углы и длины связей у двух молекул разные. Ну и прочие параметры разумеется тоже. Методология олучения параметров из этого обьяснения мне непонятна. Возможно следует читать оригинальные статьи по разработке метода. Или спрашивать Грановского. Тут мы пока можем только попытать уважаемого Vit Nhocа откуда берется геометрия волекул воды которые втыкаются в роли EFP.

[uchebnik fiziki]

получены для структуры молекулы воды, отличающейся как от стандарта TIP3P. так и используемой в Кемкрафте

Здесь всё очень просто: надо зашивать в кемкрафт моделей воды как можно больше разных (их несколько десятков).

[Vit Nhoc]

силовое поле CHARMM свободно доступно: http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

Я зашёл на эту страницу, скачал файл, и не разобрался где там параметры, например, воды?

И если я буду добавлять EFP в набор фрагментов Chemcraft, какие ещё должны быть фрагменты кроме собственно воды?

[Fanfate]

Пользуюсь GAMESS, FireFly
Сборка 404
Для проведения анализа вкладов АО в МО и МО в электронные переходы мне нужно забить по отдельности каждую (или наиболее важные) в эксель, пронормировать, получить процентное соотношения, а потом анализировать какие атомы или группы дают наибольшие вклады (в экселе можно ряды отсортировать по нужному столбцу). По итогу я получаю достаточно маленькую табличку на создание которой уходит уйма времени. Можно ли это всё запрограммировать?

[Vit Nhoc]

Для проведения анализа вкладов АО в МО и МО в электронные переходы мне нужно забить по отдельности каждую (или наиболее важные) в эксель, пронормировать, получить процентное соотношения, а потом анализировать какие атомы или группы дают наибольшие вклады (в экселе можно ряды отсортировать по нужному столбцу). По итогу я получаю достаточно маленькую табличку на создание которой уходит уйма времени. Можно ли это всё запрограммировать?

Можете в Chemcraft открыть файл с орбиталями, выбрать Tools/Orbitals/Analyze molecular orbitals. Что конкретно вы предлагаете доработать в этой утилите?

[Shorku]

Кстати, неплохо бы еще экспорт модельных спектров с уширениями в каком-нибудь пригодном для работы в ориджине или экселе виде, в предпоследнем билде можно было только картинку, кажется.

[Vit Nhoc]

Кстати, неплохо бы еще экспорт модельных спектров с уширениями в каком-нибудь пригодном для работы в ориджине или экселе виде, в предпоследнем билде можно было только картинку, кажется.

Опять никто ничего не знает о Chemcraft. Чтобы экспортировать уширенный спектр, в окне спектра нажмите Export values, затем Copy. Кнопка Interpolation coordinates позволяет вручную задать, по каким границам с какими интеравалами строится уширенный график.

[cut]Кстати, у меня Касперский говорит что на этом форуме есть вирус, и кто-то просит установить Java[/cut]

[Гесс]

Касперский хронически ругается на форум. Это несколько раз обсуждалось на форуме, счас проблемы очевидно обострились. Ничего вредоносного админом в коде ненайдено. Иногда проблема лечится сменой стиля отображения форума.
Java нужна в первую очередь для отображения молекул, как тут на первых страницах. В дополнение к проблемой с корректной джавой - хром ее перестал поддерживать. Без джавы здесь жить можно хотя и не максимально комфортно.

[Fanfate]

Можете в Chemcraft открыть файл с орбиталями, выбрать Tools/Orbitals/Analyze molecular orbitals. Что конкретно вы предлагаете доработать в этой утилите?

Может быть для больших молекул не очень удобно, что на счет сделать её в виде таблицы с возможностью выбора нужной МО?

[surius]

Опять никто ничего не знает о Chemcraft...

Если позволите я вами один умный вещь скажу, только вы не обижайтесь поделюсь своими соображениями почему так может происходить.
У меня, например дефолтный визуализатор это far и gaussview. Не то чтобы он супер-супер, наверное можно было бы сделать лучше, но ввиду того что 90% процентов времени я пользую Gaussian, то тут нет ничего удивительного. А когда я иду в Trbomole то опять таки по инерции пользую TmoleX. Он мне совсем не нравиться, но в тоже время позволяет сделать мозговыносящую процедуру генерации .inp в Turbomole чуть менее выносящей мозг. Примерно тоже самое происходит с ADF для него я пользую опять таки родной визуализатор (да он не бесплатен, да протухает через год, но когда оплачиваешь лицензию ADF, то визуализатор уже мелочи). А еще он классный, почему-то мне он доставляет сугубо эстетическое удовольствие.
Иными словами у каждого визулизатора есть своя "киллерфича" очень часто это родительский (основной) софт. А есть например Molden, и бог вам свидетель я плачу каждый раз когда приходится его использовать.

Не подумайте что я раздаю вам советы, или придумываю стратегию выхода на рынок (собственно вы уже там и я бы даже сказал широко известны в узких кругах), но может быть разумно не делать комбайн по типу все и сразу и без хлеба, а постараться найти ту самую ваше "киллерфичу". Скажу про себя - я получил искреннее удовольствие от кнопки поместить думми в центр обозначенных атомов (без нее можно днями на пролет трахаться с поиском центров для NICS'ов) и конечно никто другой не помог бы мне так быстро переориентировать координатную сетку для сета в 100 однотипных молекул. Если(когда) у меня встает такая задача то мой выбор только Chemcraft. Может со временем я найду другие супер удобные вкусняшки.

Еще раз спасибо вам за годный, очень годный продукт.