То же самое - наверно у Turbomole обновился формат, пришлите мне несколько выходных файлов чтобы я разобрался. Я готовлю релиз новой версии Chemcraft.Гесс писал(а): ↑Ср дек 05, 2018 11:14 pm09/10/2009 - version 1.6 build 315 issued:
- (NEW) Implemented basic support of Turbomole input and output files (starting/optimized geometries, vibrational modes, dipole moments, scf cycles, NMR shieldings can be visualized);10/14/2010 - version 1.6 build 338 issued:
...
- Turbomole output files with transition state search can be visualized;Простите а о каких файлах идет речь, а то я только что попробовал gradient (содержащий все геометрии) и даже coord (стартовую) - билд 536а изображает полное непонимание.03/26/2013 - version 1.7 build 375 issued:
...
- Latest Turbomole output files can be visualized
Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
отправлено, ежели что еще надо - запрашивайте, предоставлю.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Chemcraft не читает файлы coord которые сам же создает.
То есть - берем произвольную молекулу, открываем ее в кемкрафте, вкладка Coord, кнопка Coords format, пункт Turbomole format, копируем получившийся результат в пустой файл, сохраняем, пробуем открыть - вкладка Source содержит координаты, но Image пуст и вообще впечатление что я открываю нечитаемый формат - даже имя окна остается последним успешно открытым файлом.
Имеет смысл искать старые релизы?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Помоему уже ктото спрашивал...
Можно конкатенированные xyz файлы содержащие во второй строке энергию отображать как единую оптимизацию (с возможностью построить график энергия от номера шага) а не как десятки независимых файлов с энергией вместо названия?
Предпочтительно чтобы это не было завязано на число столбцов в файле - отображать атомы и координаты согласно первым 4 столбцам а остальное с богом.
Пример файла высылаю на почту.
Можно конкатенированные xyz файлы содержащие во второй строке энергию отображать как единую оптимизацию (с возможностью построить график энергия от номера шага) а не как десятки независимых файлов с энергией вместо названия?
Предпочтительно чтобы это не было завязано на число столбцов в файле - отображать атомы и координаты согласно первым 4 столбцам а остальное с богом.
Пример файла высылаю на почту.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я попробовал воспроизвести - у меня файл открылся, но атомы на больших расстояниях друг от друга и без связей. Тут дело в том, что формат Turbomole подразумевает координаты в борах, а Chemcraft, читая xyz файл, всегда думает что там в ангстремах.Гесс писал(а): ↑Вс дек 09, 2018 1:00 pmChemcraft не читает файлы coord которые сам же создает.
То есть - берем произвольную молекулу, открываем ее в кемкрафте, вкладка Coord, кнопка Coords format, пункт Turbomole format, копируем получившийся результат в пустой файл, сохраняем, пробуем открыть - вкладка Source содержит координаты, но Image пуст и вообще впечатление что я открываю нечитаемый формат - даже имя окна остается последним успешно открытым файлом.
Имеет смысл искать старые релизы?
Не совсем понятно, зачем нужна такая фича? В крайнем случае можно этот xyz файл скопировать в Clipboard, далее перейти во вкладку Coords, далее выбрать координаты - Bohrs и далее два раза подряд нажать Paste.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Опция Tools/Data summary/Show energy graph from multiple xyz file. Но с вашим файлом она не работает ) , поскольку я не предусмотрел это для файлов xyz в формате Turbomole. Сейчас я уже устранил проблему и готовлюсь выложить промежуточную версию Chemcraft в течение двух недель. Вы подождёте? Прислать вам ссылку когда закачаю?Гесс писал(а): ↑Вс дек 09, 2018 9:10 pmПомоему уже ктото спрашивал...
Можно конкатенированные xyz файлы содержащие во второй строке энергию отображать как единую оптимизацию (с возможностью построить график энергия от номера шага) а не как десятки независимых файлов с энергией вместо названия?
Предпочтительно чтобы это не было завязано на число столбцов в файле - отображать атомы и координаты согласно первым 4 столбцам а остальное с богом.
Пример файла высылаю на почту.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
coord - основной входящий и один из основных исходящих файлов/форматов Турбомоля. Было бы очень позитивно иметь возможность открывать конкретно его, а не скачивать с серверов кучи прочих файлов (как например приходится делать для TmoleX).
С такими файлами (и вообще много с какими другими) работает ase-gui, но там некрасивая графика (мое мнение) и нет версии под винду.
Спасением является утилита t2x которая генерирует конкатенированные xyz (такие файлы как я вам прислал), но для этого надо иметь t2x и всеравно это лишние операции и дополнительные файлы.
Ага, буду очень признателен.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Далее вопрос: как лучше реализовать чтение расчётов Turbomole из нескольких файлов, содержащих файлы job.last, gradient, energy и т.д.
Можно сделать как с файлами NBO: открываете файл job.last, и появляется окно, где можно увидеть и анчекнуть галочки - открытие находящихся рядом файлов gradient, coord и пр.
Для меня это было бы, наверно, немного неудобно, но речь не обо мне.
Может правильнее читать файл gradient просто открывая его отдельно в Chemcraft? Тогда вопрос, как моей программе узнать, что это именно файл gradient формата Turbomole. Не люблю такие файлы, у которых нельзя по расширению догадаться, что в них. Вопрос в том - выдача Turbomole подразумевает всегда такое название файла, или надо анализировать ключевые слова внутри файла?
Можно сделать как с файлами NBO: открываете файл job.last, и появляется окно, где можно увидеть и анчекнуть галочки - открытие находящихся рядом файлов gradient, coord и пр.
Для меня это было бы, наверно, немного неудобно, но речь не обо мне.
Может правильнее читать файл gradient просто открывая его отдельно в Chemcraft? Тогда вопрос, как моей программе узнать, что это именно файл gradient формата Turbomole. Не люблю такие файлы, у которых нельзя по расширению догадаться, что в них. Вопрос в том - выдача Turbomole подразумевает всегда такое название файла, или надо анализировать ключевые слова внутри файла?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
все файлы турбомоля не имеют расширений.
любая оптимизация будет содержать файлы gradient, energy, job.last
я не знаю другого софта который бы создавал файлы с названием gradient
Информация из файла job.last содержит на мой взгляд довольно мало пользы
любая оптимизация будет содержать файлы gradient, energy, job.last
я не знаю другого софта который бы создавал файлы с названием gradient
Информация из файла job.last содержит на мой взгляд довольно мало пользы
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я тут вспомнил, что файлы Turbomole с множественными XYZ структурами также содержат и градиент в том числе (сейчас Chemcraft этот градиент ещё не читает). Хотелось бы понять, в каких случаях используется этот формат файлов, а в каких gradient?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я сделал чтение файлов gradient, но пока не выложил новую версию программы. А нужно кому-нибудь чтобы читались кроме координат атомов также градиенты?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
gradient это собственный файл турбомоля. Из известного мне софта, отдельно от всех других файлов в папке расчете (которая на сервере и качать которую целиком ради одного файла довольно странно) этот файл сейчас читает (и то далеко не всегда а как то очень рандомно) только ase-gui который мне не нравится по целому ряду причин. Другой софт этот файл вообще читаемым не считает (включая ТмольХ которому нужна вся папка).
Существует скрипт t2x который умеет обрабатывать файлы gradient выдавая конкатенированный xyz. Это уже намного более человечный формат файла и в кемкрафте текущего релиза я мог хотя бы посмотреть изменение геометрии. На сегодня это то как я работаю с турбомолем, если мне недостаточно отсматривать только coord который я могу отсмотреть и на сервере с помощью все того же ase-gui. Насколько я понимаю этот формат - просто переход к чему то более сьедобному чем gradient. А так как картинки у ТмольХ и асе-гуи ну очень на любителя, то людям желающим получить красивые картинки в нравящемся им софте (кемкрафт,вмд и т.д) всеравно так или иначе нужно делать xyz.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Здравствуйте.
Можно добавит в ChemCraft вывод зарядов, рассчитанных в квантово-химическом
пакете ПРИРОДА?
Данные секции выводятся после каждого шага оптимизации, если заданы
соответствующие ключевые слова во входном файлеL
1) Заряды по Малликену (для любых расчётов):
Overlap populations:
atom charge spin p.
C1 -0.6048 0.00000
H1 0.1512 0.00000
H2 0.1512 0.00000
H3 0.1512 0.00000
H4 0.1512 0.00000
Нумерация идёт в соответствии с группой атомов, например C1, H1, C2, H2,
H3, H4, C3... Но атомы находятся в том же порядке, что заданы в исходной
первой секции Atomic Coordinates:
2) Заряды по Хиршфельду (только для DFT):
Atomic partitions of the density:
atom charge spin
1 C -0.1665 0.0000
2 H 0.0419 0.0000
3 H 0.0419 0.0000
4 H 0.0419 0.0000
5 H 0.0419 0.0000
total 9.9987 0.0000
Тут перед атомом стоит его номер, на группы не делятся.
Файлы с примерами выслал по электронной почте.
Можно добавит в ChemCraft вывод зарядов, рассчитанных в квантово-химическом
пакете ПРИРОДА?
Данные секции выводятся после каждого шага оптимизации, если заданы
соответствующие ключевые слова во входном файлеL
1) Заряды по Малликену (для любых расчётов):
Overlap populations:
atom charge spin p.
C1 -0.6048 0.00000
H1 0.1512 0.00000
H2 0.1512 0.00000
H3 0.1512 0.00000
H4 0.1512 0.00000
Нумерация идёт в соответствии с группой атомов, например C1, H1, C2, H2,
H3, H4, C3... Но атомы находятся в том же порядке, что заданы в исходной
первой секции Atomic Coordinates:
2) Заряды по Хиршфельду (только для DFT):
Atomic partitions of the density:
atom charge spin
1 C -0.1665 0.0000
2 H 0.0419 0.0000
3 H 0.0419 0.0000
4 H 0.0419 0.0000
5 H 0.0419 0.0000
total 9.9987 0.0000
Тут перед атомом стоит его номер, на группы не делятся.
Файлы с примерами выслал по электронной почте.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
EvgeniX
Сделаю в следующей версии, но пока я сильно занят другими делами.
Сделаю в следующей версии, но пока я сильно занят другими делами.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я тут https://www.chemport.ru/forum/viewtopic ... 35#p995335 решил построить полную спиновую плотность из аутпута. Кемкрафт трудился долго и построил. Но прогрессбар не исчез (возможность работы с программой при этом сохранилась). При закрытии кемкрафта вылезло вот это:
Как бы жить не мешает но вдруг вам будет интересно.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Гесс
Это Штуковина 1.0) Утечка памяти, задетектированная менеджером. Сама по себе утечка обычно не является проблемой (лишний килобайт памяти, отданный программе, который после закрытия программы всё равно возвращается домой).
Возможно мне надо перезалить билд (чтобы не выскакивало это сообщение).
А какой билд Chemcraft-а у вас это отображает?
Это Штуковина 1.0) Утечка памяти, задетектированная менеджером. Сама по себе утечка обычно не является проблемой (лишний килобайт памяти, отданный программе, который после закрытия программы всё равно возвращается домой).
Возможно мне надо перезалить билд (чтобы не выскакивало это сообщение).
А какой билд Chemcraft-а у вас это отображает?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Добрый день!
В последней версии Chemcraft_b548a при попытке открытия геометрии молекулы в формате Gamess-US input (unique atoms) выдает Access violation at address 00649ECD ...
В версии 536a и более ранних этой ошибки не было.
В последней версии Chemcraft_b548a при попытке открытия геометрии молекулы в формате Gamess-US input (unique atoms) выдает Access violation at address 00649ECD ...
В версии 536a и более ранних этой ошибки не было.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Пришлите пожалуйста пример файла мне на email, показанный тут:
https://chemcraftprog.com/contacts.html
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 26 гостей