Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[amge]

Amge, сгенерируйте какой-нибудь красивый рисунок с помощью этой опции, чтобы я добавил его на галерею.

Сделал и отправил через личку. Здесь выкладывать не стал - вдруг структура "секретная"

[YuraM]

немного не в тему, просто поддержать дискуссию начатую в нескольких предыдущих постах. Следить за литературой сейчас - просто очень сложно, журналов очень много, много и статей - в оснвном, конечно, трешовых и никому не нужных, кроме как для всяких отчетов и создание всяких H-index. Более того, поиск по литературе не эффективный, если ищешь что-то в самой статье, а не абстракте - то если ревьюверы на статью не тыкнут - есть все шансы пропустить работу (так устроены алгоритмы поиска). Мне кажется анализ орбиталей есть и в серьезных работах (например, что упоминал "Гесс"). Как-то сам сталкивался с тем, что надо было посмотреть на остовные молекулярные орбитали в продуктах и реактантах - убедиться что все они одинковым образом включены в расчет энергии корреляции в каплд-кластер (в некоторых программах используется метод "замороженного остова" - когда орбитали с ХФ энергией ниже какого-то минимума не включаются в расчет энергии корреляции). А то бывает d-орбитали металла составляющие практически нацело молекулярную орбиталь в реактанте включены в расчет энергии корреляции а в продуктах нет. Сейчас, конечно, существую процедуры автоматического определения таких вещай, например в крайнем релизе ОРКА. Однако, есть множество примеров когда люди пихают эти орбитали в статьи, их "анализируют" и делают какие-то только им понятные выводы - типа там больши пи-бэк донэйшн и прочий треш - таких статей я опасаюсь как огня.

[EvgeniX]

Можно в ChemCraft как-то указывать масштаб? И на рисунок выводить уголок единичной длины |_ где-нибудь в углу, чтобы масштабы можно было подгонять под оформление.

[Гесс]

Для изометрии это имхо реалистично. Но вот для перспективного вида я это представить не могу.

[Гесс]

При загрузке гауссиановского расчета ЯМР есть опция
CSGT NMR Isotropic Schielding
однако выводимые значения это первые Magnetic Shielding которые присутствуют в файле и ничего более.
Если использовать например #p PBE1PBE/aug-cc-pVDZ NMR=All то в аутпуте присутствует три набора экранирований (single gauge origin, IGAIM method и CSGT method причем именно в этом порядке), а выводится только первый (он же самый тупой).
Кстати по дефолту считается тоже не CSGT, а GIAO.
Кнопка Prepare NMR делает важную функцию, позволяет отсортировать только атомы одного типа, вот только название ее неинтуитивно.
Менюшка Group of atoms практически бесполезна, атомы разных элементов одновременно всеравно никто отсматривать не будет.
Recalculate values as это очень полезная функция, вот только значение 183.6 к чему? Это углерод TMS в каком то конкретном метод/базисе?

[Vit Nhoc]

Recalculate values as это очень полезная функция, вот только значение 183.6 к чему? Это углерод TMS в каком то конкретном метод/базисе?

Это я вручную подобрал, когда считал ЯМР жидких кристаллов на B3LYP/6-31G(D,P) и сравнивал с экспериментом.

[amge]

Можно использовать (по возможности) коэффициенты пересчета с сайта Тантилло.

[MantaCoeno]

Можно ли каким-либо образом сохранять геометрии из кемкрафта с возможностью нормально открывать в иллюстраторе?

Если сохраняю как изображение, то иллюстратор просто открывает картинку, с которой работать все равно, что в пэинте, неудобно.
Пользовался ortep3, который мне не нравился по функционалу (невозможность сохранения стилей, инверсия при сохранении), перешел из-за этого в КемКрафт, специально, чтобы стили сохранять. Но зачастую приходится возвращаться к ручному редактированию, например, при добавлении подписей к отдельным атомам/связямв, вортепе было удобно делать это сразу и редактировать при неоходимости в иллюстраторе, а кемкрафт он такой, что либо все в нем, либо ничего(
Можно ли доустановить к нему что-нибудь (аддон какой-нибудь или т.п.), чтобы он изображение в .eps или .ai сохранял?

[amge]

MantaCoeno, посмотрите предыдущую страницу этой темы. КемКрафт умеет сохранять в wmf. При этом изображение картинки получается по-прежнему растровое, и его особо не изменишь, но зато все надписи в виде текста, который можно редактировать.

Что касается перевода картинки в eps - это легко, куча утилит для этого есть. Но растр, естественно, останется растром, и никакого выигрыша не будет. Чтобы превратить растр в векторный формат, существуют специальные программы-трейсеры. Я пробовал одну такую - получается куча сложных контуров, править которые ничуть не проще, чем исходный растр. Надо бы, чтобы программа учитывала химические реалии, и превращала, например, атом в круг, залитый градиентом, тогда можно было бы редактировать. Но я лично таких программ не знаю.

[Гесс]

Я вроде когда то писал что Chemcraft отображает значения энергий из аутпутов VASP и пытается их при Recount energy домножать на 627.5, хотя они не в хартри а в электронвольтах, и постоянно приходится править коэффициент пересчета.
В последнем (у меня) релизе 536а проблема была модифицирована - теперь выводятся значения в хартри. то есть оно конечно да, теперь результаты удобны для сравнения с другими программами, коэффициент перевода в ккал/моль теперь везде подходит, однако это всеже немного не то, потому что 1) этих выводимых кемкрафтом цифр тупо НЕТ в аутпуте. 2) мне не нужны хартри, я бы хотел иметь цифры из аутпута потому как обобщаю результаты в миллиэВ, и хартри мне там совершенно неудобны.
Может лучше не заставлять кемкрафт пересчитывать цифры из эВ в хартри а просто указать что цифры в васповских аутпутах в хартри и коэффициенты перевода в прочие единицы там не такие как у гауссиана орки и прочих?
Спасибо.

[Vit Nhoc]

Может лучше не заставлять кемкрафт пересчитывать цифры из эВ в хартри а просто указать что цифры в васповских аутпутах в хартри и коэффициенты перевода в прочие единицы там не такие как у гауссиана орки и прочих?

Для меня это будет многовато работы, потому что переменные в программе имеют стандартные единицы. Т.е. если была переменная "энергия в хартри", нужно будет делать две переменные "энергия" и "единицы энергии".
Вопрос на самом деле сводится к тому, нужны ли вообще разные единицы? Может сделать быстрый пересчёт всех энергий из одних единиц в другие?
Почему вам удобны васповские расчёты в электронвольтах, а гауссиановские в хартри?

[Гесс]

Ну если много работы - то тогда не критично.

Почему мне удобно так странно? ну в первую очередь потому что это расчеты относящиеся к очень разным проектам. В Гауссиане, Орке и пр я считаю молекулы для химиков, а в ВАСПе - поверхности для физиков. Химики (так сложилось исторически) понимают ккал/моль, а физики - кДж/моль или (предпочтительно для моих физиков) - эВ. К тому же для периодики сама формулировка "моль" приобретает характер абсурдности.

[uchebnik fiziki]

Кстати, калории и джоули -- это такая головная боль, что надо иметь возможность выводить и те, и те

[Vit Nhoc]

Ну если много работы - то тогда не критично.

Почему мне удобно так странно? ну в первую очередь потому что это расчеты относящиеся к очень разным проектам. В Гауссиане, Орке и пр я считаю молекулы для химиков, а в ВАСПе - поверхности для физиков. Химики (так сложилось исторически) понимают ккал/моль, а физики - кДж/моль или (предпочтительно для моих физиков) - эВ. К тому же для периодики сама формулировка "моль" приобретает характер абсурдности.

Так собственно энергия из файлов VASP OUTCAR показывается в абстракте?

[alex7851]

Если нанести длину связи (пунктирная линия и число), а затем сохранить картинку, указав размер больший, чем стоит по умолчанию (1042), пунктир превращается в некрасивую простую линию.

[Vit Nhoc]

Если нанести длину связи (пунктирная линия и число), а затем сохранить картинку, указав размер больший, чем стоит по умолчанию (1042), пунктир превращается в некрасивую простую линию.

Кажется тут мне трудно исправить эту багофичу, потому что эту линию рисует не Chemcraft, а библиотека Windows (GDI). Я уже пытался с этим разобраться.

[Vit Nhoc]

Я думаю сделать такую фичу. Предположим, вы провели несколько расчётов методом B3LYP/6-31G(D,P). Все расчёты лежат в каком-то общем каталоге. Тогда вы указываете несколько новых каталогов и к ним новые ключевые слова в gjf файлах. Программа берёт все gjf файлы из первого каталога, копирует в новые каталоги и немного их меняет, например слово B3LYP меняет на PBE, PBE0 и т.д. Кроме того, программа составляет большой batch-файл для гауссиана, где перечислены все новые gjf.
Эта возможность нужна прежде всего для облегчения расчётов одинаковых молекул разными функционалами. Её лучше назвать как-то понятнее, например “Multiple DFT functionals computation simplifier”, если не звучит сильно неказисто. Сейчас уже есть немного похожая фича – Tools/Scripts/Modify multiple Gaussian input files.

[Гесс]

09/10/2009 - version 1.6 build 315 issued:

- (NEW) Implemented basic support of Turbomole input and output files (starting/optimized geometries, vibrational modes, dipole moments, scf cycles, NMR shieldings can be visualized);

10/14/2010 - version 1.6 build 338 issued:
...
- Turbomole output files with transition state search can be visualized;

03/26/2013 - version 1.7 build 375 issued:
...
- Latest Turbomole output files can be visualized

Простите а о каких файлах идет речь, а то я только что попробовал gradient (содержащий все геометрии) и даже coord (стартовую) - билд 536а изображает полное непонимание.

[EvgeniX]

ChemCraft не видит координаты атомов из кв.-хим. пакета ПРИРОДА, у которых заданы массы изотопов. Просто игнорирует их...

[Vit Nhoc]

ChemCraft не видит координаты атомов из кв.-хим. пакета ПРИРОДА, у которых заданы массы изотопов. Просто игнорирует их...

Пришлите мне в ЛС или на email выходной файл Природы с этой проблемой.