Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Суровый]

Прога потребовала старую версию графической библиотеки

./Chemcraft: error while loading shared libraries: libgdk_pixbuf-2.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

Её надо вручную устанавливать. Т.к. я умею только автоматически через менеджер, то пардонте...

[amge]

Просьба протестировать 32-битную Linux версию программы

У меня работает (openSUSE Leap 42.2, 64 bit).

Есть варнинги, но они, вроде, не мешают.

Код: Выделить всё

Gtk-Message: Failed to load module "atk-bridge"
WARNING: obsolete call to RecreateWnd for TInitForm
Warning: TWinControl.DestroyHandle InitForm:TInitForm Handle not Allocated
[TGtk2WidgetSet.Destroy] WARNING: There are 2 unreleased DCs, a detailed dump follows:
[TGtk2WidgetSet.Destroy]  DCs:   F626F8C0 F626F750

[vfiuchcikicshuusrch]

./Chemcraft: error while loading shared libraries: libgdk_pixbuf-2.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

Очевидно, что не хватает пакета gdk-pixbuf второй версии.
Какой дистрибутив Linux используете ?

Список библиотек, без которых не запустится, либо после запуска будет не корректно работать программа:

Код: Выделить всё

	linux-gate.so.1 =>  (0xb7734000)
	libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0x4c3b4000)
	libpthread.so.0 => /lib/libpthread.so.0 (0x4c3bb000)
	libX11.so.6 => /lib/libX11.so.6 (0x4c825000)
	libgdk_pixbuf-2.0.so.0 => /lib/libgdk_pixbuf-2.0.so.0 (0x4cee9000)
	libgtk-x11-2.0.so.0 => /lib/libgtk-x11-2.0.so.0 (0x4d347000)
	libgdk-x11-2.0.so.0 => /lib/libgdk-x11-2.0.so.0 (0x4d809000)
	libgobject-2.0.so.0 => /lib/libgobject-2.0.so.0 (0x4c64e000)
	libglib-2.0.so.0 => /lib/libglib-2.0.so.0 (0x4c512000)
	libgthread-2.0.so.0 => /lib/libgthread-2.0.so.0 (0x4cdad000)
	libgmodule-2.0.so.0 => /lib/libgmodule-2.0.so.0 (0x4c6a2000)
	libpango-1.0.so.0 => /lib/libpango-1.0.so.0 (0x4d04d000)
	libcairo.so.2 => /lib/libcairo.so.2 (0x4d17b000)
	libatk-1.0.so.0 => /lib/libatk-1.0.so.0 (0x4d021000)
	libc.so.6 => /lib/libc.so.6 (0x4c1f4000)
	/lib/ld-linux.so.2 (0x4c1cb000)
	libxcb.so.1 => /lib/libxcb.so.1 (0x4c98e000)
	libgio-2.0.so.0 => /lib/libgio-2.0.so.0 (0x4c6a9000)
	libpng16.so.16 => /lib/libpng16.so.16 (0x4c9b4000)
	libm.so.6 => /lib/libm.so.6 (0x4c3d8000)
	libpangocairo-1.0.so.0 => /lib/libpangocairo-1.0.so.0 (0x4cffc000)
	libXfixes.so.3 => /lib/libXfixes.so.3 (0x4cf12000)
	libpangoft2-1.0.so.0 => /lib/libpangoft2-1.0.so.0 (0x4d2e7000)
	libfontconfig.so.1 => /lib/libfontconfig.so.1 (0x4cdb2000)
	libXrender.so.1 => /lib/libXrender.so.1 (0x4cd8d000)
	libXinerama.so.1 => /lib/libXinerama.so.1 (0x4cda7000)
	libXi.so.6 => /lib/libXi.so.6 (0x4cdf0000)
	libXrandr.so.2 => /lib/libXrandr.so.2 (0x4cd9a000)
	libXcursor.so.1 => /lib/libXcursor.so.1 (0x4cfc9000)
	libXcomposite.so.1 => /lib/libXcomposite.so.1 (0x4d00b000)
	libXdamage.so.1 => /lib/libXdamage.so.1 (0x4cff6000)
	libXext.so.6 => /lib/libXext.so.6 (0x4cb9b000)
	libffi.so.6 => /lib/libffi.so.6 (0x4c645000)
	libpixman-1.so.0 => /lib/libpixman-1.so.0 (0x4cf1a000)
	libfreetype.so.6 => /lib/libfreetype.so.6 (0x4cbc5000)
	libEGL.so.1 => /lib/libEGL.so.1 (0x4d0b5000)
	libxcb-shm.so.0 => /lib/libxcb-shm.so.0 (0x4d011000)
	libxcb-render.so.0 => /lib/libxcb-render.so.0 (0x4d0a8000)
	libz.so.1 => /lib/libz.so.1 (0x4c421000)
	libGL.so.1 => /lib/libGL.so.1 (0x4ce08000)
	librt.so.1 => /lib/librt.so.1 (0x4c43a000)
	libXau.so.6 => /lib/libXau.so.6 (0x4c81f000)
	libselinux.so.1 => /lib/libselinux.so.1 (0x4c4b2000)
	libresolv.so.2 => /lib/libresolv.so.2 (0x4c4d8000)
	libharfbuzz.so.0 => /lib/libharfbuzz.so.0 (0x4d0e1000)
	libexpat.so.1 => /lib/libexpat.so.1 (0x4cd62000)
	libX11-xcb.so.1 => /lib/libX11-xcb.so.1 (0x4ce03000)
	libxcb-dri2.so.0 => /lib/libxcb-dri2.so.0 (0x4d2df000)
	libxcb-xfixes.so.0 => /lib/libxcb-xfixes.so.0 (0x4d2be000)
	libxcb-shape.so.0 => /lib/libxcb-shape.so.0 (0x4d2d8000)
	libgbm.so.1 => /lib/libgbm.so.1 (0x4d017000)
	libwayland-client.so.0 => /lib/libwayland-client.so.0 (0x4d09a000)
	libwayland-server.so.0 => /lib/libwayland-server.so.0 (0x4d2c8000)
	libglapi.so.0 => /lib/libglapi.so.0 (0x4d13b000)
	libdrm.so.2 => /lib/libdrm.so.2 (0x4ced9000)
	libxcb-glx.so.0 => /lib/libxcb-glx.so.0 (0x4cebc000)
	libXxf86vm.so.1 => /lib/libXxf86vm.so.1 (0x4cc69000)
	libpcre.so.1 => /lib/libpcre.so.1 (0x4c445000)
	libgraphite2.so.3 => /lib/libgraphite2.so.3 (0x4cfd7000)
	libudev.so.1 => /lib/libudev.so.1 (0x4cbb0000)
	libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0x4c4f3000)

во вложении приложил архив с библиотекой gdk-pixbuf из fedora 20
как использовать:
распаковать содержимое в папку Chemcraft, запустить fix.sh (из консоли запуск ./fix.sh)

пробуйте. но не факт, что ещё чего нибудь нехватает... от этого никак не уберечься. нельзя же весь линукс включить в пакет поставки Chemcraft

[uchebnik fiziki]

Но нестандартные библиотеки можно.

[vfiuchcikicshuusrch]

uchebnik fiziki, например, какие ?
нестандартно, это когда я сам написал библиотеку, и ни один дистрибутив linux об этом не знает.
великое множество пакетов, лежат в репозиториях соответствующих дистрибутивов linux, все пакеты которые требует ChemCraft по-любому должны быть уже в дистрибутиве, либо в доступны для установки из репозиториев.

ChemCraft пробовал запускать на множестве различных дистрибутивах, везде работает сразу, ничего до устанавливать не нужно было.
работает даже с LiveDVD версий дистрибутивов, т.е. загружаемся с оптического диска в Linux и работаем в ChemCraft с флешечки, например.

[uchebnik fiziki]

Ну почему же? Если нужно привязаться к конкретной версии, зачастую включают её. Есть ещё библиотеки, не лежащие в основном репозитории, их тоже можно включать в пакет.

[Гесс]

При визцализации как законченного так и незаконченного IRC расчета после последней посчитанной точки стоит Optimised geometry.
Для неоконченного расчета (расчет еще идет) а также для расчетов не дошедших туда куда они должны были дойти (смерть по таймлимиту, окончание с Maximum number of steps reached - типичная причина которого нехватило дефолтных 10 точек, фейлы связанные с x-delta) это просто некорректно.
Для оконченного расчета (если мы говорим о корректно завершившемся IRC пришедшем в район реального минимума) это тоже не очень точно: последняя полученная геометрия "гдето недалеко" от минимума (не больше чем stepsize), но все таки это не геометрия минимума.

Screenshot_33.jpg

[Vit Nhoc]

Просьба написать, у кого перестал открываться сайт chemcraftprog.com. Я сделал на сайте https и вроде начались проблемы.

[Суровый]

открываются обе версии

[Любитель_Манниха]

Если отключить показ атомов (водородов, например), то в координаты эти атомы тоже не выводятся, имхо это неправильно, ну или должно быть опционально - водороды можно убирать для лучшего вида всей молекулы, а координаты-то потом все нужны.

Да, и начиная с какой-то недавней версии, если открываешь out (речь о природе), в котором не завершился первый шаг оптимизации, chemcraft не выдаёт картинку и в названии окна программы пишет имя предыдущего открытого файла.

[Vit Nhoc]

Да, и начиная с какой-то недавней версии, если открываешь out (речь о природе), в котором не завершился первый шаг оптимизации, chemcraft не выдаёт картинку и в названии окна программы пишет имя предыдущего открытого файла.

Вы не могли бы прислать мне пример такого out файла?

[EvgeniX]

1. Умеет ли ChemCraft визуализировать хим.сдвиги, рассчитанные в ПРИРОДе?
2. На softkey уже ChemCraft не продаёте? Гос.конторам легче через softkey покупать.

[Vit Nhoc]

1. Пока нет. Спасибо за файл, я этим займусь. Вы не могли бы прикрепить ещё какой-нибудь файл с разными атомами, включая атомы с названием из двух букв (вдруг для них положение цифр в строках будеть чуть другим).
2. Сейчас не продаю, поскольку деньги были очень маленькие (в том числе из-за двойного налогообложения). Мне проще продать программу за 1-2 тысячи без документов, когда покупатель пополняет мой телефон.

[EvgeniX]

Файлы:

[amge]

Вот еще файл с расчетом не только хим.сдвигов, но и экранирования в точках вне ядер (для NICS). Эти точки и экранирование в них тоже можно отображать.

[Vit Nhoc]

Вот еще файл с расчетом не только хим.сдвигов, но и экранирования в точках вне ядер (для NICS). Эти точки и экранирование в них тоже можно отображать.

Это мне довольно долго делать, поскольку обычно ЯМР сдвиги отображаются только для атомов, представленных в секции с координатами в выходном файле. Вы уверены, что такая фича нужна? Мне не очень понятно, зачем нужны ЯМР на фиктивных атомах, если экспериментально измеряются только хим.сдвиги на реальных ядрах.

[Гесс]

Эммм, да, но скажем есть критерий ароматичности NICS (один из основных на сегодня), он меряется в точке в центре ароматической системы (иногда на некором удалении от него, если мы говорим о плоских кольцах). Так что отображать фиктивные атомы и свойства на них - это нормально. Кстати Bq атомы в гауссиане должны идти вместе с нормальными.

[Vit Nhoc]

В гауссиане да, а в Природе печатается таблица " additional points:".
В каких ещё случаях эта таблица может быть полезна, кроме ЯМР?

[EvgeniX]

В гауссиане да, а в Природе печатается таблица " additional points:".
В каких ещё случаях эта таблица может быть полезна, кроме ЯМР?

Как индексы реакционной способности...

[amge]

Это мне довольно долго делать, поскольку обычно ЯМР сдвиги отображаются только для атомов, представленных в секции с координатами в выходном файле. Вы уверены, что такая фича нужна? Мне не очень понятно, зачем нужны ЯМР на фиктивных атомах, если экспериментально измеряются только хим.сдвиги на реальных ядрах.

Вообще, экранирование на фиктивных атомах считают довольно часто. Только за последний год около 700 статей, в которых упоминается "NICS aromaticity". Но считают в основном гауссианом, доля Природы незначительна. Поэтому, возможно, и нет особой необходимости связываться, учитывая, что в out-файле Природы соответствующая информация действительно расположена неудобно для того, чтобы ее парсить: координаты в одном месте, экранирование в другом, и все не там, где координаты и сдвиги обычных атомов.