Применение Gaussian для расчета на 1 компе больших молекул.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт авг 14, 2007 4:29 pm

Nord писал(а):Да я как бы уже 5 лет расчетами занимаюсь, имел возможность сравнивать...
Единственное, что я могу допустить, это то, что DFT действительно считается быстрее. Долгое время она была, скажем так, делом не первостепенной важности у команды Gamess, но в остальном - Gaussian тот еще тормоз.
Вынужден с Вами не согласиться. Попробуйте посчитать димер C120, состоящий из 2-х "шариков" C60 (rhf/6-31g). Для gaussin под EM64t - это семечки, для PC GAMESS - полет на другую планету.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт авг 14, 2007 4:39 pm

Rt19 писал(а):Вопрос к автору темы:

А сколько Вы заплатили за лицензию G03?

P.S. Я считал C60 PC-GAMESS'ом года 3 назад на уже тогда не очень современной персоналке. Крыша не поехала 8)
1.Это надо спросить у тех, кому я ее транслировал под EM64T.
2.Какой базис и симметрия?

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пт авг 17, 2007 1:04 pm

Yurii писал(а):Попробуйте посчитать димер C120, состоящий из 2-х "шариков" C60 (rhf/6-31g). Для gaussin под EM64t - это семечки, для PC GAMESS - полет на другую планету.
Yurii, вот для этой геометрии (симметрия C1)

Код: Выделить всё

 C       6.0          -3.13915838    0.33980582    0.00000000
 C       6.0          -1.67526938    0.33980582    0.00000000
 C       6.0          -0.98298038    1.53900382    0.00000000
 C       6.0          -1.71496238    2.80676182   -0.00001900
 C       6.0          -3.09963038    2.80672982    0.00000500
 C       6.0          -3.83153638    1.53893482    0.00002100
 C       6.0          -3.59153838   -0.76657918   -0.84514300
 C       6.0          -2.40725238   -1.45033118   -1.36751300
 C       6.0          -1.22289238   -0.76653918   -0.84518700
 C       6.0          -0.10272138   -0.61383818   -1.64467700
 C       6.0           0.20127462    1.70042682   -0.84525000
 C       6.0          -0.98307638    3.75168582   -0.84526500
 C       6.0          -1.67547938    4.64546382   -1.64470200
 C       6.0          -3.13937238    4.64544082   -1.64464800
 C       6.0          -3.83163838    3.75163682   -0.84515400
 C       6.0          -5.01596038    3.06782982   -1.36745400
 C       6.0          -5.01589838    1.70031282   -0.84510200
 C       6.0          -5.44380438    0.65381282   -1.64450700
 C       6.0          -4.71180738   -0.61394618   -1.64452900
 C       6.0          -2.40730438   -1.94443618   -2.66101900
 C       6.0          -3.59163038   -1.78306818   -3.50614400
 C       6.0          -4.71184438   -1.13631018   -3.01203600
 C       6.0          -5.44385838   -0.19140218   -3.85720300
 C       6.0          -5.89622838    0.91494982   -3.01201000
 C       6.0          -5.89628038    2.20846782   -3.50610800
 C       6.0          -5.44391438    3.31484282   -2.66095700
 C       6.0          -4.71202938    4.25980582   -3.50619100
 C       6.0          -3.59180238    4.90660882   -3.01217300
 C       6.0           0.20121362    3.06796082   -1.36763700
 C       6.0          -1.22322238    3.89014582   -5.67325800
 C       6.0          -0.10295238    3.73752382   -4.87388600
 C       6.0           0.62902062    2.46977282   -4.87388000
 C       6.0           0.20111862    1.42327782   -5.67330600
 C       6.0          -0.98321138    1.58465682   -6.51843700
 C       6.0          -3.13949438    2.78376182   -6.51837200
 C       6.0          -3.59186338    3.89012082   -5.67318700
 C       6.0          -2.40755438    4.57392182   -5.15088600
 C       6.0          -2.40751738    5.06801982   -3.85737800
 C       6.0          -1.22315838    4.90662482   -3.01221300
 C       6.0          -0.10293238    4.25988782   -3.50632700
 C       6.0           1.08141562    2.20862282   -3.50637300
 C       6.0           1.08147262    0.91513282   -3.01226300
 C       6.0           0.62907962   -0.19126818   -3.85740200
 C       6.0           0.20115162    0.05575282   -5.15092200
 C       6.0          -0.98313238   -0.62804318   -5.67323000
 C       6.0          -1.71513438    0.31685682   -6.51838300
 C       6.0          -3.09980438    0.31684082   -6.51832700
 C       6.0          -3.83179138    1.58459082   -6.51833200
 C       6.0          -4.71206438    3.73742782   -4.87370400
 C       6.0          -5.44396338    2.46963482   -4.87365800
 C       6.0          -5.01607838    1.42315882   -5.67310300
 C       6.0          -5.01602338    0.05563082   -5.15073900
 C       6.0          -3.83169638   -0.62811218   -5.67312600
 C       6.0          -3.13930838   -1.52189118   -4.87371500
 C       6.0          -1.67541538   -1.52186518   -4.87374700
 C       6.0          -1.22300038   -1.78299718   -3.50626500
 C       6.0          -0.10277938   -1.13619818   -3.01222400
 C       6.0           0.62904262    3.31500482   -2.66118400
 C       6.0           0.62915762    0.65396282   -1.64469900
 C       6.0          -1.67558638    2.78379982   -6.51840400
 C       6.0          -2.19158840   -2.47877941   -6.52812312
 C       6.0          -0.72769540   -2.47875641   -6.52817712
 C       6.0          -2.88385440   -3.37258341   -5.72862912
 C       6.0          -2.64401840   -2.21761141   -7.89564812
 C       6.0          -0.03529240   -3.37253441   -5.72874012
 C       6.0          -0.27537440   -2.21759541   -7.89568812
 C       6.0          -2.15184640   -4.31749041   -4.88347012
 C       6.0          -4.06817640   -4.05639041   -6.25092912
 C       6.0          -3.76424540   -2.86441441   -8.38966612
 C       6.0          -1.45973340   -2.05620041   -8.74085312
 C       6.0          -0.76717840   -4.31745841   -4.88349412
 C       6.0           1.14899760   -4.05625941   -6.25111212
 C       6.0           0.84485160   -2.86433241   -8.38980212
 C       6.0          -2.88375240   -5.58528541   -4.88345412
 C       6.0          -4.06811440   -5.42390741   -5.72857712
 C       6.0          -4.49613040   -3.80937741   -7.54443212
 C       6.0          -3.76428040   -3.38679241   -9.75717912
 C       6.0          -1.45977040   -2.55029841  -10.03436112
 C       6.0          -0.03519640   -5.58521641   -4.88347512
 C       6.0           1.14905860   -5.42379341   -5.72872512
 C       6.0           1.57682660   -3.80921541   -7.54465912
 C       6.0           0.84483160   -3.38669641   -9.75736112
 C       6.0          -2.19137440   -6.78441441   -4.88347512
 C       6.0          -4.49602040   -6.47040741   -6.52798212
 C       6.0          -4.94849640   -4.91575241   -8.38958312
 C       6.0          -2.64407940   -3.23409941  -10.55666212
 C       6.0          -4.49617940   -4.65458541   -9.75713312
 C       6.0          -0.27543840   -3.23407441  -10.55673312
 C       6.0          -0.72748540   -6.78441441   -4.88347512
 C       6.0           1.57694160   -6.47025741   -6.52817412
 C       6.0           2.02919960   -4.91559741   -8.38984812
 C       6.0           1.57680460   -4.65444741   -9.75735512
 C       6.0          -2.64375440   -7.89079941   -5.72861812
 C       6.0          -3.76402340   -7.73816641   -6.52800412
 C       6.0          -4.94844440   -6.20927041   -7.89548512
 C       6.0          -2.19171040   -4.34045841  -11.40184712
 C       6.0          -4.06829440   -5.70106141  -10.55657812
 C       6.0          -0.72780240   -4.34042041  -11.40187912
 C       6.0          -0.27510840   -7.89075941   -5.72866212
 C       6.0           0.84506260   -7.73805841   -6.52815212
 C       6.0           2.02925660   -6.20908741   -7.89573812
 C       6.0           1.14890260   -5.70094241  -10.55678112
 C       6.0          -1.45946840   -8.57455141   -6.25098812
 C       6.0          -3.76406040   -8.26053041   -7.89551112
 C       6.0          -4.49607440   -7.31562241   -8.74067812
 C       6.0          -2.88400740   -5.53962941  -11.40180712
 C       6.0          -4.06823940   -7.06858941  -10.03421412
 C       6.0          -0.03542740   -5.53956341  -11.40191212
 C       6.0           0.84500460   -8.26041841   -7.89569912
 C       6.0           1.57686360   -7.31548841   -8.74087712
 C       6.0           1.14893560   -7.06846741  -10.03439712
 C       6.0          -1.45952040   -9.06865641   -7.54449412
 C       6.0          -2.64384640   -8.90728841   -8.38961912
 C       6.0          -2.15202040   -6.80737941  -11.40180212
 C       6.0          -2.88391240   -7.75233241  -10.55660112
 C       6.0          -0.76735040   -6.80736341  -11.40185812
 C       6.0          -0.27521640   -8.90721741   -8.38974012
 C       6.0          -0.03534840   -7.75226341  -10.55670512
 C       6.0          -2.19152440   -8.64611141   -9.75719012
 C       6.0          -0.72763140   -8.64608541   -9.75722212
мне PC GAMESS посчитал градиент в предложенном вами базисе (всего 1080 декартовых базисных функций) методом RHF. Использовался _один_ компьютер. Вот градиент:

Код: Выделить всё

      ATOM                 E'X               E'Y               E'Z 
    1 C               -0.001183014      -0.002393480       0.005152924
    2 C                0.001017538      -0.001457191       0.006136830
    3 C                0.001673657      -0.000127469       0.006348904
    4 C                0.002454179       0.002301605       0.005751219
    5 C               -0.002441840       0.002161951       0.005164884
    6 C               -0.003038999       0.000694502       0.006297598
    7 C               -0.002948485      -0.004174752       0.006738141
    8 C                0.002872323      -0.001142995       0.005836601
    9 C               -0.001729921      -0.006926166       0.004996431
   10 C                0.004167863      -0.004698589      -0.001709192
   11 C                0.004957763      -0.000510250       0.003913720
   12 C                0.002122754       0.003277588       0.004531442
   13 C                0.000979631       0.006148534       0.002690823
   14 C               -0.000972982       0.005407076       0.002563495
   15 C               -0.001978423       0.003993470       0.005226929
   16 C               -0.004571167       0.002153880       0.002196084
   17 C               -0.004197746      -0.000116481       0.005089449
   18 C               -0.005978624      -0.000954301       0.002205512
   19 C               -0.003356567      -0.003632160       0.001010201
   20 C                0.004301223      -0.012186554      -0.000273612
   21 C               -0.002679426      -0.006534824      -0.011235440
   22 C               -0.005721000      -0.008780072       0.005721784
   23 C                0.004477563      -0.003595105      -0.003956672
   24 C               -0.008485300       0.001730302       0.003352776
   25 C               -0.004520933      -0.001228402      -0.001093365
   26 C               -0.005452347       0.004728796       0.001941169
   27 C               -0.004483013       0.004363089      -0.000718190
   28 C               -0.001497034       0.006358780       0.000202400
   29 C                0.005023514       0.003158506       0.002774634
   30 C                0.002151796       0.005457719      -0.004086321
   31 C                0.003905331       0.003389265      -0.002625627
   32 C                0.006479656       0.002225624      -0.001072640
   33 C                0.004923907      -0.000822561      -0.003790915
   34 C                0.004108938       0.005422144      -0.006386040
   35 C               -0.005359734       0.001684846      -0.005731478
   36 C               -0.001062142       0.004022536      -0.004898801
   37 C                0.000029118       0.004628914      -0.004121398
   38 C               -0.000298240       0.006616523      -0.000089959
   39 C                0.001551865       0.005825397       0.000462951
   40 C                0.004710191       0.004928096      -0.000180937
   41 C                0.006092665       0.001315842      -0.002772311
   42 C                0.006219303      -0.001015253       0.000764267
   43 C                0.005121589       0.004286631      -0.009273710
   44 C                0.015063923      -0.001953118      -0.000766789
   45 C               -0.013072065      -0.063042257      -0.050638917
   46 C                0.008287253      -0.018464456      -0.000166546
   47 C               -0.006543376      -0.012202580      -0.013493325
   48 C               -0.001720232       0.001804526      -0.005574493
   49 C               -0.005210982       0.003260523      -0.002039835
   50 C               -0.005526592       0.003388261      -0.003973752
   51 C               -0.004603130      -0.001492125      -0.002712163
   52 C               -0.016706878       0.000151460      -0.006499846
   53 C                0.020023113      -0.021026992      -0.012052077
   54 C                0.015243699      -0.057528217      -0.036700420
   55 C               -0.008586017      -0.117450091      -0.120578514
   56 C                0.009487656      -0.014590438       0.010218785
   57 C               -0.006383813      -0.011585381       0.007020317
   58 C                0.004782652       0.004047642       0.001599949
   59 C                0.005802289      -0.000177989       0.002975076
   60 C                0.003983493      -0.000976431      -0.004458761
   61 C                0.008582560       0.117435854       0.120583277
   62 C               -0.015247557       0.057544210       0.036675779
   63 C                0.013084974       0.063051028       0.050635584
   64 C               -0.009476798       0.014600694      -0.010248749
   65 C               -0.020001348       0.021008134       0.012052917
   66 C                0.002688903       0.006526494       0.011271498
   67 C               -0.008280794       0.018454277       0.000179767
   68 C               -0.015073843       0.001948403       0.000772268
   69 C                0.006383431       0.011595206      -0.007041794
   70 C               -0.004330672       0.012187412       0.000276351
   71 C                0.006543079       0.012211388       0.013493243
   72 C                0.016694129      -0.000145816       0.006503569
   73 C                0.005735209       0.008773558      -0.005699031
   74 C               -0.004099069      -0.005420082       0.006381490
   75 C               -0.004933271       0.000830685       0.003777478
   76 C               -0.005139370      -0.004313390       0.009292738
   77 C               -0.004168084       0.004697653       0.001713576
   78 C               -0.002901611       0.001146296      -0.005842543
   79 C                0.001724829      -0.001794631       0.005581395
   80 C                0.004592734       0.001483252       0.002716257
   81 C               -0.004490829       0.003619197       0.003947614
   82 C                0.003361972       0.003622927      -0.001033940
   83 C               -0.003968421       0.000998514       0.004463007
   84 C               -0.006477960      -0.002219593       0.001085036
   85 C               -0.006212372       0.001032786      -0.000768954
   86 C                0.001757401       0.006935462      -0.004993392
   87 C               -0.005808888       0.000185041      -0.002962317
   88 C                0.002958649       0.004152807      -0.006743447
   89 C                0.005352550      -0.001706397       0.005726428
   90 C                0.005520849      -0.003380593       0.003985870
   91 C                0.008482349      -0.001749230      -0.003357409
   92 C                0.005979516       0.000961626      -0.002193812
   93 C               -0.002139284      -0.005479199       0.004081561
   94 C               -0.003901767      -0.003398556       0.002600432
   95 C               -0.006095100      -0.001334953       0.002766336
   96 C               -0.001024331       0.001435271      -0.006141130
   97 C               -0.004967831       0.000501728      -0.003909792
   98 C                0.001198197       0.002417475      -0.005149160
   99 C                0.001090696      -0.004013697       0.004902713
  100 C                0.005209837      -0.003261439       0.002043667
  101 C                0.004528147       0.001246158       0.001090052
  102 C                0.004188245       0.000123628      -0.005102499
  103 C               -0.000059320      -0.004624772       0.004116532
  104 C               -0.004695341      -0.004934700       0.000204844
  105 C               -0.004797247      -0.004021479      -0.001610664
  106 C               -0.001670051       0.000137651      -0.006342310
  107 C               -0.005035627      -0.003152898      -0.002769798
  108 C                0.003047561      -0.000694301      -0.006302098
  109 C                0.004491726      -0.004349504       0.000696902
  110 C                0.005431701      -0.004760157      -0.001915534
  111 C                0.004559056      -0.002160589      -0.002196489
  112 C                0.000267997      -0.006616210       0.000091453
  113 C               -0.001542355      -0.005836757      -0.000423453
  114 C               -0.002454452      -0.002293125      -0.005745793
  115 C               -0.002105154      -0.003293612      -0.004536355
  116 C                0.002448460      -0.002171040      -0.005156923
  117 C                0.001501369      -0.006346076      -0.000242549
  118 C                0.001989125      -0.003986413      -0.005224096
  119 C               -0.000979214      -0.006136531      -0.002722408
  120 C                0.000976288      -0.005416426      -0.002546446
Теперь, когда мы все знаем какой вы серьезный собеседник, убедительно прошу впредь обосновывать Выши нападки на другие программы и PC GAMESS в частности.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пт авг 17, 2007 3:36 pm

Yu/2 писал(а):
Yurii писал(а):Попробуйте посчитать димер C120, состоящий из 2-х "шариков" C60 (rhf/6-31g). Для gaussin под EM64t - это семечки, для PC GAMESS - полет на другую планету.
Yurii, вот для этой геометрии (симметрия C1)

Код: Выделить всё

 C       6.0          -3.13915838    0.33980582    0.00000000
 C       6.0          -1.67526938    0.33980582    0.00000000
........................
........................
 C       6.0          -2.19152440   -8.64611141   -9.75719012
 C       6.0          -0.72763140   -8.64608541   -9.75722212
мне PC GAMESS посчитал градиент в предложенном вами базисе (всего 1080 декартовых базисных функций) методом RHF. Использовался _один_ компьютер. Вот градиент:

Код: Выделить всё

      ATOM                 E'X               E'Y               E'Z 
    1 C               -0.001183014      -0.002393480       0.005152924
    2 C                0.001017538      -0.001457191       0.006136830
..........................
..........................
  119 C               -0.000979214      -0.006136531      -0.002722408
  120 C                0.000976288      -0.005416426      -0.002546446
Теперь, когда мы все знаем какой вы серьезный собеседник, убедительно прошу впредь обосновывать Выши нападки на другие программы и PC GAMESS в частности.
Не я затеял это сравнение. Я ни на кого не нападаю. Мое сообщение было адресовано исключительно пользователям GAUSSIN.
Теперь по поводу Вашего теста. Я не говорил, что C120 нельзя считать на одно компе для gamess. Я сравнил такой расчет с полетом на другую планету. Посмотрите, сколько дисковой памяти "сожрал" Ваш расчет только при расчете градиента, а вместе с тем, сколько времени!!!
Вас надо если не орденом, то медалью точно наградить за Ваше безумие.
У меня разговор шел об оптимизации C120 на одном компе (для GAUSSIN под EM64T, повторяю, именно оптимзация - это семечки). Вы попробуйте оптимизировать, а не считать только градиент. Тогда Вас можно смело занести в книгу рекордов Гинесса.

eukar

Сообщение eukar » Пт авг 17, 2007 3:40 pm

ну вы уточнили бы, что такое "семечки" и что такое "полет на другую планету".
Может это минута или две.
Час или два.
Сутки или двое.
Или (а вдруг?) минута и двое суток.

И вам бы сразу стало легче общаться.

Потому что или бы все сказали "ух ты!" или "а вот здесь-то мы вас, батенька, поправим".

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пт авг 17, 2007 3:55 pm

Yurii писал(а): Не я затеял это сравнение. Я ни на кого не нападаю. Мое сообщение было адресовано исключительно пользователям GAUSSIN.
Теперь по поводу Вашего теста. Я не говорил, что C120 нельзя считать на одно компе для gamess. Я сравнил такой расчет с полетом на другую планету. Посмотрите, сколько дисковой памяти "сожрал" Ваш расчет только при расчете градиента, а вместе с тем, сколько времени!!!
Вас надо если не орденом, то медалью точно наградить за Ваше безумие.
У меня разговор шел об оптимизации C120 на одном компе (для GAUSSIN под EM64T, повторяю, именно оптимзация - это семечки). Вы попробуйте оптимизировать, а не считать только градиент. Тогда Вас можно смело занести в книгу рекордов Гинесса.
Похоже Вы не понимаете, что расчет градиента это уже доказательство возможности оптимизации.

Я считал с DIRSCF=.T., это во-первых. Во-вторых, если ли бы я и использовал диск, то размеры файлов меня бы устроили. Помилуйте, куда же мне еще девать все дисковое пространство, солить в бочки чтоли?

И давайте Вы не будете меня уверять что Gaussian использует дискового пространства меньше чем PC GAMESS. Количество двухэлектронных интегралов то же самое для обеих программ. Чудес не бывает, либо вы их храните на диске, либо перевычисляете.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пт авг 17, 2007 4:21 pm

eukar писал(а):ну вы уточнили бы, что такое "семечки" и что такое "полет на другую планету".
Может это минута или две.
Час или два.
Сутки или двое.
Или (а вдруг?) минута и двое суток.

И вам бы сразу стало легче общаться.

Потому что или бы все сказали "ух ты!" или "а вот здесь-то мы вас, батенька, поправим".
Вот входной файл (замечу, что расчет ведется даже не для rhf а для b3lyp!!!):
----------------------------------------------------------
%Chk=Untitled-2.chk

#P b3lyp/6-31g
Opt=gdiis
Test
pop=minimal

Untitled-2

0 1
C 0 3.124786 1.174054 2.977444
C 0 -3.124786 -1.174054 -2.977444
C 0 3.124786 1.174054 -2.977444
C 0 3.124786 -1.174054 -2.977444
C 0 -3.124786 1.174054 -2.977444
C 0 3.124786 -1.174054 2.977444
C 0 -3.124786 1.174054 2.977444
C 0 -3.124786 -1.174054 2.977444
C 0 1.950437 0.743150 2.256450
C 0 -1.950437 -0.743150 -2.256450
C 0 1.950437 0.743150 -2.256450
C 0 1.950437 -0.743150 -2.256450
C 0 -1.950437 0.743150 -2.256450
C 0 1.950437 -0.743150 2.256450
C 0 -1.950437 0.743150 2.256450
C 0 -1.950437 -0.743150 2.256450
C 0 3.847970 0.000000 3.426391
C 0 -3.847970 0.000000 -3.426391
C 0 3.847970 0.000000 -3.426391
C 0 -3.847970 0.000000 3.426391
C 0 3.818847 2.295323 2.576118
C 0 -3.818847 -2.295323 -2.576118
C 0 3.818847 2.295323 -2.576118
C 0 3.818847 -2.295323 -2.576118
C 0 -3.818847 2.295323 -2.576118
C 0 3.818847 -2.295323 2.576118
C 0 -3.818847 2.295323 2.576118
C 0 -3.818847 -2.295323 2.576118
C 0 5.270619 2.292759 2.584670
C 0 -5.270619 -2.292759 -2.584670
C 0 5.270619 2.292759 -2.584670
C 0 5.270619 -2.292759 -2.584670
C 0 -5.270619 2.292759 -2.584670
C 0 5.270619 -2.292759 2.584670
C 0 -5.270619 2.292759 2.584670
C 0 -5.270619 -2.292759 2.584670
C 0 5.725289 3.021069 1.413599
C 0 -5.725289 -3.021069 -1.413599
C 0 5.725289 3.021069 -1.413599
C 0 5.725289 -3.021069 -1.413599
C 0 -5.725289 3.021069 -1.413599
C 0 5.725289 -3.021069 1.413599
C 0 -5.725289 3.021069 1.413599
C 0 -5.725289 -3.021069 1.413599
C 0 4.553179 3.472298 0.686557
C 0 -4.553179 -3.472298 -0.686557
C 0 4.553179 3.472298 -0.686557
C 0 4.553179 -3.472298 -0.686557
C 0 -4.553179 3.472298 -0.686557
C 0 4.553179 -3.472298 0.686557
C 0 -4.553179 3.472298 0.686557
C 0 -4.553179 -3.472298 0.686557
C 0 3.377792 3.019439 1.412325
C 0 -3.377792 -3.019439 -1.412325
C 0 3.377792 3.019439 -1.412325
C 0 3.377792 -3.019439 -1.412325
C 0 -3.377792 3.019439 -1.412325
C 0 3.377792 -3.019439 1.412325
C 0 -3.377792 3.019439 1.412325
C 0 -3.377792 -3.019439 1.412325
C 0 1.516127 1.443380 1.174971
C 0 -1.516127 -1.443380 -1.174971
C 0 1.516127 1.443380 -1.174971
C 0 1.516127 -1.443380 -1.174971
C 0 -1.516127 1.443380 -1.174971
C 0 1.516127 -1.443380 1.174971
C 0 -1.516127 1.443380 1.174971
C 0 -1.516127 -1.443380 1.174971
C 0 2.263850 2.586485 0.725495
C 0 -2.263850 -2.586485 -0.725495
C 0 2.263850 2.586485 -0.725495
C 0 2.263850 -2.586485 -0.725495
C 0 -2.263850 2.586485 -0.725495
C 0 2.263850 -2.586485 0.725495
C 0 -2.263850 2.586485 0.725495
C 0 -2.263850 -2.586485 0.725495
C 0 0.789194 0.799478 0.000000
C 0 0.789194 -0.799478 0.000000
C 0 -0.789194 0.799478 0.000000
C 0 -0.789194 -0.799478 0.000000
C 0 5.221867 0.000000 3.446352
C 0 -5.221867 0.000000 -3.446352
C 0 5.221867 0.000000 -3.446352
C 0 -5.221867 0.000000 3.446352
C 0 5.953236 -1.176051 3.006591
C 0 -5.953236 1.176051 -3.006591
C 0 5.953236 -1.176051 -3.006591
C 0 5.953236 1.176051 -3.006591
C 0 -5.953236 -1.176051 -3.006591
C 0 5.953236 1.176051 3.006591
C 0 -5.953236 -1.176051 3.006591
C 0 -5.953236 1.176051 3.006591
C 0 7.127918 -0.726809 2.285625
C 0 -7.127918 0.726809 -2.285625
C 0 7.127918 -0.726809 -2.285625
C 0 7.127918 0.726809 -2.285625
C 0 -7.127918 -0.726809 -2.285625
C 0 7.127918 0.726809 2.285625
C 0 -7.127918 -0.726809 2.285625
C 0 -7.127918 0.726809 2.285625
C 0 7.557841 -1.414801 1.174438
C 0 -7.557841 1.414801 -1.174438
C 0 7.557841 -1.414801 -1.174438
C 0 7.557841 1.414801 -1.174438
C 0 -7.557841 -1.414801 -1.174438
C 0 7.557841 1.414801 1.174438
C 0 -7.557841 -1.414801 1.174438
C 0 -7.557841 1.414801 1.174438
C 0 8.005709 -0.687502 0.000000
C 0 8.005709 0.687502 0.000000
C 0 -8.005709 -0.687502 0.000000
C 0 -8.005709 0.687502 0.000000
C 0 6.837472 -2.592071 0.726225
C 0 -6.837472 2.592071 -0.726225
C 0 6.837472 -2.592071 -0.726225
C 0 6.837472 2.592071 -0.726225
C 0 -6.837472 -2.592071 -0.726225
C 0 6.837472 2.592071 0.726225
C 0 -6.837472 -2.592071 0.726225
C 0 -6.837472 2.592071 0.726225
---------------------------------------------------------------------
а вот фрагметы (начало и конец) выходного файла:
===========================================
Entering Gaussian System, Link 0=g03
Input=0_C120_b3lyp_6-31g.com
Output=0_C120_b3lyp_6-31g.log
Initial command:
/root/1/g03/l1.exe /root/1/g03/scrdir/Gau-4601.inp -scrdir=/root/1/g03/scrdir/
Default is to use a total of 2 processors:
2 via shared-memory
1 via Linda
........................................................................................
........................................................................................
это начало расчета (MaxMem еще не определено):
Leave Link 1 at Tue Aug 14 12:28:49 2007, MaxMem= 0 cpu: 0.0
(Enter /root/1/g03/l101.exe)
........................................................................................
........................................................................................
а это финал:
DEMOCRATS BUY MOST OF THE BOOKS THAT HAVE BEEN
BANNED; REPUBLICANS FORM CENSORSHIP COMMITTEES AND
READ THEM AS A GROUP.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 754 Int= 0 D2E= 0 Chk= 115 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 03 at Tue Aug 14 13:30:24 2007.

Итого: время счета 1 час 1 мин. 35 с. (напомню, это даже не rhf а b3lyp!!!, для rhf все быстрей. Я бы поставил rhf, но у меня Gaussian'а нет,- надо просить)
===========================================
Привожу также следующие данные для каждой итерации:
1 итерация:
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.021571 0.000450 NO
RMS Force 0.004938 0.000300 NO
Maximum Displacement 0.099893 0.001800 NO
RMS Displacement 0.022176 0.001200 NO

2 итерация:
Value Threshold Converged?
0.004203 0.000450 NO
0.000877 0.000300 NO
0.009835 0.001800 NO
0.002610 0.001200 NO

3 итерация:
Value Threshold Converged?
0.001158 0.000450 NO
0.000125 0.000300 YES
0.003128 0.001800 NO
0.000801 0.001200 YES

4 итерация:
Value Threshold Converged?
0.000081 0.000450 YES
0.000019 0.000300 YES
0.001646 0.001800 YES
0.000409 0.001200 YES
И это без насилованья внешней памяти!!!

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пт авг 17, 2007 4:39 pm

Yurii писал(а): 1 via Linda
Это ^^^^^^ на одном компьютере?
Yurii писал(а): Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
Это ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ что такое?

Выложите где-нибудь, пожалуйста, целиком входной и выходной файлы Gaussian-a и сформулируйте свои тезисы яснее.

Без этих условий я дальше не дискутирую с Вами.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пт авг 17, 2007 4:52 pm

Yu/2 писал(а):
Yurii писал(а): 1 via Linda
Это ^^^^^^ на одном компьютере?
Yurii писал(а): Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
Это ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ что такое?

Выложите где-нибудь, пожалуйста, целиком входной и выходной файлы Gaussian-a и сформулируйте свои тезисы яснее.

Без этих условий я дальше не дискутирую с Вами.
Я ничего в выходном файле не изменял.
Где стоят нули, там должно быть процессорное время.
Для 2-х ядер его не имеет смысла показывать (gamess показывает,-зачем?) Если Вы сомневаетесь в приведенных мною результатах, попросите кого-нибудь пропустить мой входной файл (я его специально прислал для неверующих) на gaussian'е под EM64T.

Rt19
Сообщения: 217
Зарегистрирован: Вс апр 25, 2004 1:56 pm

Сообщение Rt19 » Пн сен 10, 2007 12:35 am

В D2h я его считал (к вопросу о фуллерене). Считал в UHF и полуэмпирике, поскольку целью была проверка опубликованных результатов, полученных на самописном коде.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пн сен 10, 2007 8:27 am

Rt19 писал(а):В D2h я его считал (к вопросу о фуллерене). Считал в UHF и полуэмпирике, поскольку целью была проверка опубликованных результатов, полученных на самописном коде.
C60 обладает более высокой симметрией. Интересно, присутствует ли она в новых версиях pc gamess.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн сен 10, 2007 9:52 am

Юрий, давайте Вы наконец просто признаете, что не умеете работать с gamess'ом? Такое количество ляпов в ваших "сравнениях" не столько даже задевает сам gamess, сколько характеризует Вас как пользователя gaussian. А чтобы не було двусмысленностей, скажу, что Вы и есть та самая домохозяйка, свято уверенная что познали истину и получили в руки волшебный артефакт.
Все нормальные исследователи не делают из программы культа. Я тоже использовал большое число пакетов, в том числе и gaussian и признаю, что у него есть очень нужные особенности (касающиеся расчёта ангармонических силовых полей и метода admp), которые в других доступных пакетах реализованы хуже.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пн сен 10, 2007 10:31 am

Nord писал(а):Юрий, давайте Вы наконец просто признаете, что не умеете работать с gamess'ом? Такое количество ляпов в ваших "сравнениях" не столько даже задевает сам gamess, сколько характеризует Вас как пользователя gaussian. А чтобы не було двусмысленностей, скажу, что Вы и есть та самая домохозяйка, свято уверенная что познали истину и получили в руки волшебный артефакт.
Все нормальные исследователи не делают из программы культа. Я тоже использовал большое число пакетов, в том числе и gaussian и признаю, что у него есть очень нужные особенности (касающиеся расчёта ангармонических силовых полей и метода admp), которые в других доступных пакетах реализованы хуже.
Не надо путать божий дар с яичницей. Rt19 написал, что C60 он считал с симметрией D2h. Я ответил, что c60 обладает более высокой симметрией, с которой недавно gamess и pc gamess не умели работать. Я и спросил, научился ли работать pc gamess с ней сейчас. Надо и отвечать на тот вопрос, который я задал, а не увиливать.
Отвечаю также на ту часть Вашего вопроса, которая более или менее носит осмысленный характер: я уже писал, что с разрешения Шмидта я работал с gamess'ом на уровне кода (полуэмпирика в gaussian написана плохо). Чего я добился, написано на моей странице.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн сен 10, 2007 10:37 am

Юрий, еще раз повторяю ВЫ НЕ УМЕЕТЕ работать с gamess'ом. Точка.
Список Ваших ляпов:
1. Вы не знали, что по-умолчанию gamess работает с дисковым вариантом scf. И о том, что "прямой" вариант надо активировать явно
2. Вы не в курсе, что для rhf gamess умеет использовать симметрию вплоть до Oh. Понизить симметрию имеет смысл в том случае, если дальше будет выполнен, например, расчёт методом MP2, потому что интегральное преобразование работает только с абелевыми группами - подгуппами D2h.

Посему уровень Ваших "наездов" остается весьма и весьма сомнительным, причём дискредитируя и Вас как тестера и gaussian как тестируемую программу.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пн сен 10, 2007 10:55 am

Nord писал(а):Юрий, еще раз повторяю ВЫ НЕ УМЕЕТЕ работать с gamess'ом. Точка.
Список Ваших ляпов:
1. Вы не знали, что по-умолчанию gamess работает с дисковым вариантом scf. И о том, что "прямой" вариант надо активировать явно
2. Вы не в курсе, что для rhf gamess умеет использовать симметрию вплоть до Oh. Понизить симметрию имеет смысл в том случае, если дальше будет выполнен, например, расчёт методом MP2, потому что интегральное преобразование работает только с абелевыми группами - подгуппами D2h.

Посему уровень Ваших "наездов" остается весьма и весьма сомнительным, причём дискредитируя и Вас как тестера и gaussian как тестируемую программу.
В данном ответе нет вообще смысла. Т.е. смысл есть, но нечто весьма ..., как пел Высоцкий. C60 обладает симметрией Ih, которую позвляет использовать gaussian, но этой симметрии нет в gamess и pc gamess. Я и спросил - вдруг произошло чудо и она там появилась.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн сен 10, 2007 11:01 am

Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн сен 10, 2007 11:12 am

Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Бесполезно, он не знает что такое Абелева группа.

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Сообщение alxyppv » Пн сен 10, 2007 11:13 am

Гауссина действительно поддерживает группу Ih - но с хорошим базисом лучше плотность на каждой итерации ССП симметризовать, а то расходиться начинает... (кстати в мануале Гауссиан я не нашел информации о поддерживаемых группах - наверное плохо искал :) А в гамесс С60 можно в Th считать. Не сильно хуже чем Ih.
А.П.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пн сен 10, 2007 11:14 am

Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Сегодня выложу расчет C60 в exchange.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн сен 10, 2007 11:16 am

Yurii писал(а):
Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Сегодня выложу расчет C60 в exchange.
Не надо ничего считать. Просто укажите место в документации.
А то знаю я этот gaussian: симметрию-то он распознает, а вот считать будет в D2h.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 18 гостей