Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[amge]

На известном сайте нечто подобное используется для визуализации элементов симметрии. Т.е., видимо, это можно сделать с помощью jmol-скриптов.

[Vit Nhoc]

Подскажите, можно ли в ChemCraft делать подобные картинки. Если можно, то подскажите как, пожалуйста. Или посоветуйте програмку. Думал, что в Mercury можно, но не нашел, как это сделать.
Думаю, если в ChemCraft нет такой возможности, то не плохо было бы ее реализовать.

Попробуйте к вашей молекуле добавить плоскости с заданными координатами через "Edit/Add custom vectors and planes".
Чтобы рассчитать координаты точек этих плоскостей, может быть вам придётся немного попрограммировать; я могу сделать расчёт координат, например, через координаты атомов, но может не стоит совсем уж лишать химиков возможности заниматься каким-то творчеством?

[Vit Nhoc]

В предыдущей версии обнаружился баг с опцией "Set point group". Исправленная версия:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 55_win.exe

Ещё здесь улучшена работа с cif-файлами - можно выбрать произвольные границы ячеек кристалла для его визуализации. Сделано похоже на то, что есть в Mercury, но вроде ещё немного удобнее.

[YuraM]

Thank you for your very useful program!
Could I ask you what "connectivity" algorithm do you use to set up the bonds? Is it described somewhere? What is the most reliable algorithm in your opinion? If this is not a secret of course. For my purposes I use the one which is described in babel paper, but sometimes it fails especially when it comes to transition metal complexes.
Thank you!

[Vit Nhoc]

Почему не по русски?
Алгоритм смотрит межъядерные расстояния, если они достаточно малы - рисуется связь. Потом отбрасывается часть связей, которые друг с другом дают слишком малый валентный угол (меньше 60 градусов).

[YuraM]

Spasibo bolshoe!
I do not have the Russian keyboard at hand.

[Cherep]

в полной форме ответа есть кнопочка "транслит".
пишите абракадабру, потом выделяете, давите по кнопке траслит и всё выделенное помещается в этот тэг.

[alexp51]

Всех коллег с Новым Годом!!! Скажите пожалуйста как создать видео оптимизации молекулы для вставки в презентацию (можно в виде GIF). Можно так как на сайте http://chemcraftprog.com/gallery.html . Пример № 17. Если можно пошаговые действия. Спасибо.

[alexp51]

Забыл добавить - визуализировать оптимизацию после расчетов по Firefly (PC GAMESS)

[Гесс]

визуализировать оптимизацию

ИМХО это весьма бессмысленная задача, и даже если ее реализовать - видео будет некрасивым.
Я бы рекомендовал визуализировать либо IRC траектории, либо сканирования.

[Vit Nhoc]

Всех коллег с Новым Годом!!! Скажите пожалуйста как создать видео оптимизации молекулы для вставки в презентацию (можно в виде GIF). Можно так как на сайте http://chemcraftprog.com/gallery.html . Пример № 17. Если можно пошаговые действия. Спасибо.

Tools/Create animation/Custom animation, далее поочередно кликаете на шаги оптимизации вашего файла, и в окне справа нажимаете Add.

[alexp51]

Спасибо большое! С наступившим! А анимацию как на вашем сайте как можно сделать подскажите пожалуйста? Там где полностью всё окно Chemcraft видно? Так как в Примере № 17

[Vit Nhoc]

Спасибо большое! С наступившим! А анимацию как на вашем сайте как можно сделать подскажите пожалуйста? Там где полностью всё окно Chemcraft видно? Так как в Примере № 17

Для этой анимации я сгенерировал несколько готовых jpg-файлов (через PrtScr), далее запустил Chemcraft и выбрал Tools/Create animation/Build...

[alexp51]

Просто и гениально! Спасибо большое!

[alexp51]

визуализировать оптимизацию

ИМХО это весьма бессмысленная задача, и даже если ее реализовать - видео будет некрасивым.
Я бы рекомендовал визуализировать либо IRC траектории, либо сканирования.

Очень даже смысленная если надо на отчете показать сложную структуру со всех сторон. Рекламные ходы никто не отменял. А за совет - спасибо большое. Буду пробовать и эти варианты.

[chai]

Пять лет пользуюсь этой программой. За это время вышло 1 обновление под линукс... Очень страдаю по этому поводу.
Про то, как выглядят окна я лучше промолчу, но в KDE4 совсем сломался буфер обмена, и это очень расстраивает.

[Vit Nhoc]

Пять лет пользуюсь этой программой. За это время вышло 1 обновление под линукс... Очень страдаю по этому поводу.
Про то, как выглядят окна я лучше промолчу, но в KDE4 совсем сломался буфер обмена, и это очень расстраивает.

Linux-версия написана на Kylix, ныне мёртвой среде разработки. Вам неудобно запускать программу через Wine?

[EvgeniX]

У меня есть лицензия на Linux, но нет на Windows
Поэтому не удобно )

[chai]

Ну вообще-то, на 64 разрядной версии линукса содержать wine не очень удобно.

И за державу обидно... Считать на линуксе получается прекрасно, а просмотровщик работает на последнем издыхании.

[ Post made via Android ]

[chai]

Говорят(с), lazarus ещё может собирать делфи под линукс. Если хотите, можем попробовать с этим помочь.

[ Post made via Android ]