ChemCraft. Z-matrix

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

ChemCraft. Z-matrix

Сообщение Гесс » Ср фев 15, 2012 11:33 pm

Доброе время суток.
Помогите, пожалуста, с проблемой:
Необходимо получить Z-matrix-координаты молекулы. Молекулу могу забивать атом за атомом с указанием параметров (впринципе имею и геометрию в декартовых координатах, но для дальнейшей работы она не подходит). Делаю это с равным успехом в ChemCraft (триал 1.6) или в Molecule (1.3.3d4). Проблема в том что в обоих случаях не вижу сохранения или экспорта Z-матрицы. Tools / Build Z-matrix в Кемкрафте дает непонятно что.
Желаемый вид:
XX 0.00000 0.00000 0.00000 0 0 0
XX 1.00000 0.00000 0.00000 1 0 0
XX 1.00000 90.00000 0.00000 1 2 0
XX 1.19720 90.00000 -90.00000 1 2 3
и.т.д. Можно с дополнительной информацией, все равно будет дорабатываться напильником.
Заранее спасибо за ответ на глупый вопрос. Гуглеж и чтение кемкрафтовского мануала не помогли.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: ChemCraft. Z-matrix

Сообщение sanya1024 » Чт фев 16, 2012 12:29 am

Кемкрафтовский мануал читать бесполезно. Открываем ChemCraft, загружаем декартовы координаты молекулы. Затем Tools->Build Z-matrix. Выбираем желаемый формат (не страшно если промахнетесь с форматом -- столбцы всегда можно переставить). И тыкаем по очереди мышкой в атомы. Сначала в атом, к-рый желаете назначить первым, потом во второй и снова в первый (обозначаем связь 2-1), жмем OK, потом в третий, потом в первый или второй (смотря какую связь хотите задать, 3-1 или 3-2), жмем OK, и в оставшийся (задаем угол 3-2-1 или 3-1-2, соответственно), и снова жмем OK. Потом в четвертый... ну и т.д. Нажав кнопку Show, можем увидеть результат. Нажав в окошке с результатом Copy, получаем готовую Z-матрицу.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ChemCraft. Z-matrix

Сообщение Гесс » Чт фев 16, 2012 12:43 am

Спасибо большое. Криворукость подвела. Делал все то же самое, но постоянно отмечал не z-matrix а New parameter. В результате в Show был бред. Теперь все ок.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей