Как сделать чтобы докинг заработал (исследование всей поверхности белка).

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Как сделать чтобы докинг заработал (исследование всей поверхности белка).

Сообщение dmitriys » Чт сен 22, 2022 7:18 am

Здравствуйте!
Сейчас столкнулся с такой проблемой.
Докинг не работает так, как нужно.
Пример. Сайт связывания известен, кидаю в конфиг его координаты, ставлю ящик на 30-40 А. Все хорошо, садится туда, куда надо.
Теперь другое соединение. Кидаю его туда-же, где сайт связывания, провожу оптимизацию в молмехе (это повторяет методику из статьи).
Сдвигается на 5 А. Если поставить координаты центра как старые (сайт связывания) или новые (сдвинутые на 5 А) -- садится туда, куда ему скажешь.
Мне нужно определить сайт связывания, а не тыкаться. Соответственно, нужно иметь возможность просканировать всю поверхность белка.
Докинг провожу в Autodock VINA. Возможно в другой программе это можно сделать? Пусть это будет работать дольше, но качественно.

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Как сделать чтобы докинг заработал (исследование всей поверхности белка).

Сообщение dmitriys » Чт сен 22, 2022 9:01 am

Сейчас задал ящик 50 А и он сел туда куда надо. Вопрос снимается. Но как все-таки исследуется вся поверхность белка?

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Как сделать чтобы докинг заработал (исследование всей поверхности белка).

Сообщение Ahha » Чт сен 22, 2022 4:30 pm

По первому посту ничего не понял, всё запутано: то сайт связывания известен, то его надо определить. :dontknow:

По второму: google blind docking :235:
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей