Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Вс янв 12, 2020 2:05 pm

Подскажите пожалуйста, какие функционал и базис лучше подходят для рассчёта d-элементов? Хочу посчитать геометрию в газовай фазе для аниона с кадмием и иодом.
Недавно установил GAMESS на домашнем компьютере. Пока только начинаю осваиваться.
Заранее спасибо!

YuraM
Сообщения: 429
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение YuraM » Вс янв 12, 2020 5:48 pm

It depends on your computer resources of course. As you mentioned anion, then - diffuse functions are a must. Aug-cc-pVTZ? Diffuse augmented def2 basis sets? Please check for these basis sets the ORCA manual. Or have a look here: https://cosmologic-services.de/basis-sets/basissets.php

With respect to the functional, it is hard to say. Perhaps, B3LYP-D3 or PBE0-D3, or PBE-D3.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Пн янв 13, 2020 1:14 am

YuraM писал(а):
Вс янв 12, 2020 5:48 pm
It depends on your computer resources of course. As you mentioned anion, then - diffuse functions are a must. Aug-cc-pVTZ? Diffuse augmented def2 basis sets? Please check for these basis sets the ORCA manual. Or have a look here: https://cosmologic-services.de/basis-sets/basissets.php

With respect to the functional, it is hard to say. Perhaps, B3LYP-D3 or PBE0-D3, or PBE-D3.
Спасибо за быстрый ответ! Пойду изучать.

Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Вт янв 21, 2020 12:31 am

YuraM писал(а):
Вс янв 12, 2020 5:48 pm
It depends on your computer resources of course. As you mentioned anion, then - diffuse functions are a must. Aug-cc-pVTZ? Diffuse augmented def2 basis sets? Please check for these basis sets the ORCA manual. Or have a look here: https://cosmologic-services.de/basis-sets/basissets.php

With respect to the functional, it is hard to say. Perhaps, B3LYP-D3 or PBE0-D3, or PBE-D3.
Здравствуйте, ещё раз! Вы мне не поможете? Пытаюсь запустить расчёт с внешним базисом, но появляется ошибка
$BASIS EXTFIL=.TRUE. GBASIS=DEF2-TZVP $END
X
Cd2I6.log
def2-tzvp.log
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11744
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Гесс » Вт янв 21, 2020 12:57 am

Поверхам зная гамесс - наверняка чтото тупое. Уберите из названия файла и его обозначения тире. DEF2TZVP

файл с базисом должен называться EXTFILE.txt и не должен начинаться с описания BSE или блока $DATA

см http://verahill.blogspot.com/2018/06/65 ... ernal.html

Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Пт янв 24, 2020 7:07 pm

Гесс писал(а):
Вт янв 21, 2020 12:57 am
Поверхам зная гамесс - наверняка чтото тупое. Уберите из названия файла и его обозначения тире. DEF2TZVP

файл с базисом должен называться EXTFILE.txt и не должен начинаться с описания BSE или блока $DATA

см http://verahill.blogspot.com/2018/06/65 ... ernal.html
Спасибо вам большое! Удалось создать внешний базис и расчёты запустились, только вот новая проблема появилась SCF никак не хочет сходиться даже после 200 итераций. Вы не могли бы глянуть, посоветовать что-нибудь?
EXTFILE.txt
Cd2I6.log
Cd2I6 - вход.log
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11744
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Гесс » Пт янв 24, 2020 9:05 pm

и шансов свестись у него мало, оно осцилирует, причем дико.
Помоему мы такую систему уже обсуждали.
Вопервых для меня неочевидно что дианион синглет. Я бы проверил как себя поведет триплет.
Вовторых почему вы обязательно хотите считать это с внешним базисом - я имею в виду что есть риск что внешний базис некорректно прочитался или еще чтото, почему не попробовать сначала с уже наличными в гамессе?
Вместо B3LYP я бы взял PBE но не думаю что это само решит проблему осциляций.
Ну и наконец конвержер. В гамессе наверняка есть Ньютон-Рафсон, вот его и пользовать

endlesslake
Сообщения: 167
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение endlesslake » Пт янв 24, 2020 11:55 pm

мне вот интересно, как можно было ухитриться сделать координаты с запятыми в качестве десятичного разделителя.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11744
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Гесс » Сб янв 25, 2020 12:32 am

Гы, это я не посмотрел. То есть там тысячи ангстремов между атомами?

Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Вс янв 26, 2020 2:49 am

endlesslake писал(а):
Пт янв 24, 2020 11:55 pm
мне вот интересно, как можно было ухитриться сделать координаты с запятыми в качестве десятичного разделителя.
Это мне Авогадро так сделал) Собирал в нём некую рыбу, а потом дорабатывал. Спасибо, за ваше замечание) Мне бы и в голову не пришло. Сменил запятые на точки и разница на лицо, вместо итерации за несколько секунд - итерация за несколько минут. Насчёт схождения пока не знаю, это уже завтра будет известно.

Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Вс янв 26, 2020 3:01 am

Гесс писал(а):
Пт янв 24, 2020 9:05 pm
и шансов свестись у него мало, оно осцилирует, причем дико.
Помоему мы такую систему уже обсуждали.
Вопервых для меня неочевидно что дианион синглет. Я бы проверил как себя поведет триплет.
Вовторых почему вы обязательно хотите считать это с внешним базисом - я имею в виду что есть риск что внешний базис некорректно прочитался или еще чтото, почему не попробовать сначала с уже наличными в гамессе?
Вместо B3LYP я бы взял PBE но не думаю что это само решит проблему осциляций.
Ну и наконец конвержер. В гамессе наверняка есть Ньютон-Рафсон, вот его и пользовать
Да, о триплете я не подумал - попробую, спасибо.

Внешний базис беру потому что в GAMESS, как я понял из документации, нет встроенных базисов на кадмий и йод для def2 и aug-cc, которые мне советовали выше.

Спасибо за ваши советы, буду всё это пробовать, потом отпишусь.

Аватара пользователя
Fr франций
Сообщения: 35
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2017 5:37 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение Fr франций » Вт янв 28, 2020 2:12 am

Всё равно SCF не сходится, что для синглета, что для триплета. Вот к примеру.
Cd2I6.log
И как я понял метод Ньютона-Рафсона в GAMESS реализован только для MCSCF, поправьте если не прав.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

endlesslake
Сообщения: 167
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение endlesslake » Вт янв 28, 2020 4:02 am

судя по логу, у вас псевдопотенциал не используется. Не знаю, правда, как его считать из внешнего файла в GAMESS и, вообще, возможно ли это.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1783
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение amge » Вт янв 28, 2020 8:42 am

По моему, использовать полноэлектронный базис для соединения кадмия и иода без релятивизма - неправильно. Тогда уж нужен базис с ЕСР - там релятивизм в каком-то виде учтен, либо честно считать в рамках релятивистской теории.

А почему гамесс? Это медлительная и капризная программа, но имеющая некоторые уникальные фичи. И если такие фичи не нужны (например, посчитать геометрию в газовой фазе), то проще использовать другую программу (ORCA, Природа, гауссиан в конце-концов, ...).

endlesslake
Сообщения: 167
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение endlesslake » Вт янв 28, 2020 4:20 pm

пока там даже хуже, базис не полноэлектронный, но псевдопотенциал не используется, скорее всего из-за неправильного инпута. Откуда и проблемы со сходимостью.

и да, это 100% синглет.

YuraM
Сообщения: 429
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Функционал и базис для d-элементов в GAMESS

Сообщение YuraM » Вт янв 28, 2020 5:31 pm

М.б. это очевидно, но мой опыт указывает на то, что помимо того, что квантовая химия сам по себе очень сложный для понимания предмет, даже рутиное использование квантовохимических пакетов предполагает знание можество "болтиков" - опций, которые необходимо знать и понимать. Это понимание дается только при долгой работе в группах по квантовой химии, где множество таких pitfalls доступно объясняется. На это уходят годы, но оно того стоит. На самом деле - такие штуки как здесь - это еще не самый худший вариант, так как в отсутсвии псевдопотенциала программа не смогла что-то посчитать, SCF там не сошлось или что-то такое. А могло бы и сойтись. И результаты могли бы быть опубликованы. И хорошо, если это проверят рецензенты, а если нет? М.б. топико-стартеру в рамках какой-нибудь коллаборации поработать в группе, где квантовой химией соединений d-элементов занимаются давно и могут объяснить все особенности? А вообще - AMGE прав по-поводу Gamess на 100%. Я сам им считал лет 15 назад, и штука достаточно нестандартная. ORCA / PRIRODA - по моему, вполне достойная и более легкая в использовании альтернатива.
Кто смел тот и съел

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей