Обсуждение потенциальных нововведений

[Cherep]

так, вводим правило, что поиск теперь только по сгенерированным smiles, inchi и тд? перерисовывать структуры ни кого не достало?

[suprachemister]

поиск теперь только по сгенерированным smiles, inchi и тд?

это хорошо или чтобы прикрепляли SD (.sdf) файл структурной формулы вместо картинки структуры (для поиска как реагент, продукт, катализатор)
SD (.sdf) файл только для базы reaxys (для scifinder не подходит)
SD (.sdf) файл не подходит для запроса реакции (реагент-->продукт)

[Cherep]

хм. а скафандер инчи, смайлсы переваривает?

[Marxist]

SD (.sdf) файл не подходит для запроса реакции (реагент-->продукт)

Для этого, соответственно, RDF.

[chemist-s]

Для этого, соответственно, RDF.

+!

[Marxist]

Вот, кстати, есть веб-интерфейсы к бабелю, и кое-где можно даже непосредственно рисовать. Для одиночных структур можно сразу делать обязательным.
http://wwmm-svc.ch.cam.ac.uk/wwmm/html/observer.html -- тут можно рисовать
http://sourceforge.net/projects/webbabel/ -- это можно куда-нибудь залить, благо лицензия позволяет
http://vcclab.org/lab/babel/start.html -- это просто дружественный нам проект.

[SkydiVAR]

... перерисовывать структуры ни кого не достало?

Да нет, нормально, как по мне... Вот структуры в .rtf-файлах слегка напрягают, но запрещать их я бы, пожалуй не стал. Максимум - не рекомендовать... Поелику не один ли фиг - вставить структуру в вордовый файл или прямо в сообщение, а мне проще. А вот как вставлять смайлы в SF - я просто не знаю.

[Marxist]

А вот как вставлять смайлы в SF - я просто не знаю.

А там что, кроме рисовалки, никаких способов ввода нет? Интересно просто, ни разу не пользовался.

Я бы предложил добавить к списку разрешённых расширений для вложений основные молекулярные форматы -- .sdf, .smi, .mol, .mol2, .pdb, .xyz, .cdx (?). Прорекламировать опенбабель лишний раз не помешает тоже. А вставку структур в вордовом файле надо выжигать калёным железом, ибо хочется иногда схему в органике глянуть -- а она так открывается, что вообще лучше бы не открывалась. Вдвойне плохо, если человек пытается таким образом что-то проиллюстрировать. Надо же, в конце концов, соответствовать современному стандарту и уважать собеседников; неужели картинку сделать сложнее, чем вставить в ворд? Стрельба по воробьям из пушки.

[SkydiVAR]

А вот как вставлять смайлы в SF - я просто не знаю.

А там что, кроме рисовалки, никаких способов ввода нет? Интересно просто, ни разу не пользовался.

По структуре, мол. формуле, названию или CAS - знаю как искать. А полей для ввода смайлов просто не нашел. Встроенный редактор формул позволяет открывать .mol, .str и .sxf файлы. Остальные - фигушки. Так что, либо .mol (если уж начнем всё остальное запрещать) И структуру, либо только структуру. Смайлы - факультативно либо если просят только Реаксис. ПМСМ.

[suprachemister]

Для этого, соответственно, RDF.

RD(.rdf) файлы в функции Batch Quering Reaxys не поддерживаются(все вопросы к разработчикам Reaxys)
Что касается поиска отдельного вещества, а не фрагмента структуры, то функция Locate в SF определяет структуру из разнообразного количества
торговых, альтернативных тривиальных названий, IUPAC name, СAS номерa

[Любитель_Манниха]

Гм, странно, что скафандер не понимает SMILES
Я хоть и не ИЗ, но предлагаю разрешить аттачить MOL-формат, т.к. его все понимают.

[Chem_DM]

У товарищи, вы тут такое обсуждаете. Да хоть как нибудь бы рисовали, есть не один пример когда написано не совсем то что должно быть нарисовано.
А вообще потенциальные нововведения так ничего.
Без структурные запросы просьба закрывать и отправлять читать правила.

[nikkochem]

Здравствуйте люди добрые! Так в чем запрос то делать ? В чем формулу рисовать? Вы уж определитесь пожалуйста. Я вот по старинке ISISDRAW пользуюсь, но вот она по многим параметрам меня не устраивает. Во первых назвать она может (да и то не всегда верно) а уж формулу по названию воспроизвести - это нет. Вот и думаю, что поставить, чтоб и называла и формулы по названию строила и считала молекулярную массу и элементный состав и брутто формулу и запрос требованиям Reaxsys соответствовал. Может что посоветуете?

[Marxist]

Reaxys использует MarvinSketch

[FOX-7]

Я вот по старинке ISISDRAW пользуюсь,.... Может что посоветуете?

ACD-Labs тогда ставь, она все это делает. ISIS еще с 64 б - совсе не дружит.

[Alex Muratoff]

Я бы предложил добавить к списку разрешённых расширений для вложений основные молекулярные форматы -- .sdf, .smi, .mol, .mol2, .pdb, .xyz, .cdx (?).

А почему бы и нет! Я поддерживаю. Думаю удобство в этом будет неоспоримое.

[chemist-s]

Ну, тогда уж и rdf для комплекта

[Cherep]

.doc (и .pdf в этом контексте!я бы вообще запретил
всё зависит от пожелания источников знаний -- не в лом ли структуры перерисовывать?

[SkydiVAR]

Ну, тогда уж и rdf для комплекта

Коллеги, речь не идет о перечислении ВСЕХ возможных форматов. Напротив, предлагается выбрать ОДИН (максимум - 2-3) формат, в котором будут делаться запросы в разделе. Файлы такого формата должны: 1) создаваться всеми существующими структурными редакторами; и 2) читаться всеми базами данных. Насколько я понимаю, .mol - практически единственный такой формат. Предлагаю принять его за стандарт. Остальные форматы допускать в стандарт после проверки совместимости. Разрешить дополнительно вставлять в сообщение структуру в файле формата .jpg или .png. Запретить (соглашусь с коллегой Cherepом) вставку структур в форматах текстовых редакторов и в .pdf. Смайлы и инчи (кстати - что за зверь?) - тоже только дополнительно к основному файлу базового формата.
Нет возражений?

[chemist-s]

Конечно mol-формат самый универсальный, его-то и надо бы использовать в качестве формата запросов. А вот в качестве универсального формата результатов поиска хорошо бы подошел rdf, его выдают Reaxys и SciFinder. Ну и/или pdf, если запрашивающий попросит.