Исследования токсичности in silico

Вопросы, связанные с химией вообще. Вы можете задать здесь свой вопрос, и мы постараемся на него ответить.
General chemical questions go here
Ответить
Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 828
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Исследования токсичности in silico

Сообщение geizerr » Вс апр 26, 2020 10:51 pm

Добрый вечер дорогие коллеги
Возможно задам банальный вопрос, но данная ситуация поставила в тупик
Есть небезызвестный многим способ in silico исследований:

Код: Выделить всё

http://www.way2drug.com/gusar/acutoxpredict.html
Многие им пользуются, включают результаты в публикации, и наш коллектив не исключение
Но почему же для всеми известного фенола с известной токсичностью данный метод считает полную отсебятину?
www.way2drug.com_gusar_acutoxpredict_socket2.php_id=3d75df93383ffd40ee24fcbb0d774a60 - Google Chrome 27.04.2020 2_42_22.png
В то время как в любом MSDS Oral LD50 для крыс/мышей исчисляется сотнями мг, но никак не тысячами

Код: Выделить всё

https://www.unl.edu/cahoonlab/Phenol%20MSDS.pdf

Код: Выделить всё

https://hmdb.ca/system/metabolites/msds/000/000/165/original/HMDB00228.pdf?1358895259
Ведь сам метод работает за счет базы данных реальных, известных соединений?

Код: Выделить всё

 https://doi.org/10.1002/minf.201000151
Мы не до конца понимаем как работает метод? Или неправильно интерпретируем результаты?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2543
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение bigM » Вс апр 26, 2020 11:37 pm

возможно, не учитывается аминирование или ещё какие метаморфозы в ЖКТ
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
antabu
Сообщения: 3325
Зарегистрирован: Пн май 25, 2009 7:00 pm

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение antabu » Пн апр 27, 2020 5:26 am

Всё остальное правильно? для веществ из темы https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=9&t=37549
Мой Карфаген обязан быть разрушен.
Новодворская.

Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 828
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение geizerr » Пн апр 27, 2020 6:05 am

antabu писал(а):
Пн апр 27, 2020 5:26 am
Всё остальное правильно? для веществ из темы https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=9&t=37549
Ivan110 писал(а):
Пт сен 18, 2009 11:44 pm
Вроде как обычные вещества:

PROPARGYL BROMIDE LD50=0.029 mg/kg (guinea pig, oral)
SALICYLOHYDROXIMIC ACID LD50=0.6 mg/kg (rat, intraperitoneal)
THIOSEMICARBAZIDE LD50=1.0 mg/kg (mouse, intraperitoneal)
PHENYLHYDRAZINE HCI LD50=0.9 mg/kg (mouse, intravenous)
1-NAPHTHYL THIOUREA LD50=0.38 mg/kg (dog, oral)

Для сравнения синильная кислота:
LD50=3.7 mg/kg (mouse, oral)
Та же история, завышение LD50 на много порядков :dontknow:

Аватара пользователя
antabu
Сообщения: 3325
Зарегистрирован: Пн май 25, 2009 7:00 pm

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение antabu » Пн апр 27, 2020 6:35 am

Мой Карфаген обязан быть разрушен.
Новодворская.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2543
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение bigM » Пн апр 27, 2020 9:18 am

antabu писал(а):
Пн апр 27, 2020 6:35 am
http://www.jvanetsky.ru/data/text/t8/konservatoria/
:up:
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 828
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение geizerr » Пн апр 27, 2020 1:33 pm

Жванецкий это хорошо :D
Коллеги, есть ли у кого еще мысли?
Я твердо был уверен что для известных соединений GUSAR покажет известную справочную цифру :roll:

Аватара пользователя
Chem_DM
Сообщения: 7730
Зарегистрирован: Чт апр 15, 2010 9:42 pm

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение Chem_DM » Пн апр 27, 2020 1:45 pm

Ни одно соединение, из мне известных, точный LD50 не показал. Тем более в некоторых разница колосальная. После того перестал пользоватся их сервисом. Хотя студенты даже в дипломных частенько приводят их данные и сейчас.
А с авторами связывались? Их бы мнение услышать.
А я уйду из бытия, в небытиё, оно мое.

Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 828
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение geizerr » Пн апр 27, 2020 2:49 pm

Chem_DM писал(а):
Пн апр 27, 2020 1:45 pm
Ни одно соединение, из мне известных, точный LD50 не показал. Тем более в некоторых разница колосальная. После того перестал пользоватся их сервисом. Хотя студенты даже в дипломных частенько приводят их данные и сейчас.
А с авторами связывались? Их бы мнение услышать.
Ладно студенты, в публикациях научных многие вставляют ведь
Авторам пока не писал, но подумаю над этим
А если вы пользуетесь подобными сервисами, то какими?

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 11845
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение avor » Пн апр 27, 2020 7:59 pm

Не может функция активность(структура) совпадать по значению с обучающими точками. Она всегда ищет оптимальное значение что бы и непрерывность сохранить и разница с обучающими значениями в среднем была минимальна. Самый примитивный пример метод наименьших квадратов. Это раз. Ну вся эта машинерия по сходству искать свойства ничего кроме голой эмпирики под собой не имеет, поэтому в такой штуке как токсичность ошибки неизбежны.

Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 828
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение geizerr » Вт апр 28, 2020 8:10 pm

Разработчики метода ответили что это норма
Ошибка в 3 с небольшим раза это нормально, для этих моделей. Главное, что не в 10 раз. Погрешность моделей примерно в 0.5 логарифма, т.е. экспериментальное и прогнозируемое значение может расходится примерно в 5 раз и это считается приемлемым. Довольно трудно сделать глобальную QSAR модель по LD50 более точной из-за разнородности данных. Если мы сравним экспериментальные литературные данные, то там тоже для многих молекул разброс будет в несколько раз.
Вопрос можно считать закрытым

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2543
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение bigM » Ср апр 29, 2020 2:49 pm

правило 3П - рулит!
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

StYV
Сообщения: 2886
Зарегистрирован: Пн окт 24, 2005 11:43 pm

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение StYV » Чт май 07, 2020 3:55 pm

У вас в лабе нет биологов?
Зачем химикам этим зоморачиваться?
Вот у меня я единственный химик, все остальные биологи и возникает куча проблем -и придумай и сделай, а они спокойно чай попивают. Вот так и живем.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4267
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Исследования токсичности in silico

Сообщение uchebnik fiziki » Вс май 10, 2020 12:08 pm

А зачем вы пытаетесь считать токсичность настолько простых веществ? Заранее понятно, что для них прогноз будет ненадёжным. Не выдавать же табличное значение из обучающей выборки. Да и литературные значения могут различаться на порядки.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Ответить

Вернуться в «общехимические вопросы / general chemical issues»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей