Происхождение жизни на Земле

Вопросы, связанные с химией вообще. Вы можете задать здесь свой вопрос, и мы постараемся на него ответить.
General chemical questions go here
Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Ahha » Вс фев 24, 2019 6:49 pm

Polychemist писал(а):
Вс фев 24, 2019 6:25 pm
Я полагаю, Вы понимаете, что надо, чтобы найти тот нуклеозид и доказать, что он не прилетел из воздуха?
Где-то выше по теме уже звучало: автор настолько уверен в своей гипотезе, что убежден, что нуклеотиды (или нуклеозиды, спасибо хоть не нуклеАзиды!) в его эксперименте будут образовываться в таких количествах и такими темпами, которые исключат их "прилет из воздуха". Их там столько просто не летает. :)
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Гесс » Вс фев 24, 2019 6:51 pm

У автора нет четкого тз. А нуклеотиды в смеси ему могут гарантировать 2 типа исполнителей: те кто заранее планирует нуклеозиды в смесь добавлять и те кто эксперимент ставить не намерен. Во всех прочих случаях работа сведется именно к "издевательству над нефтью" (цену простейших установок уже обсудили) и анализу продуктов (фиксированная цена за образец у сторонних исполнителей. Анализы выбирает и оплачивает заказчик. Любой каприз за ваши деньги. Традиционное говноварство, только отказ от приема результата не предусмотрен. Так что хоть бы и юные химики. Я за 10 к у.е. согласен купить расчетную ноду и на ней месяц гонять абиницио молдинамику такого эксперимента (https://www.youtube.com/watch?v=WHQn03ZiqKY Кстати статья в нейче.) По окончанию срока обязуюсь отдать результат заказчику. Расчетная нода остается мне. :mrgreen:

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение chemist » Вс фев 24, 2019 10:52 pm

В общем, мартышку тыкать пальцами в клавиатуру мы научим, даже вместо печатной машинки поставим комп (не надо много писчей бумаги, да и забот с перезаправкой не станет), а Вы потом что хотите, то и делайте с этим файлом. Можете заказать исследование его на степень попадаемости в текст "Войны и мира", можете применить современные методы статистического анализа и получить много интересной информации, особенно если приложите палец в качестве источника, в общем файл этот будет представлять гораздо большую ценность, чем Вы заплатили за НИР :D
I D E A = A u

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 2083
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение ChemNavigator » Пн фев 25, 2019 9:25 pm

Гесс писал(а):
Вс фев 24, 2019 6:51 pm
Я за 10 к у.е. согласен купить расчетную ноду и на ней месяц гонять абиницио молдинамику такого эксперимента
А что, это такая дорогая программа? И если реальный эксперимент длится месяц, то программа тоже должна работать месяц, чтобы предсказать, что там образуется?

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Ahha » Пн фев 25, 2019 10:06 pm

10 к.у.е стоит (ну, грубо) железо, на котором эта программа за месяц сможет выдать вменяемый результат. Не зря же сказано, что нода (железо) остается исполнителю. :wink:
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Гесс » Пн фев 25, 2019 10:11 pm

ChemNavigator писал(а):
Пн фев 25, 2019 9:25 pm
Гесс писал(а):
Вс фев 24, 2019 6:51 pm
Я за 10 к у.е. согласен купить расчетную ноду и на ней месяц гонять абиницио молдинамику такого эксперимента
А что, это такая дорогая программа? И если реальный эксперимент длится месяц, то программа тоже должна работать месяц, чтобы предсказать, что там образуется?
Нет, месяц расчетов даст несколько пикосекунд, возможно наносекунд реального времени, в зависимости от размера системы и уровня расчетов (в первую очередь базиса, поскольку методом сильно не поиграешь). Но этого обычно достаточно чтобы получить большинство реальных продуктов. Программ способных это делать несколько, среди них есть и достаточно дешевые, да даже и Теракем в котором сделаны расчеты из показанного выше видео не так дорог как собственно само железо. За 10 К. у.е. можно приобрести вполне пристойную ноду для расчетов, ядер на 16-20, насколько я помню расценки (я не замнимаюсь закупкой железа, я пользователь, так что цены не отслеживаю). На самом деле дешевле бы было купить где то расчетное время (а некоторые суперкластеры даже дают по нескольку тысяч CPU-часов на потестить при наличии обоснованного проекта), но возникает вопрос - а в чем моя мотивация? :lol:

Sartorius84
Сообщения: 1149
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Sartorius84 » Пн фев 25, 2019 10:15 pm

Ahha писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:06 pm
10 к.у.е стоит (ну, грубо) железо, на котором эта программа за месяц сможет выдать вменяемый результат. Не зря же сказано, что нода (железо) остается исполнителю. :wink:
Почти так - https://www.exxactcorp.com/GROMACS-Cert ... SZEALw_wcB

Кстати, а "посветить ультрафиолетом" в QM/MM встроенное есть, интересно? Если нет, еще несколько килоевро на годную реализацию, отладку и тестирование фичи

Sartorius84
Сообщения: 1149
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Sartorius84 » Пн фев 25, 2019 10:17 pm

Гесс писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:11 pm
На самом деле дешевле бы было купить где то расчетное время (а некоторые суперкластеры даже дают по нескольку тысяч CPU-часов на потестить при наличии обоснованного проекта), но возникает вопрос - а в чем моя мотивация? :lol:
Сегодня как раз смотрел GPU ноды на AWS. P3 класса до 1 петафлопса от нескольких $$ до десятков $$ в час.
Гесс писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:11 pm
дают по нескольку тысяч CPU-часов на потестить при наличии обоснованного проекта), но возникает вопрос - а в чем моя мотивация? :lol:
сослаться на них наверно в статье надо - реклама :roll:

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 2083
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение ChemNavigator » Пн фев 25, 2019 10:50 pm

Гесс писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:11 pm
Нет, месяц расчетов даст несколько пикосекунд, возможно наносекунд реального времени... этого обычно достаточно чтобы получить большинство реальных продуктов
Допустим, месяц расчётов на таком суперкомпьютере даст 1000 наносекунд (= 1 микросекунду) реального времени. В 1 месяце 3600*24*30 = 2,6 млн. секунд, т.е. 2,6 трлн. микросекунд. Если за 50 лет реальных экспериментов никто не смог получить двойную спираль, то для того чтобы смоделировать этот же срок на компьютере понадобится 50*2,6 трлн = 130 трлн. лет. Этот срок в 10 тысяч раз превышает возраст Вселенной - а это значит что в этой симуляции биомолекулы не появятся вообще никогда.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Гесс » Пн фев 25, 2019 11:28 pm

Sartorius84 писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:15 pm
Кстати, а "посветить ультрафиолетом" в QM/MM встроенное есть, интересно? Если нет, еще несколько килоевро на годную реализацию, отладку и тестирование фичи
Есть, это называется "excited-state molecular dynamics" (с общей теорией вопроса можно ознакомиться например в http://www.acmm.nl/molsim/han/2010/buda_cpmd.pdf), а если бы этой фишки не было, то написание кода пряморуким постдоком понимающим что он пишет - это несколько месяцев, с постдочьей зарплатой, это смахивает на очередные 10К уже после налогов, или 20 до.
За исключением теракема софт делающий дфт-МД делает его на CPU, а громакс (на который вы дали ссылку и умеющий работать на GPU) считает классическое МД. Ну то есть квантовую часть в нем можно интерфейсить в квантовый софт, но этот софт опять же будет использовать ЦПУ. При этом кванты будут требовать двойную точность, в то время как ГПУ хорошо дает одинарную. Вообщем как не крути видеокарточными расчетами обойтись очень сложно.
Sartorius84 писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:17 pm
Сегодня как раз смотрел GPU ноды на AWS. P3 класса до 1 петафлопса от нескольких $$ до десятков $$ в час.
Да хоть бы и https://aws.amazon.com/ru/ec2/pricing/on-demand/
Sartorius84 писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:17 pm
но возникает вопрос - а в чем моя мотивация? :lol:
сослаться на них наверно в статье надо - реклама :roll:
Не понял. Ссылаться в статьях на кластеры предоставившее расчетное время - да, это нормальная практика. Мне в моей работе ни на кого обычно ссылаться ненадо, так как мой доступ туда проплачен работодателем. Мой коментарий был к тому что даже если найти расчетные мощности бесплатно - решать на них описанную выше задачу бесплатно - мне неинтересно.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Гесс » Пн фев 25, 2019 11:55 pm

ChemNavigator писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:50 pm
Гесс писал(а):
Пн фев 25, 2019 10:11 pm
Нет, месяц расчетов даст несколько пикосекунд, возможно наносекунд реального времени... этого обычно достаточно чтобы получить большинство реальных продуктов
Допустим, месяц расчётов на таком суперкомпьютере даст 1000 наносекунд (= 1 микросекунду) реального времени. В 1 месяце 3600*24*30 = 2,6 млн. секунд, т.е. 2,6 трлн. микросекунд. Если за 50 лет реальных экспериментов никто не смог получить двойную спираль, то для того чтобы смоделировать этот же срок на компьютере понадобится 50*2,6 трлн = 130 трлн. лет. Этот срок в 10 тысяч раз превышает возраст Вселенной - а это значит что в этой симуляции биомолекулы не появятся вообще никогда.
Не совсем так и на это есть несколько причин, но это жесточайший оффтоп здесь. В первых и ИМХО главных не надо смешивать "двойную спираль" и "биомолекулы". Как вы видели на ютьюбе - аминоспирты были симулированы за время порядка наносекунды. Если условия (реакции и симуляции) благоприятствуют образованию нуклеиновых оснований (см Oró J (1967). Fox SW, ed. Origins of Prebiological Systems and of Their Molecular Matrices. New York Academic Press. p. 137.) то это скорее всего можно симулировать за время порядка микросекунд, а дальше (если доказать устойчивость этих продуктов в реакционных условиях) уже можно переходить на другой уровень моделирования, скажем на coarse-grain, где грубоговоря нуклеиновое основание целиком описывается как единый юнит (неделимый, нерушимый), причем цена такого описания будет на порядки ниже чем у реальных квантов, а при достаточном размере фрагментов - и силовых полей. Похожий подход используется в описаниях огромных полипептидов например формирующих оболочку вируса, там где миллионы атомов. Разумеется у подхода свои ограничения, и я в нем не эксперт, но технически это не невозможно. Касательно же 50 лет экспериментов - образования двойной спирали или нет же нуклеозидов в смеси недостаточно - их еще надо там обнаружить :lol:

Виталий1
Сообщения: 57
Зарегистрирован: Вт фев 05, 2019 2:50 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Виталий1 » Вт фев 26, 2019 6:08 pm

Вот что мне ответили в одной лаборатори на вопрос смогут ли проанализировать нефть на нуклеотиды? - Здравствуйте, нуклеотиды в отличии от нефти должны хорошо растворятся в воде, поэтому мы сможем провести экстракцию нефти водой и в сконцентрированном экстракте определить наличие в ней нуклеотидов методом ВЭЖХ/МС. Стоимость 20 тыс. руб., срок 10 рабочих дней.

Sartorius84
Сообщения: 1149
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Sartorius84 » Вт фев 26, 2019 6:37 pm

Гесс писал(а):
Пн фев 25, 2019 11:28 pm
Ну то есть квантовую часть в нем можно интерфейсить в квантовый софт, но этот софт опять же будет использовать ЦПУ.
Хм Не считал QM никогда, но AFAIK многие QM пакеты сейчас вполне умеют в GPU: http://gaussian.com/gpu/

Sartorius84
Сообщения: 1149
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Sartorius84 » Вт фев 26, 2019 6:38 pm

Виталий1 писал(а):
Вт фев 26, 2019 6:08 pm
Здравствуйте, нуклеотиды в отличии от нефти должны хорошо растворятся в воде, поэтому мы сможем провести экстракцию нефти водой
А зачем экстрагировать? У Вас и так пленка нефти на воде месяц плавает. Все уже проэкстрагировалось - нужно анализировать водную фазу.

Виталий1
Сообщения: 57
Зарегистрирован: Вт фев 05, 2019 2:50 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Виталий1 » Вт фев 26, 2019 8:08 pm

Короче - анализ воды - это еще дешевле... Спасибо.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Гесс » Вт фев 26, 2019 10:23 pm

Sartorius84 писал(а):
Вт фев 26, 2019 6:37 pm
Гесс писал(а):
Пн фев 25, 2019 11:28 pm
Ну то есть квантовую часть в нем можно интерфейсить в квантовый софт, но этот софт опять же будет использовать ЦПУ.
Хм Не считал QM никогда, но AFAIK многие QM пакеты сейчас вполне умеют в GPU: http://gaussian.com/gpu/
там такое же гпу как периодика и мультиреференс - формально есть и даже типа чтото можно делать, а по факту :003:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Гесс » Вт фев 26, 2019 10:26 pm

растворимость нуклеотидов в оде обусловлена фосфорным фрагментом. Количество фосфора в нефти вы находили сами - тысячные доли процента. Даже если он весь внезапно захочет перейти в фосфоновые кислоты (не захочет но это детали), то вы этих количеств нуклеотидов на фоне прочего водорастворимого мусора не заметите.

Виталий1
Сообщения: 57
Зарегистрирован: Вт фев 05, 2019 2:50 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Виталий1 » Ср фев 27, 2019 8:07 am

Ну они берутся и за нуклеозиды. Полинуклеотиды не берутся. Количество тоже не определяют. Вот их ответ : Количество не сможем определить так как у нас нет стандартных образцов нуклеотидов, только наличие. Также можем посмотреть наличие нуклеозидов. Полинуклеотидов не сможем (ограничение метода ВЭЖХ/МС до 1000 а.е.)

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 2083
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение ChemNavigator » Ср фев 27, 2019 11:56 am

Виталий, Вам надо искать не нуклеотиды и даже не нуклеозиды, а сами Азотистые основания (Nucleobases) - это Аденин, Гуанин, Цитозин, Урацил, Тимин (и некоторые другие), т.е. производные пурина и пиримидина, которые были получены в подобных экспериментах.
Нуклеозиды - азотистые основания, соединённые с сахаром (например, рибозой или дезоксирибозой). Соответственно, если в Вашем растворе сахар не образуется, то даже при наличии азотистых оснований (пуринов и пиримидинов) нуклеозидов там не будет.
Нуклеотиды - это нуклеозиды, соединённые с фосфорной кислотой. Т.е. для их образования нужны азотистые основания, сахара и фосфорная кислота. Полинуклеотиды - полимеры нуклеотидов - т.е. ДНК, РНК (и некоторые их искусственно полученные аналоги).
Т.к. в этом ряду сложность молекул нарастает, то поиск надо начинать с самых простых молекул, т.е. азотистых оснований.

Также уточните, 20 т. руб. стоит анализ на отдельно взятый компонент (например, аденин), или на все компоненты сразу (т.е. сразу на все известные азотистые основания, сахара и аминокислоты)?

Виталий1
Сообщения: 57
Зарегистрирован: Вт фев 05, 2019 2:50 pm

Re: Происхождение жизни на Земле

Сообщение Виталий1 » Ср фев 27, 2019 4:10 pm

Ну видите, они количественный анализ не делают, а без этого ничего не выйдет.
Что касается азотистых оснований, даже если мы их найдем, Гесс первый скажет - ага...не хватает фосфора в нефти!!! Нужны нуклеотиды, чтобы все уже приуныли.
Вот цитата по фосфору: "Однако, несмотря на то, что в нефти содержание фосфора может достигать сотых долей процента, т. е. превышать содержание других микроэлементов, о его соединениях почти ничего не известно."

Ответить

Вернуться в «общехимические вопросы / general chemical issues»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 23 гостя