Докинг на разные сайты

[nebeli]

Добрый день! Требуется провести стыковку нашего соединения к одному белку (тубулину), но на четыре разных сайта связывания, и сравнить все это с четырьмя известными ингибиторами - по одному из каждого сайта. В открытой базе данных белков присутствуют сокристаллизаты данного белка с различными структурами, включенными в разные сайты связывания.
Вопрос в следующем. Для проведения докинга скачивается одна структура белка и делается расчет по четырем мишеням, или для каждого расчета на конкретный сайт нужна отдельная модель с включенной именно в эту область структурой.

[atrdenis]

При использовании AutoDock можно скачать одну структуру и указывать области для докинга каждый раз разные.