докинг бессмысленный и беспощадный

[Vanya Ivanov]

Наука сложное явление человеческой жизни, по этому "научно\не научно" - это просто выбор активной (крикливой и\или властолюбивой) части научного собщества. НО ... выуступая экспертами в рамках своего опыта и компетенций, мы - простые ученые, не вольно начинаем судить других не только научно-ненаучно, но и более тонко ... Ну, в общем, работу ревьюверов вы понимаете ...
Так вот. Столкнулся с обычным случаем: народ протестировал свои новые компаунды на линии А549 (карцинома из легочной ткани), получил IC50 и принялся дочить их в EGFR - известную рецепторную тирозин киназу, надежную мишень терапии карциномы легкого (немелкоклеточного рака легкого). Ненаказуемо! хотя и слишком уж вольные допущения. НО, .. поскольку, первичный скриниг на линии А549 они провели против 5-фторурацила (5-FU), вещества с общим цитотоксическим эффектом, то тут же задочили и 5-FU в EGFR.
Я пишу рецензию, чутка прифигев, товарище дорогие, чё вы творите, зачем эти "molecules in the curls" ? 5-FU необратимый ингибитор тимидилат синтазы. Мне с "резоном" отвечают, а никто не публиковал результаты докинга 5-FU в EGFR, научная спекуляция, имеем право и бла-бла-бла ....
Вот пишу вам, коллеги с немым вопросом и надеждой на одобрение. Проблема бессмысленного докинга и "molecules in the curls" для украшения статей не нова, но какие аргументы привести, что дочить ИЗВЕСТНЫЕ компаунды в "чужие" ИЗВЕСТНЫЕ белки - это уже НЕНАУКА, это имитация. Ну ведь так же?

[bigM]

неужели вы дадите такую рецензию, что это научная спекуляция и имитация бурной деятельности?

[Sartorius84]

Каковы результаты? Хорошо дочится?

[bigM]

Каковы результаты? Хорошо дочится?

С фторурацилом всё хорошо. Не зря он почти во всех схемах химеотерапии

[Vanya Ivanov]

Я таки "победил" авторов и редакторов. С третьего раза "imitation of science" была убрана и со мной все согласились. Гы-гы ... но от чего-то не особо радостно.

[Vanya Ivanov]

С фторурацилом всё хорошо. Не зря он почти во всех схемах химеотерапии

К сожалению 5-FU не селективен и базовым принципам химиотерапии не отвечает.
Все что ХОРОШО дочится .... не имеет смысла. Главное не ХОРОШО, а ПРАВИЛЬНО ... а вот это уже совсем другая тема.

[bigM]

С фторурацилом всё хорошо. Не зря он почти во всех схемах химеотерапии

К сожалению 5-FU не селективен и базовым принципам химиотерапии не отвечает.

ага, им еще панкреонекроз можно лечить

[Vanya Ivanov]

Коллеги,
я встретился при рецензировании с работой, выполненной индийскими коллегами. В ней ребята провели докинг полифенолов (типа флавоноидов - рутина) в PDB-файл основной протеазы вируса covid-19, где в активном центре был кристаллизован ингибитор-пептидомиметик.
Выбрали один-два флавонола с наилучшими значениями дельта-G, а потом провели для выбранных флаванолов симуляцию мол-динамикой (MD) - взаимодействия флавонола и белка. RSMD был показан не изменным, и на этом основании они радостно заявили, что нашли "удачный новый лиганд-ингибитор" для этого вирусного белка.
Как объяснить этим коллегам, что выбор виртуальных соединений на основе дельта-G это только первая часть работы? Нужно выбирать виртуальные соединения, которые связываются "похожим образом" с реальным ингибитор-пептидомиметиком. Т.е. с теми же аминокислотами активного центра и тем же способом. Т.е. провести какую-то перекрестную проверку результатов. MD - не достаточно!
Мне не хочется отклонять работу. НО ... люди утверждают, что МD - симуляции достаточно для "подтверждения" правильности результатов докинга.
Есть ли у вас мнения на этот счёт?

[Ahha]

Как объяснить этим коллегам, что выбор виртуальных соединений на основе дельта-G это только первая часть работы? Нужно выбирать виртуальные соединения, которые связываются "похожим образом" с реальным ингибитор-пептидомиметиком. Т.е. с теми же аминокислотами активного центра и тем же способом.

Честно, не понимаю, почему прямо так и не написать? Можно обозвать это major revision. Хотя конечно зависит еще от того, что за журнал.

[Vanya Ivanov]

Честно, не понимаю, почему прямо так и не написать? Можно обозвать это major revision. Хотя конечно зависит еще от того, что за журнал.

Если честно, то так и написал первый раз, но ... The main concern about it was ignored.
Люди принципиально не стали обращать на это внимание. Странно, почему?
Разве это не очевидно, что докинг, сам по себе, интересен лишь как отличный генератор идей по созданию лиганда для известного белка/НК.
Молдинамика - отличный способ посмотреть "поведение" молекул в определенных условиях, но это так же модель для новых идей.
Новые идеи, даже виртуальные, требуют проверки и уточнений.

[Гесс]

Честно, не понимаю, почему прямо так и не написать? Можно обозвать это major revision. Хотя конечно зависит еще от того, что за журнал.

Если честно, то так и написал первый раз, но ... The main concern about it was ignored.
Люди принципиально не стали обращать на это внимание. Странно, почему?

The main concern about it was ignored. - это прямая цитата из их ответа?
То есть вы на втором раунде рецензирования?

Major revision.
With all respect I would like once again to draw attention of authors to following problem:
{...}
Im my opinion it is a principal aspect of [...] and I strongly recommend to add [...] to the manuscript.
In my opinion without these data the paper would be incomplete and I would have problems to recommend it for publications in [...]

предельно коряво, но я только проснулся и не имею сил/желания делать хорошо.