Сервис SwissDock - Energy и deltaG

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
denismihail
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Пн фев 21, 2022 5:22 am

Сервис SwissDock - Energy и deltaG

Сообщение denismihail » Ср июн 29, 2022 10:30 pm

Коллеги, всем привет!
Если кто-то пользовался веб-сервисом докинга малых лигандов к макромолекулам (белкам) http://swissdock.ch, прошу помочь разобраться в интерпретации их термина "Energy".
Чем он у них отличается от энергии Гиббса?
В файлах с результатами докинга они отдельно дают столбцы с параметрами "deltaG" и "Energy".
Собственный их форум http://swissdock.vital-it.ch/forum недоступен.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12590
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Сервис SwissDock - Energy и deltaG

Сообщение Гесс » Чт июн 30, 2022 1:08 am

Я не по докингу, но в норме "электронная энергия" достаточно плотно коррелирует с энтальпией (поправки мало влияют), и отличается от энергии Гиббса на энтропийный член.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3627
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Сервис SwissDock - Energy и deltaG

Сообщение Ahha » Чт июн 30, 2022 1:57 am

deltaG - это должно быть именно свободной энергией образования комплекса белок-лиганд. Что такое в их интерпретации Energy - не знаю: этим сервисом пользоваться пока что не приходилось.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Сервис SwissDock - Energy и deltaG

Сообщение Sartorius84 » Чт июн 30, 2022 9:46 am

Похоже на потенциальную энергию лиганда в поле белка.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя