[срочно] Декартовы координаты ромбододэкаэдра

[Nord]

Друзья-кристаллографы и твердотельщики! Поможите квантовому химику сами мы не местные, на вокзале обокрали, поезд уехал... кто может!

Очень нужно иметь декартовы координаты атомов в совершенном ромбододэкаэдре из атомов палладия, с ребром 3-4-5 атомов [d(Pd-Pd) = 3.945779 A]. Делать вручную это я заманался уже. Кому нетрудно, подскажите либо софт, который это умеет быстро делать, либо, опять же если нетрудно, просто сделайте его в xyz формате.

Если по-простому, нужно просто вырезать его из решетки палладия (параметр ГЦК решетки Pd приведён выше).

Заранее огромное спасибо и благодарность в статье!

[Гесс]

Мы люди сами не местные, и сами с претензией на кванты, но может это поможет.
Я не понял какого размера должен быть ромбододекаэдр (ну не говорит мне 3,4,5 ничего) поэтому обгрыз первый попавшийся. Могу обгрызть кластер побольше.
Сделано минут за 3 в материалстудии, сначала взята элементарная ячейка
Accelrys\Materials Studio 7.0\share\Structures\metals\pure-metals
потом в ней изменен размер (ПКМ Lattice Parameters)
потом Build - Symmetry - Supercell элементарная ячейка выращена в 2 раза по каждому направлению.
потом атомы (и только атомы, без ячейки) перенесены в новый файл где обгрызено примерно 8 атомов.

Ежели надо - могу другого размера.

[Nord]

Я не понял какого размера должен быть ромбододекаэдр (ну не говорит мне 3,4,5 ничего) поэтому обгрыз первый попавшийся.
Ежели надо - могу другого размера.

Ребро -- 3 или 4 или 5 атомов палладия.

[Гесс]

а, или.или.или. Ок. Я заменил в первом посте pdb на хyz и счас сооружу 4 и 5.

[Nord]

Мы люди сами не местные, и сами с претензией на кванты, но может это поможет.
Я не понял какого размера должен быть ромбододекаэдр (ну не говорит мне 3,4,5 ничего) поэтому обгрыз первый попавшийся. Могу обгрызть кластер побольше.
Сделано минут за 3 в материалстудии, сначала взята элементарная ячейка
Accelrys\Materials Studio 7.0\share\Structures\metals\pure-metals
потом в ней изменен размер (ПКМ Lattice Parameters)
потом Build - Symmetry - Supercell элементарная ячейка выращена в 2 раза по каждому направлению.
потом атомы (и только атомы, без ячейки) перенесены в новый файл где обгрызено примерно 8 атомов.

Ежели надо - могу другого размера.

Что-то я вообще не распознаю тут ромбододэкаэдра

Хочется чего-то вот такого

rhombic_dodecahedron.png

Но с указанным ребром.

[Гесс]

мда, лоханулся, зато кластеров этой формы уже 3 настрогал. Счас посмотрим где в этой гуще таятся ромбы.

P.S. Вынужден откланяться на пару часов. Надеюсь "Срочно" терпит.

[Nord]

Не проблема. Это "срочно", но не "срочно-срочно-срочно"

[Гесс]

То ли я тупой то ли каменный цветок мудреный. Теперь это дело принципа. У меня всегда было норм с пространственным видением. Я не позволю какому то ромбододекаэдру доказать обратное. Покажите плиз с ребром 2 если есть.

P.S. Я разобрался кажется как эту хрень строить

[Гесс]

Вот это какого размера?

[Гесс]

3на3 как я понимаю. 617 атомов.
А иожно спросить чем вы намеряны считать 5на5 ?

[Гесс]

Жениться вам надо барин студента вам найти надо. Для обгрызания кластеров.

[Гесс]

Примечание: при попытках отсмотреть кемкрафтом файлы с палладием половина структуры остается с неотрисованными связями, рекомендую заменить скажем на фосфор и смотреть полноценно.

[Nord]

Что-то это не такая хрень, как должна быть... На первой картинке (поменьше) -- это больше похоже на октаэдр с пирамидками на каждой грани. А ромбическии додекаэдр образован плоскостями 110 кубической гранецентрированной решетки. Пожалуй лучше всего это показано тут
http://mathworld.wolfram.com/RhombicDodecahedron.html , вторая картинка сверху.

На самом деле, мне нужен дефектный слаб, у которого есть *ребро* образованное плоскостями 110, как в этом самом ромбическом додекадре. Остальное я думал нещадно отрезать и зафиксировать на геометрии балка. Атомов 50-100 вполне quantum espresso вытянет с ultrasoft PP на 256 ядрах.

[Гесс]

А помоему очень даже такая...
У вас вконтакт или скайп есть? Мне не очень удобен такой режим переписки через форум.