X-ray и перевод результатов в удобоваримый вид

[LNata]

Дано:

Кристаллографическая группа 152 (Р3121)

Atom / Wyckoff / x / y / z
R / 3a / -1/3 / x / 0
Fe1 / 3а / 0.115 / x / 0
Fe2 / 6c / -0.214 / -0.550 / 0.342
O1 / 3b / 0 / -0.078 / 1/6
O2 / 6c / -0.58 / -0.271 / 0.138
O3 / 6c / -0.119 / -0.304 / -0.180
O4 / 6c / -0.147 / -0.362 / 0.185
O5 / 6c / 0.476 / 0.145 / -0.160
O6 / 3b / -0.187 / 0 / 5/6
O7 / 6c / -0.524 / -0.538 / -0.185
B1 / 6c / -0.447 / -0.120 / 0.156
B2 / 3b / 0 / -0.222 / 1/6
B3 / 3b / 0.332 / 0 / 5/6


Как это все перевести в форму, когда

Wyckoff / x / y / z
3a / x / 0 / 1/3
3b / x / 0 / 5/6
6c / x / y / z
???

(это разрешенные позиции для 152 группы, которые понимают Diamond, FullProf и PowderCell).

Очевидно, что существуют формулы для преобразования, но я запуталась полностью и окончательно
И еще, авторы статьи, откуда взяты параметры структуры дают для двух первых атомов координату y как х - какое-то число под этим подразумевается по определению или как?

Помогите, пожалуйста! Надо очень срочно визуализовать структуру для доклада (в понедельник утром), а у меня в голове эти цифры уже превратились в винегрет .

[Himera]

Проверьте всё ещё раз в тексте статьи. И не путайте координаты атомов (по три конкретных числа на атом -- именно они нужны программам, строящим картинки или уточняющим кристаллическую структуру) с координатами позиций. (x,y,z) (в данном случае 6c) -- это общая позиция, а 3а и 3b -- частные (то есть лежащие на элементах симметрии; из-за этого между тремя координатами возникают какие-то связи; например, x=y, то есть позиция (x,x,0); или z=0, то есть позиция (x,y,0)).

Сухой остаток: не зная координат всех атомов, картинку не построите. Если же будете знать все координаты, то проблем не возникнет -- атомов у Вас мало; можно руками набить.

[LNata]

В тексте написано: Fractional atomic coordinates

насколько я до сих пор понимала: если есть позиция 3а, то у атомов могут быть координаты: x (может меняться от 0 до 1), y=0 и z=1/3,
у позиции 3d координаты: x (0<x<1), y=0 и z=5/6,
у 6с - все координаты вольные. Обычно надо знать те координаты, которые могут варьироваться для всех неэквивалентных атомов.

Конечно атомов будет больше и часть из них будут иметь реальные координаты другие, преобразованные из базовых путем неких операций симметрии

Обычно я вбиваю базовые координаты в программу, а дальше она сама учитывает всякие симметрии и располагает атомы в элементарной ячейке и пр.

а тут все приводится в таблице именно так как я скопировала. И это не координаты неких конкретных атомов, а координаты позиций для неэквивалентных атомов (т.е. в ячейке может быть несколько атомов O1, несколько O2 и т.д.), только вот даны они в такой странной форме. Вопрос как эти координаты перевести из странной системы с минусами в систему понятную программам. И вообще по этой информации можно как-то восстановить структуру?

Just in case, статья cond-mat/0502423, Table III.

[Mirror]

Существуют специальные нормализаторы (StructureTudy), которые стандартизуют данные, но это обычно нужно только для опубликования кристаллографических данных в специальных журналах. Для того, чтобы прочесть данные программами типа Diamond, можно оставить все координаты так, как они были представлены авторами (минусы абсолютно не мешают). Очевидны проблемы с 2 атомами - R (это вообше что за обозначение такое ?) и Fe1, для которых х нужно будет искать в тексте. Скинь полную ссылку на статью, я попробую сделать либо cif, либо другой удобоваримый формат.

[LNata]

Ссылки:

cond-mat/0502423

http://xxx.lanl.gov/PS_cache/cond-mat/p ... 502423.pdf

либо Acta Cryst. B 61, 481 (2005)

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/iu ... ssues.html

R- это в общем случае редкоземельный ион. В конкретном - Gd.

Возможно, что x=0.50... (это единственное х, которое упоминается в тексте статьи)

[Mirror]

А, так это статья из "Atca Crystallograffica". Все гораздо проще - они прилагают cif-файл в качестве support information. Я попробовал только что его открыть старым Diamondom - никаких проблем. Файл содержит кристаллографическую информацию по 2 модификациям (HT и LT). Первым делом выбераешь модификацию (в твоем случае LT) и рисуешь структуру. Если есть какие то проблемы я тебе могу на е-майл сбросить файл в формате *.dsf

[Mirror]

A vot kak vygljadit data-sheet

Crystal data
Formula sum B4 Fe3 Gd O12
Formula weight 560.04
Crystal system trigonal
Space group P 31 2 1 (no. 152)
Unit cell dimensions a = 9.5305(3) Å
c = 7.5479(2) Å
Cell volume 593.73(3) Å3
Z 3
Density, calculated 4.699 g/cm3
RAll 0.019
Pearson code hP66
Formula type NO2P2Q6
Wyckoff sequence c9b4

Atomic coordinates

Atom Wyck. x y z
Gd1 3a -0.33342(1) -0.33342(1) 0
Fe1 3a 0.11536(5) 0.11536(5) 0
Fe2 6c -0.21410(6) -0.54975(4) 0.34154(2)
O1 3b 0 -0.07819(15) 1/6
O2 6c -0.5832(2) -0.27090(13) 0.13774(12)
O3 6c -0.1194(3) -0.30445(16) -0.17980(18)
O4 6c -0.1467(3) -0.36234(16) 0.18479(18)
O5 6c 0.4755(2) 0.1451(2) -0.15980(8)
O6 3b 0.1877(2) 0 -1/6
O7 6c -0.5235(3) -0.53811(17) -0.18533(18)
B1 3b 0.33204(14) 0 -1/6
B2 6c -0.4473(4) -0.1201(3) 0.15617(14)
B3 3b 0 -0.2223(3) 1/6

Anisotropic displacement parameters (in Å 2)

Atom U11 U22 U33 U12 U13 U23
Gd1 0.0041(1) 0.0041(1) 0.0041(1) 0.0021(1) -0.0001(1) 0.0001(1)
Fe1 0.0036(1) 0.0036(1) 0.0036(1) 0.0017(1) -0.0001(1) 0.0001(1)
Fe2 0.0035(1) 0.0036(1) 0.0038(1) 0.0017(1) 0.0000(1) 0.0001(1)
O1 0.0081(6) 0.0054(4) 0.0089(4) 0.0040(3) 0.0024(4) 0.0012(2)
O2 0.0058(3) 0.0062(3) 0.0081(3) 0.0025(3) -0.0014(3) 0.0012(3)
O3 0.0062(4) 0.0040(5) 0.0065(4) 0.0023(4) 0.0007(3) 0.0006(3)
O4 0.0054(4) 0.0045(4) 0.0067(4) 0.0019(4) -0.0003(3) 0.0007(3)
O5 0.0051(4) 0.0050(4) 0.0063(5) 0.0019(5) -0.0003(3) 0.0007(3)
O6 0.0044(4) 0.0058(6) 0.0062(5) 0.0029(3) -0.0010(2) -0.0019(5)
O7 0.0047(4) 0.0063(4) 0.0064(4) 0.0033(4) -0.0001(3) -0.0008(3)
B1 0.0042(8) 0.0048(9) 0.0046(11) 0.0024(4) 0.0004(2) 0.0009(5)
B2 0.0050(6) 0.0067(7) 0.0055(5) 0.0040(4) 0.0001(4) 0.0004(5)
B3 0.0018(8) 0.0061(6) 0.0055(7) 0.0009(4) 0.0008(6) 0.0004(3)

[LNata]

О, огромное спасибо!

А можно мне cif files прислать, пожалуйста (у меня из дома нет доступа к Аcta crysta.

[Mirror]

Конечно можно - только на какой е-майл ? Если быстро напишешь адрес я тебе отправлю файлы сейчас. Мне через 10 минут нужно уже уходить.

[LNata]

lnatalka @ list.ru
ili

lnatalka @ mail.ru

[Mirror]

Fayly otpravil, nadejus' chto dajdut - udachi s dokladom!

[LNata]

Ура этому форуму! И огромное спасибо Mirror