Новости химической науки > Метод ПЦР для быстрого скрининга реакций

Исследователи из США адаптировали реакцию амплификации ДНК (ПЦР) и разработали простую систему быстрого скрининга химического взаимодействий биологически активных соединений.

Новая методика позволяет улучшить метод скрининга реакций, известный как «химическая вечеринка свиданий» («chemical speed-dating») – при изучении реакций таким способом в систему вводят сотни различных субстратов, но сильное взаимодействие реализуется лишь между несколькими из них.

Принципы, лежащие в основе реакции ПЦР, зависящей от реакционной способности. (Рисунок из JACS, 2009. DOI: 10.1021/ja903084a)

Новый метод скрининга реакций открывает новые перспективы в обнаружении новых реакций, применение ПЦР позволяет избегать ряда сложных стадий скрининга, необходимых при проведении «chemical speed-dating» классическими методами. Использование ПЦР также позволяет увеличить эффективность и точность скрининга.

Методика «chemical speed-dating» работает следующим образом: сотни различных субстратов связывают с короткими моноцепями ДНК. При нагревании до 60 градусов Цельсия цепи, несущие те субстраты, которые прореагировали, спариваются, образуя небольшой отрезок ДНК с формой шпильки, ДНК с непрореагировавшими субстратами остаются неспаренными.

Обычно для проведения подобного анализа один из субстратов должен быть закреплен на полимерном носителе для выделения и определения строения, образующихся в ходе реакции соединений, естественно, что для всех этих операций необходимо много времени. Исследователи под руководством Дэвида Лю (David Liu) из Гарварда упростили метод, добившись того, чтобы реакция ПЦР могла селективно реплицировать лишь те цепи ДНК, субстраты которых прореагировали.

Лю надеется, что разработанный им подход ускорит и упростит существующие способы изучения реакций, позволит найти новые ферменты или биомаркеры. Исследователи также уверены, что новую систему можно будет подстроить для слежения за другими процессами помимо образования или разрыва ковалентной связи.

Источник: JACS, 2009. DOI: 10.1021/ja903084a

метки статьи: #аналитическая химия, #биохимия, #медицинская химия, #молекулярная биология, #органическая химия, #химия полимеров